Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G247601.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt C5YWH8
Pfam PF06424
Panther DB PTHR11246
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005634; nucleus GO:0000398mRNA splicing, via spliceosome


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G03430 : pre-mRNA splicing factor-related
RAP-DB (Rice) LOC_Os10g35550.1 : pre-mRNA-processing factor 6, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a025549 , Zm00025a054406 , Zm00025a007207
Brachypodium KQJ97300
Barley HORVU1Hr1G044750.3 , HORVU1Hr1G044750.2 , HORVU1Hr1G044750.1
Wheat TraesCS5A02G500900 , TraesCS1A02G170500 , TraesCS4D02G326200
Populus PNT08239


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.007G145300 zinc knuckle family protein, expressed -
2 Sobic.009G197350 - -
3 Sobic.009G156700 protein transport protein, putative, expressed -
4 Sobic.007G003300 - -
5 Sobic.008G191800 B3 DNA binding domain containing protein, expressed -
6 Sobic.002G269800 - -
7 Sobic.003G126700 NB-ARC domain containing protein, expressed -
8 Sobic.002G124766 - -
9 Sobic.006G223700 ABC transporter, ATP-binding protein, putative, expressed -
10 Sobic.006G167850 - -
11 Sobic.002G082350 - -
12 Sobic.010G064050 - -
13 Sobic.001G100650 - -
14 Sobic.007G193000 expressed protein -
15 Sobic.005G080075 - -
16 Sobic.009G073200 expressed protein -
17 Sobic.010G131101 - -
18 Sobic.002G313850 - -
19 Sobic.003G440100 EF hand family protein, expressed -
20 Sobic.003G427550 - -


Gene co-expression network
sample Sobic009G247601 Sobic009G247601 Sobic007G145300 Sobic007G145300 Sobic009G247601--Sobic007G145300 Sobic009G197350 Sobic009G197350 Sobic009G247601--Sobic009G197350 Sobic009G156700 Sobic009G156700 Sobic009G247601--Sobic009G156700 Sobic007G003300 Sobic007G003300 Sobic009G247601--Sobic007G003300 Sobic008G191800 Sobic008G191800 Sobic009G247601--Sobic008G191800 Sobic002G269800 Sobic002G269800 Sobic009G247601--Sobic002G269800 Sobic003G126700 Sobic003G126700 Sobic009G247601--Sobic003G126700 Sobic002G124766 Sobic002G124766 Sobic009G247601--Sobic002G124766 Sobic006G223700 Sobic006G223700 Sobic009G247601--Sobic006G223700 Sobic007G145300--Sobic009G197350 Sobic007G145300--Sobic009G156700 Sobic007G145300--Sobic002G269800 Sobic007G145300--Sobic002G124766 Sobic007G145300--Sobic003G126700 Sobic007G145300--Sobic007G003300 Sobic002G082350 Sobic002G082350 Sobic007G145300--Sobic002G082350 Sobic007G145300--Sobic006G223700 Sobic010G064050 Sobic010G064050 Sobic007G145300--Sobic010G064050 Sobic009G197350--Sobic009G156700 Sobic009G197350--Sobic007G145300 Sobic009G197350--Sobic002G269800 Sobic009G197350--Sobic003G126700 Sobic009G197350--Sobic002G124766 Sobic009G197350--Sobic007G003300 Sobic009G197350--Sobic006G223700 Sobic009G197350--Sobic002G082350 Sobic007G193000 Sobic007G193000 Sobic009G197350--Sobic007G193000 Sobic009G156700--Sobic009G156700 Sobic009G156700--Sobic007G145300 Sobic009G156700--Sobic002G269800 Sobic009G156700--Sobic003G126700 Sobic009G156700--Sobic002G124766 Sobic009G156700--Sobic007G003300 Sobic009G156700--Sobic006G223700 Sobic009G156700--Sobic002G082350 Sobic009G156700--Sobic007G193000 Sobic007G003300--Sobic007G145300 Sobic007G003300--Sobic009G197350 Sobic007G003300--Sobic009G156700 Sobic007G003300--Sobic002G269800 Sobic007G003300--Sobic002G124766 Sobic007G003300--Sobic003G126700 Sobic007G003300--Sobic002G082350 Sobic007G003300--Sobic006G223700 Sobic007G003300--Sobic007G193000 Sobic008G191800--Sobic002G082350 Sobic008G191800--Sobic010G064050 Sobic001G100650 Sobic001G100650 Sobic008G191800--Sobic001G100650 Sobic005G080075 Sobic005G080075 Sobic008G191800--Sobic005G080075 Sobic003G008400 Sobic003G008400 Sobic008G191800--Sobic003G008400 Sobic009G073200 Sobic009G073200 Sobic008G191800--Sobic009G073200 Sobic003G360500 Sobic003G360500 Sobic008G191800--Sobic003G360500 Sobic003G254400 Sobic003G254400 Sobic008G191800--Sobic003G254400 Sobic003G318600 Sobic003G318600 Sobic008G191800--Sobic003G318600 Sobic002G269800--Sobic003G126700 Sobic002G269800--Sobic009G156700 Sobic002G269800--Sobic009G197350 Sobic002G269800--Sobic007G145300 Sobic002G269800--Sobic006G223700 Sobic002G269800--Sobic002G124766 Sobic002G269800--Sobic007G193000 Sobic002G269800--Sobic007G003300 Sobic008G154200 Sobic008G154200 Sobic002G269800--Sobic008G154200 Sobic003G126700--Sobic002G269800 Sobic003G126700--Sobic006G223700 Sobic003G126700--Sobic009G156700 Sobic003G126700--Sobic009G197350 Sobic003G126700--Sobic007G145300 Sobic003G126700--Sobic008G154200 Sobic003G126700--Sobic002G124766 Sobic003G126700--Sobic007G193000 Sobic003G126700--Sobic007G003300 Sobic002G124766--Sobic009G156700 Sobic002G124766--Sobic009G197350 Sobic002G124766--Sobic007G145300 Sobic002G124766--Sobic002G269800 Sobic002G124766--Sobic003G126700 Sobic002G124766--Sobic007G003300 Sobic002G124766--Sobic006G223700 Sobic002G124766--Sobic002G082350 Sobic002G124766--Sobic007G193000 Sobic006G223700--Sobic003G126700 Sobic006G223700--Sobic002G269800 Sobic006G223700--Sobic008G154200 Sobic006G223700--Sobic009G156700 Sobic006G223700--Sobic009G197350 Sobic003G064000 Sobic003G064000 Sobic006G223700--Sobic003G064000 Sobic006G223700--Sobic007G145300 Sobic006G223700--Sobic007G193000 Sobic006G223700--Sobic002G124766
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.