Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G090900.2
Synonym TRZ1, Sb04g007440, NUZ
Functional annotation nuclear ribonuclease Z, putative, expressed
UniProt A0A1Z5RM43
Pfam PF12706
Panther DB PTHR12553 PTHR12553:SF43
NCBI CDD -
KEGG Orthology K00784; ribonuclease Z
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G74700 : tRNAse Z1
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g12290.1 : nuclear ribonuclease Z, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a034382
Brachypodium KQJ94023 , KQJ94024
Barley HORVU6Hr1G038620.12 , HORVU6Hr1G038620.11 , HORVU6Hr1G038620.10 , HORVU6Hr1G038620.9 , HORVU6Hr1G038620.8 , HORVU6Hr1G038620.7
Wheat TraesCS6D02G170400 , TraesCS6B02G211800 , TraesCS6B02G211800 , TraesCS6B02G211800 , TraesCS6A02G184600
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.004G090900


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G046500 gibberellin 20 oxidase 1-B, putative, expressed -
2 Sobic.001G045300 ubiquitin family protein, putative, expressed -
3 Sobic.007G027400 MBTB16 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed -
4 Sobic.008G008701 - -
5 Sobic.002G084100 - -
6 Sobic.005G014600 OsMan09 - Endo-Beta-Mannanase, expressed K19355: mannan endo-1,4-beta-mannosidase
7 Sobic.004G122700 UDP-glucoronosyl/UDP-glucosyl transferase, putative, expressed -
8 Sobic.001G033701 - -
9 Sobic.003G245101 - -
10 Sobic.002G289601 - -
11 Sobic.009G113300 - -
12 Sobic.004G162800 - -
13 Sobic.001G358101 - -
14 Sobic.010G081500 - -
15 Sobic.009G159800 - -
16 Sobic.008G069901 - -
17 Sobic.003G190701 - -
18 Sobic.001G160300 - -
19 Sobic.004G184900 pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed -
20 Sobic.006G258200 - -


Gene co-expression network
sample Sobic004G090900 Sobic004G090900 Sobic002G046500 Sobic002G046500 Sobic004G090900--Sobic002G046500 Sobic001G045300 Sobic001G045300 Sobic004G090900--Sobic001G045300 Sobic007G027400 Sobic007G027400 Sobic004G090900--Sobic007G027400 Sobic008G008701 Sobic008G008701 Sobic004G090900--Sobic008G008701 Sobic002G084100 Sobic002G084100 Sobic004G090900--Sobic002G084100 Sobic005G014600 Sobic005G014600 Sobic004G090900--Sobic005G014600 Sobic004G122700 Sobic004G122700 Sobic004G090900--Sobic004G122700 Sobic001G033701 Sobic001G033701 Sobic004G090900--Sobic001G033701 Sobic003G245101 Sobic003G245101 Sobic004G090900--Sobic003G245101 Sobic002G046500--Sobic004G090900 Sobic002G046500--Sobic001G045300 Sobic002G046500--Sobic007G027400 Sobic002G046500--Sobic002G084100 Sobic002G046500--Sobic003G245101 Sobic004G162800 Sobic004G162800 Sobic002G046500--Sobic004G162800 Sobic001G358101 Sobic001G358101 Sobic002G046500--Sobic001G358101 Sobic002G289601 Sobic002G289601 Sobic002G046500--Sobic002G289601 Sobic002G046500--Sobic005G014600 Sobic001G045300--Sobic007G027400 Sobic001G045300--Sobic002G046500 Sobic001G045300--Sobic004G090900 Sobic001G045300--Sobic001G358101 Sobic001G045300--Sobic004G162800 Sobic001G045300--Sobic003G245101 Sobic001G045300--Sobic002G084100 Sobic001G045300--Sobic008G008701 Sobic003G190701 Sobic003G190701 Sobic001G045300--Sobic003G190701 Sobic007G027400--Sobic001G045300 Sobic007G027400--Sobic002G046500 Sobic007G027400--Sobic001G358101 Sobic007G027400--Sobic004G090900 Sobic007G027400--Sobic004G162800 Sobic007G027400--Sobic003G245101 Sobic007G027400--Sobic002G084100 Sobic007G027400--Sobic003G190701 Sobic007G027400--Sobic008G008701 Sobic008G008701--Sobic004G122700 Sobic008G008701--Sobic004G090900 Sobic008G008701--Sobic001G045300 Sobic001G138500 Sobic001G138500 Sobic008G008701--Sobic001G138500 Sobic008G008701--Sobic002G046500 Sobic008G008701--Sobic007G027400 Sobic005G207550 Sobic005G207550 Sobic008G008701--Sobic005G207550 Sobic008G008701--Sobic001G033701 Sobic008G008601 Sobic008G008601 Sobic008G008701--Sobic008G008601 Sobic002G084100--Sobic003G245101 Sobic002G084100--Sobic002G289601 Sobic009G159800 Sobic009G159800 Sobic002G084100--Sobic009G159800 Sobic002G084100--Sobic004G162800 Sobic010G081500 Sobic010G081500 Sobic002G084100--Sobic010G081500 Sobic002G084100--Sobic002G046500 Sobic009G113300 Sobic009G113300 Sobic002G084100--Sobic009G113300 Sobic002G084100--Sobic001G358101 Sobic002G084100--Sobic005G014600 Sobic005G014600--Sobic002G289601 Sobic005G014600--Sobic009G113300 Sobic005G014600--Sobic002G084100 Sobic005G014600--Sobic010G081500 Sobic005G014600--Sobic002G046500 Sobic005G014600--Sobic003G245101 Sobic005G014600--Sobic004G090900 Sobic005G014600--Sobic009G159800 Sobic008G069901 Sobic008G069901 Sobic005G014600--Sobic008G069901 Sobic004G122700--Sobic008G008701 Sobic004G122700--Sobic004G090900 Sobic004G122700--Sobic001G138500 Sobic004G122700--Sobic008G008601 Sobic004G122700--Sobic001G045300 Sobic004G122700--Sobic005G207550 Sobic004G122700--Sobic002G046500 Sobic004G122700--Sobic001G033701 Sobic004G122700--Sobic007G027400 Sobic001G033701--Sobic004G090900 Sobic001G033701--Sobic002G046500 Sobic001G033701--Sobic001G045300 Sobic001G033701--Sobic002G289601 Sobic001G033701--Sobic005G014600 Sobic001G033701--Sobic002G084100 Sobic001G033701--Sobic007G027400 Sobic001G033701--Sobic008G008701 Sobic001G033701--Sobic009G113300 Sobic003G245101--Sobic002G084100 Sobic003G245101--Sobic004G162800 Sobic003G245101--Sobic009G159800 Sobic003G245101--Sobic002G289601 Sobic003G245101--Sobic001G358101 Sobic003G245101--Sobic010G081500 Sobic003G245101--Sobic003G190701 Sobic003G245101--Sobic002G046500 Sobic003G245101--Sobic009G113300
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.