Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G129300.1
Synonym
Functional annotation zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed
UniProt A0A1B6PLR1
Pfam PF13639
Panther DB PTHR14155 PTHR14155:SF120
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0005515protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G35630 : Protease-associated (PA) RING/U-box zinc finger family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g41070.1 : zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a010913 , Zm00025a010918 , Zm00025a010931 , Zm00025a010934 , Zm00025a010937 , Zm00025a010928 , Zm00025a056359
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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15 Sobic.008G191800 B3 DNA binding domain containing protein, expressed -
16 Sobic.003G318600 - -
17 Sobic.001G355850 - -
18 Sobic.003G360500 glycosyl transferase, putative, expressed K00750: GYG1, glycogenin
19 Sobic.001G413400 matrix attachment region binding protein, putative, expressed -
20 Sobic.008G176200 - -


Gene co-expression network
sample Sobic006G129300 Sobic006G129300 Sobic004G276166 Sobic004G276166 Sobic006G129300--Sobic004G276166 Sobic009G247601 Sobic009G247601 Sobic006G129300--Sobic009G247601 Sobic010G135450 Sobic010G135450 Sobic006G129300--Sobic010G135450 Sobic007G003300 Sobic007G003300 Sobic006G129300--Sobic007G003300 Sobic009G190100 Sobic009G190100 Sobic006G129300--Sobic009G190100 Sobic003G254400 Sobic003G254400 Sobic006G129300--Sobic003G254400 Sobic001G074500 Sobic001G074500 Sobic006G129300--Sobic001G074500 Sobic002G247700 Sobic002G247700 Sobic006G129300--Sobic002G247700 Sobic010G064050 Sobic010G064050 Sobic006G129300--Sobic010G064050 Sobic005G137800 Sobic005G137800 Sobic004G276166--Sobic005G137800 Sobic004G276166--Sobic007G003300 Sobic003G242300 Sobic003G242300 Sobic004G276166--Sobic003G242300 Sobic005G229232 Sobic005G229232 Sobic004G276166--Sobic005G229232 Sobic008G191800 Sobic008G191800 Sobic004G276166--Sobic008G191800 Sobic007G145300 Sobic007G145300 Sobic004G276166--Sobic007G145300 Sobic009G197350 Sobic009G197350 Sobic004G276166--Sobic009G197350 Sobic009G156700 Sobic009G156700 Sobic004G276166--Sobic009G156700 Sobic002G269800 Sobic002G269800 Sobic004G276166--Sobic002G269800 Sobic009G247601--Sobic007G145300 Sobic009G247601--Sobic009G197350 Sobic009G247601--Sobic009G156700 Sobic009G247601--Sobic007G003300 Sobic009G247601--Sobic008G191800 Sobic009G247601--Sobic002G269800 Sobic003G126700 Sobic003G126700 Sobic009G247601--Sobic003G126700 Sobic002G124766 Sobic002G124766 Sobic009G247601--Sobic002G124766 Sobic006G223700 Sobic006G223700 Sobic009G247601--Sobic006G223700 Sobic005G143800 Sobic005G143800 Sobic010G135450--Sobic005G143800 Sobic001G101650 Sobic001G101650 Sobic010G135450--Sobic001G101650 Sobic010G135450--Sobic003G254400 Sobic003G008400 Sobic003G008400 Sobic010G135450--Sobic003G008400 Sobic005G080075 Sobic005G080075 Sobic010G135450--Sobic005G080075 Sobic001G100650 Sobic001G100650 Sobic010G135450--Sobic001G100650 Sobic010G135450--Sobic010G064050 Sobic002G313850 Sobic002G313850 Sobic010G135450--Sobic002G313850 Sobic002G082350 Sobic002G082350 Sobic010G135450--Sobic002G082350 Sobic007G003300--Sobic007G145300 Sobic007G003300--Sobic009G197350 Sobic007G003300--Sobic009G156700 Sobic007G003300--Sobic002G269800 Sobic007G003300--Sobic002G124766 Sobic007G003300--Sobic003G126700 Sobic007G003300--Sobic002G082350 Sobic007G003300--Sobic006G223700 Sobic007G193000 Sobic007G193000 Sobic007G003300--Sobic007G193000 Sobic009G190100--Sobic010G064050 Sobic009G190100--Sobic001G100650 Sobic009G190100--Sobic002G082350 Sobic009G190100--Sobic005G080075 Sobic009G055700 Sobic009G055700 Sobic009G190100--Sobic009G055700 Sobic009G190100--Sobic003G008400 Sobic009G190100--Sobic003G254400 Sobic009G073200 Sobic009G073200 Sobic009G190100--Sobic009G073200 Sobic003G318600 Sobic003G318600 Sobic009G190100--Sobic003G318600 Sobic003G254400--Sobic003G008400 Sobic003G254400--Sobic005G080075 Sobic003G254400--Sobic001G100650 Sobic003G254400--Sobic010G064050 Sobic003G254400--Sobic003G318600 Sobic003G254400--Sobic002G082350 Sobic003G360500 Sobic003G360500 Sobic003G254400--Sobic003G360500 Sobic003G254400--Sobic009G073200 Sobic001G413400 Sobic001G413400 Sobic003G254400--Sobic001G413400 Sobic001G461101 Sobic001G461101 Sobic001G074500--Sobic001G461101 Sobic001G074500--Sobic009G055700 Sobic001G074500--Sobic007G193000 Sobic010G133800 Sobic010G133800 Sobic001G074500--Sobic010G133800 Sobic001G074500--Sobic007G003300 Sobic001G074500--Sobic009G190100 Sobic003G348300 Sobic003G348300 Sobic001G074500--Sobic003G348300 Sobic003G361150 Sobic003G361150 Sobic001G074500--Sobic003G361150 Sobic001G074500--Sobic002G269800 Sobic005G057500 Sobic005G057500 Sobic002G247700--Sobic005G057500 Sobic005G032700 Sobic005G032700 Sobic002G247700--Sobic005G032700 Sobic002G247700--Sobic008G191800 Sobic002G247700--Sobic005G080075 Sobic002G247700--Sobic001G100650 Sobic002G247700--Sobic010G064050 Sobic002G247700--Sobic002G313850 Sobic002G247700--Sobic003G008400 Sobic002G247700--Sobic002G082350 Sobic010G064050--Sobic001G100650 Sobic010G064050--Sobic005G080075 Sobic010G064050--Sobic002G082350 Sobic010G064050--Sobic003G008400 Sobic010G064050--Sobic003G254400 Sobic010G064050--Sobic009G073200 Sobic010G064050--Sobic003G318600 Sobic010G064050--Sobic003G360500 Sobic010G064050--Sobic002G313850
Octagon: transcription factors


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