Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G004700.1
Synonym Sb06g000600
Functional annotation erythronate-4-phosphate dehydrogenase domain containing protein, expressed
UniProt C5YBK8
Pfam PF03446 PF00389
Panther DB PTHR10996 PTHR10996:SF131
NCBI CDD KOG0069; Glyoxylate/hydroxypyruvate reductase (D-isomer-specific 2-hydroxy acid dehydrogenase superfamily)
KEGG Orthology K15919; glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
Gene Ontology GO:0004616; phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity GO:0016616oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor GO:0008152metabolic process


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G45630 : D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g01650.1 : erythronate-4-phosphate dehydrogenase domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a055473 , Zm00025a055475
Brachypodium KQJ81655 , KQJ81659 , PNT60611 , KQJ81661 , KQJ81662
Barley HORVU2Hr1G005140.1 , HORVU4Hr1G086940.1 , HORVU4Hr1G086940.3 , HORVU4Hr1G086940.2 , HORVU4Hr1G086940.5 , HORVU4Hr1G086940.4 , HORVU4Hr1G086940.6 , HORVU2Hr1G005140.17 , HORVU2Hr1G005230.1 , HORVU2Hr1G005230.2 , HORVU2Hr1G005230.3 , HORVU2Hr1G005140.20 , HORVU2Hr1G005210.2 , HORVU2Hr1G005210.3
Wheat TraesCS2A02G035400 , TraesCS2D02G034600 , TraesCS2A02G035500 , TraesCS2D02G034700 , TraesCS2B02G048500 , TraesCS2B02G048100
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G053700 - -
2 Sobic.003G046000 - -
3 Sobic.007G087500 hypothetical protein -
4 Sobic.002G063500 Leucine Rich Repeat family protein, expressed -
5 Sobic.008G069901 - -
6 Sobic.004G184900 pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed -
7 Sobic.004G173800 - -
8 Sobic.001G160300 - -
9 Sobic.006G076700 - -
10 Sobic.002G103400 - -
11 Sobic.001G152240 - -
12 Sobic.009G113300 - -
13 Sobic.006G258200 - -
14 Sobic.010G081500 - -
15 Sobic.001G452300 NAD dependent epimerase/dehydratase family protein, putative, expressed -
16 Sobic.002G289601 - -
17 Sobic.008G008601 - -
18 Sobic.005G014600 OsMan09 - Endo-Beta-Mannanase, expressed K19355: mannan endo-1,4-beta-mannosidase
19 Sobic.005G029866 - -
20 Sobic.005G144101 - -


Gene co-expression network
sample Sobic006G004700 Sobic006G004700 Sobic008G053700 Sobic008G053700 Sobic006G004700--Sobic008G053700 Sobic003G046000 Sobic003G046000 Sobic006G004700--Sobic003G046000 Sobic007G087500 Sobic007G087500 Sobic006G004700--Sobic007G087500 Sobic002G063500 Sobic002G063500 Sobic006G004700--Sobic002G063500 Sobic008G069901 Sobic008G069901 Sobic006G004700--Sobic008G069901 Sobic004G184900 Sobic004G184900 Sobic006G004700--Sobic004G184900 Sobic004G173800 Sobic004G173800 Sobic006G004700--Sobic004G173800 Sobic001G160300 Sobic001G160300 Sobic006G004700--Sobic001G160300 Sobic006G076700 Sobic006G076700 Sobic006G004700--Sobic006G076700 Sobic008G053700--Sobic006G004700 Sobic008G053700--Sobic003G046000 Sobic008G053700--Sobic008G069901 Sobic008G053700--Sobic004G184900 Sobic008G053700--Sobic006G076700 Sobic008G053700--Sobic007G087500 Sobic008G053700--Sobic002G063500 Sobic008G053700--Sobic001G160300 Sobic008G053700--Sobic004G173800 Sobic003G046000--Sobic008G069901 Sobic003G046000--Sobic004G184900 Sobic003G046000--Sobic006G076700 Sobic006G258200 Sobic006G258200 Sobic003G046000--Sobic006G258200 Sobic009G113300 Sobic009G113300 Sobic003G046000--Sobic009G113300 Sobic003G046000--Sobic001G160300 Sobic010G081500 Sobic010G081500 Sobic003G046000--Sobic010G081500 Sobic003G046000--Sobic008G053700 Sobic002G289601 Sobic002G289601 Sobic003G046000--Sobic002G289601 Sobic007G087500--Sobic006G004700 Sobic007G087500--Sobic008G053700 Sobic001G452300 Sobic001G452300 Sobic007G087500--Sobic001G452300 Sobic008G008601 Sobic008G008601 Sobic007G087500--Sobic008G008601 Sobic007G087500--Sobic002G063500 Sobic007G087500--Sobic004G184900 Sobic007G087500--Sobic008G069901 Sobic010G091750 Sobic010G091750 Sobic007G087500--Sobic010G091750 Sobic007G087500--Sobic003G046000 Sobic002G063500--Sobic008G069901 Sobic002G063500--Sobic001G160300 Sobic002G063500--Sobic003G046000 Sobic002G063500--Sobic004G184900 Sobic002G063500--Sobic009G113300 Sobic002G063500--Sobic006G004700 Sobic005G014600 Sobic005G014600 Sobic002G063500--Sobic005G014600 Sobic002G063500--Sobic002G289601 Sobic002G063500--Sobic010G081500 Sobic008G069901--Sobic003G046000 Sobic008G069901--Sobic004G184900 Sobic008G069901--Sobic009G113300 Sobic008G069901--Sobic010G081500 Sobic008G069901--Sobic002G289601 Sobic008G069901--Sobic001G160300 Sobic008G069901--Sobic006G258200 Sobic008G069901--Sobic002G063500 Sobic008G069901--Sobic005G014600 Sobic004G184900--Sobic008G069901 Sobic004G184900--Sobic003G046000 Sobic004G184900--Sobic009G113300 Sobic004G184900--Sobic010G081500 Sobic004G184900--Sobic002G289601 Sobic004G184900--Sobic006G258200 Sobic004G184900--Sobic001G160300 Sobic004G184900--Sobic006G076700 Sobic004G184900--Sobic005G014600 Sobic004G173800--Sobic008G053700 Sobic004G173800--Sobic006G004700 Sobic001G152240 Sobic001G152240 Sobic004G173800--Sobic001G152240 Sobic002G103400 Sobic002G103400 Sobic004G173800--Sobic002G103400 Sobic002G260500 Sobic002G260500 Sobic004G173800--Sobic002G260500 Sobic004G173800--Sobic003G046000 Sobic004G173800--Sobic006G076700 Sobic004G173800--Sobic007G087500 Sobic005G144101 Sobic005G144101 Sobic004G173800--Sobic005G144101 Sobic001G160300--Sobic009G113300 Sobic001G160300--Sobic010G081500 Sobic001G160300--Sobic006G258200 Sobic001G160300--Sobic002G289601 Sobic001G160300--Sobic003G046000 Sobic009G159800 Sobic009G159800 Sobic001G160300--Sobic009G159800 Sobic001G160300--Sobic008G069901 Sobic002G084100 Sobic002G084100 Sobic001G160300--Sobic002G084100 Sobic001G160300--Sobic006G076700 Sobic006G076700--Sobic003G046000 Sobic006G076700--Sobic006G258200 Sobic006G076700--Sobic010G081500 Sobic006G076700--Sobic001G160300 Sobic006G076700--Sobic009G113300 Sobic006G076700--Sobic004G184900 Sobic006G076700--Sobic008G069901 Sobic006G076700--Sobic002G289601 Sobic006G076700--Sobic009G159800
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.