Gene annotation
Transcriptome id Sobic.005G134900.1
Synonym CHS, ATCHS, TT4, Sb05g019856
Functional annotation chalcone and stilbene synthases, putative, expressed
UniProt A0A1B6PS96
Pfam PF08545
Panther DB PTHR11877 PTHR11877:SF29
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006633; fatty acid biosynthetic process GO:00043153-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G13930 : Chalcone and stilbene synthase family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os10g07616.1 : chalcone synthase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a033830 , Zm00025a033583 , Zm00025a033827
Brachypodium -
Barley HORVU1Hr1G004840.2 , HORVU1Hr1G004830.1 , HORVU6Hr1G074060.1 , HORVU6Hr1G074060.2 , HORVU1Hr1G004840.3 , HORVU1Hr1G004840.1 , HORVU6Hr1G055000.2 , HORVU6Hr1G055000.3 , HORVU6Hr1G055000.1 , HORVU6Hr1G055000.4 , HORVU6Hr1G055000.5
Wheat TraesCS6A02G215600 , TraesCS4B02G021600 , TraesCS6A02G298400 , TraesCS6B02G327900 , TraesCS4A02G292500
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G059700 Rf1, mitochondrial precursor, putative, expressed -
2 Sobic.010G197566 - -
3 Sobic.003G314566 - -
4 Sobic.002G070500 anthocyanidin 3-O-glucosyltransferase, putative, expressed -
5 Sobic.001G209550 - -
6 Sobic.001G455400 - -
7 Sobic.010G034700 transferase family protein, putative, expressed -
8 Sobic.004G337132 - -
9 Sobic.001G230600 histidine kinase, putative, expressed -
10 Sobic.001G210101 - -
11 Sobic.004G300400 - -
12 Sobic.003G294550 - -
13 Sobic.006G185150 - -
14 Sobic.001G257600 - -
15 Sobic.006G024101 - -
16 Sobic.004G217400 expressed protein -
17 Sobic.005G019650 - -
18 Sobic.010G263051 - -
19 Sobic.010G180300 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed -
20 Sobic.002G146701 - -


Gene co-expression network
sample Sobic005G134900 Sobic005G134900 Sobic002G059700 Sobic002G059700 Sobic005G134900--Sobic002G059700 Sobic010G197566 Sobic010G197566 Sobic005G134900--Sobic010G197566 Sobic003G314566 Sobic003G314566 Sobic005G134900--Sobic003G314566 Sobic002G070500 Sobic002G070500 Sobic005G134900--Sobic002G070500 Sobic001G209550 Sobic001G209550 Sobic005G134900--Sobic001G209550 Sobic001G455400 Sobic001G455400 Sobic005G134900--Sobic001G455400 Sobic010G034700 Sobic010G034700 Sobic005G134900--Sobic010G034700 Sobic004G337132 Sobic004G337132 Sobic005G134900--Sobic004G337132 Sobic001G230600 Sobic001G230600 Sobic005G134900--Sobic001G230600 Sobic002G059700--Sobic001G209550 Sobic002G059700--Sobic002G070500 Sobic002G059700--Sobic005G134900 Sobic006G147101 Sobic006G147101 Sobic002G059700--Sobic006G147101 Sobic002G347850 Sobic002G347850 Sobic002G059700--Sobic002G347850 Sobic008G109650 Sobic008G109650 Sobic002G059700--Sobic008G109650 Sobic001G208166 Sobic001G208166 Sobic002G059700--Sobic001G208166 Sobic002G059700--Sobic001G230600 Sobic002G059700--Sobic010G034700 Sobic010G230100 Sobic010G230100 Sobic010G197566--Sobic010G230100 Sobic010G197566--Sobic004G337132 Sobic009G230300 Sobic009G230300 Sobic010G197566--Sobic009G230300 Sobic001G369101 Sobic001G369101 Sobic010G197566--Sobic001G369101 Sobic004G007550 Sobic004G007550 Sobic010G197566--Sobic004G007550 Sobic006G244900 Sobic006G244900 Sobic010G197566--Sobic006G244900 Sobic004G342800 Sobic004G342800 Sobic010G197566--Sobic004G342800 Sobic010G197566--Sobic001G455400 Sobic003G108050 Sobic003G108050 Sobic010G197566--Sobic003G108050 Sobic003G314566--Sobic005G134900 Sobic003G314566--Sobic010G197566 Sobic003G314566--Sobic002G059700 Sobic003G314566--Sobic010G034700 Sobic003G314566--Sobic001G209550 Sobic010G141700 Sobic010G141700 Sobic003G314566--Sobic010G141700 Sobic003G408700 Sobic003G408700 Sobic003G314566--Sobic003G408700 Sobic004G254200 Sobic004G254200 Sobic003G314566--Sobic004G254200 Sobic001G507933 Sobic001G507933 Sobic003G314566--Sobic001G507933 Sobic002G070500--Sobic002G059700 Sobic004G007166 Sobic004G007166 Sobic002G070500--Sobic004G007166 Sobic002G070500--Sobic001G209550 Sobic002G070500--Sobic005G134900 Sobic001G210101 Sobic001G210101 Sobic002G070500--Sobic001G210101 Sobic008G187450 Sobic008G187450 Sobic002G070500--Sobic008G187450 Sobic008G176266 Sobic008G176266 Sobic002G070500--Sobic008G176266 Sobic001G387400 Sobic001G387400 Sobic002G070500--Sobic001G387400 Sobic009G028650 Sobic009G028650 Sobic002G070500--Sobic009G028650 Sobic001G209550--Sobic002G059700 Sobic001G209550--Sobic002G070500 Sobic001G209550--Sobic006G147101 Sobic001G209550--Sobic002G347850 Sobic001G209550--Sobic008G109650 Sobic001G209550--Sobic005G134900 Sobic001G209550--Sobic001G208166 Sobic004G080901 Sobic004G080901 Sobic001G209550--Sobic004G080901 Sobic002G162601 Sobic002G162601 Sobic001G209550--Sobic002G162601 Sobic003G090100 Sobic003G090100 Sobic001G455400--Sobic003G090100 Sobic005G207900 Sobic005G207900 Sobic001G455400--Sobic005G207900 Sobic007G007250 Sobic007G007250 Sobic001G455400--Sobic007G007250 Sobic001G436850 Sobic001G436850 Sobic001G455400--Sobic001G436850 Sobic007G146800 Sobic007G146800 Sobic001G455400--Sobic007G146800 Sobic006G089200 Sobic006G089200 Sobic001G455400--Sobic006G089200 Sobic008G082450 Sobic008G082450 Sobic001G455400--Sobic008G082450 Sobic010G140300 Sobic010G140300 Sobic001G455400--Sobic010G140300 Sobic001G018700 Sobic001G018700 Sobic001G455400--Sobic001G018700 Sobic010G034700--Sobic005G134900 Sobic010G034700--Sobic002G059700 Sobic010G034700--Sobic001G230600 Sobic010G034700--Sobic003G314566 Sobic010G034700--Sobic001G209550 Sobic004G184600 Sobic004G184600 Sobic010G034700--Sobic004G184600 Sobic010G164600 Sobic010G164600 Sobic010G034700--Sobic010G164600 Sobic010G034700--Sobic010G197566 Sobic010G034700--Sobic006G147101 Sobic004G300400 Sobic004G300400 Sobic004G337132--Sobic004G300400 Sobic004G337132--Sobic004G007550 Sobic004G337132--Sobic006G244900 Sobic004G217400 Sobic004G217400 Sobic004G337132--Sobic004G217400 Sobic007G151900 Sobic007G151900 Sobic004G337132--Sobic007G151900 Sobic003G329100 Sobic003G329100 Sobic004G337132--Sobic003G329100 Sobic001G013701 Sobic001G013701 Sobic004G337132--Sobic001G013701 Sobic002G146701 Sobic002G146701 Sobic004G337132--Sobic002G146701 Sobic003G294550 Sobic003G294550 Sobic004G337132--Sobic003G294550 Sobic001G230600--Sobic002G162601 Sobic007G157600 Sobic007G157600 Sobic001G230600--Sobic007G157600 Sobic001G230600--Sobic002G059700 Sobic001G230600--Sobic006G147101 Sobic001G230600--Sobic005G134900 Sobic001G230600--Sobic001G209550 Sobic001G230600--Sobic010G034700 Sobic001G230600--Sobic002G070500 Sobic001G230600--Sobic004G184600
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.