Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G033400.1
Synonym Sb03g003040
Functional annotation 3-5 exonuclease domain-containing protein, putative, expressed
UniProt C5XLX8
Pfam PF01612
Panther DB PTHR13620 PTHR13620:SF12
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008408; 3'-5' exonuclease activity GO:0006139nucleobase-containing compound metabolic process GO:0003676nucleic acid binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G36110 : Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g02170.1 : 3-5 exonuclease domain-containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.007G152701 - -
2 Sobic.010G263051 - -
3 Sobic.010G236950 - -
4 Sobic.010G180300 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed -
5 Sobic.005G019650 - -
6 Sobic.005G107250 - -
7 Sobic.002G142550 - -
8 Sobic.007G048000 - -
9 Sobic.006G185150 - -
10 Sobic.003G025500 ZOS8-02 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
11 Sobic.001G115200 - -
12 Sobic.006G024101 - -
13 Sobic.010G165925 - -
14 Sobic.003G294550 - -
15 Sobic.001G369701 - -
16 Sobic.010G116200 bZIP transcription factor domain containing protein, expressed -
17 Sobic.008G135401 - -
18 Sobic.007G003250 - -
19 Sobic.004G300400 - -
20 Sobic.009G172300 - -


Gene co-expression network
sample Sobic003G033400 Sobic003G033400 Sobic007G152701 Sobic007G152701 Sobic003G033400--Sobic007G152701 Sobic010G263051 Sobic010G263051 Sobic003G033400--Sobic010G263051 Sobic010G236950 Sobic010G236950 Sobic003G033400--Sobic010G236950 Sobic010G180300 Sobic010G180300 Sobic003G033400--Sobic010G180300 Sobic005G019650 Sobic005G019650 Sobic003G033400--Sobic005G019650 Sobic005G107250 Sobic005G107250 Sobic003G033400--Sobic005G107250 Sobic002G142550 Sobic002G142550 Sobic003G033400--Sobic002G142550 Sobic007G048000 Sobic007G048000 Sobic003G033400--Sobic007G048000 Sobic006G185150 Sobic006G185150 Sobic003G033400--Sobic006G185150 Sobic007G152701--Sobic010G236950 Sobic007G152701--Sobic010G263051 Sobic010G165925 Sobic010G165925 Sobic007G152701--Sobic010G165925 Sobic007G003250 Sobic007G003250 Sobic007G152701--Sobic007G003250 Sobic001G369701 Sobic001G369701 Sobic007G152701--Sobic001G369701 Sobic003G199650 Sobic003G199650 Sobic007G152701--Sobic003G199650 Sobic007G152701--Sobic005G107250 Sobic007G152701--Sobic002G142550 Sobic001G355850 Sobic001G355850 Sobic007G152701--Sobic001G355850 Sobic010G263051--Sobic006G185150 Sobic010G263051--Sobic005G019650 Sobic006G024101 Sobic006G024101 Sobic010G263051--Sobic006G024101 Sobic010G263051--Sobic010G180300 Sobic003G294550 Sobic003G294550 Sobic010G263051--Sobic003G294550 Sobic001G115200 Sobic001G115200 Sobic010G263051--Sobic001G115200 Sobic010G263051--Sobic005G107250 Sobic004G300400 Sobic004G300400 Sobic010G263051--Sobic004G300400 Sobic008G135401 Sobic008G135401 Sobic010G263051--Sobic008G135401 Sobic010G236950--Sobic002G142550 Sobic010G236950--Sobic005G107250 Sobic010G236950--Sobic010G263051 Sobic010G236950--Sobic010G180300 Sobic010G236950--Sobic005G019650 Sobic010G236950--Sobic010G165925 Sobic010G236950--Sobic001G115200 Sobic010G236950--Sobic006G185150 Sobic003G025500 Sobic003G025500 Sobic010G236950--Sobic003G025500 Sobic010G180300--Sobic005G019650 Sobic010G180300--Sobic005G107250 Sobic010G180300--Sobic006G024101 Sobic010G180300--Sobic006G185150 Sobic010G180300--Sobic001G115200 Sobic010G180300--Sobic003G294550 Sobic010G180300--Sobic008G135401 Sobic010G180300--Sobic002G142550 Sobic010G180300--Sobic010G263051 Sobic005G019650--Sobic006G185150 Sobic005G019650--Sobic006G024101 Sobic005G019650--Sobic010G180300 Sobic005G019650--Sobic005G107250 Sobic005G019650--Sobic003G294550 Sobic005G019650--Sobic001G115200 Sobic005G019650--Sobic010G263051 Sobic005G019650--Sobic008G135401 Sobic005G019650--Sobic004G300400 Sobic005G107250--Sobic002G142550 Sobic005G107250--Sobic010G165925 Sobic005G107250--Sobic010G180300 Sobic005G107250--Sobic001G115200 Sobic005G107250--Sobic005G019650 Sobic005G107250--Sobic001G369701 Sobic005G107250--Sobic007G003250 Sobic005G107250--Sobic006G185150 Sobic005G107250--Sobic006G024101 Sobic002G142550--Sobic005G107250 Sobic002G142550--Sobic010G165925 Sobic002G142550--Sobic001G369701 Sobic002G142550--Sobic007G003250 Sobic002G142550--Sobic010G180300 Sobic002G142550--Sobic001G115200 Sobic002G142550--Sobic005G019650 Sobic002G142550--Sobic003G025500 Sobic002G142550--Sobic010G236950 Sobic007G048000--Sobic007G152701 Sobic007G048000--Sobic010G263051 SobicK044420 SobicK044420 Sobic007G048000--SobicK044420 Sobic007G048000--Sobic003G033400 Sobic007G048000--Sobic010G236950 Sobic004G233100 Sobic004G233100 Sobic007G048000--Sobic004G233100 Sobic009G220400 Sobic009G220400 Sobic007G048000--Sobic009G220400 Sobic007G048000--Sobic001G115200 Sobic010G227600 Sobic010G227600 Sobic007G048000--Sobic010G227600 Sobic006G185150--Sobic005G019650 Sobic006G185150--Sobic006G024101 Sobic006G185150--Sobic003G294550 Sobic006G185150--Sobic010G180300 Sobic006G185150--Sobic004G300400 Sobic006G185150--Sobic001G115200 Sobic006G185150--Sobic010G263051 Sobic006G185150--Sobic005G107250 Sobic006G185150--Sobic008G135401
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.