Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G452300.1
Synonym Sb01g042510, CSP41A
Functional annotation NAD dependent epimerase/dehydratase family protein, putative, expressed
UniProt C5WSN9
Pfam -
Panther DB PTHR10366 PTHR10366:SF278
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G63140 : chloroplast stem-loop binding protein of 41 kDa
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g11110.1 : NAD dependent epimerase/dehydratase family protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a045403
Brachypodium KQK20355
Barley HORVU6Hr1G004860.10 , HORVU6Hr1G004860.3 , HORVU6Hr1G004860.1 , HORVU6Hr1G004860.6 , HORVU6Hr1G004860.7 , HORVU6Hr1G004860.4 , HORVU6Hr1G004860.5 , HORVU6Hr1G004860.8 , HORVU6Hr1G004860.9
Wheat TraesCS6D02G029300 , TraesCS6B02G036400 , TraesCS6A02G025700
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G008601 - -
2 Sobic.007G087500 hypothetical protein -
3 Sobic.004G122700 UDP-glucoronosyl/UDP-glucosyl transferase, putative, expressed -
4 Sobic.008G069901 - -
5 Sobic.002G063500 Leucine Rich Repeat family protein, expressed -
6 Sobic.004G184900 pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed -
7 Sobic.008G008701 - -
8 Sobic.004G090900 nuclear ribonuclease Z, putative, expressed K00784: ribonuclease Z
9 Sobic.001G033701 - -
10 Sobic.006G004700 erythronate-4-phosphate dehydrogenase domain containing protein, expressed K15919: glyoxylate/hydroxypyruvate reductase
11 Sobic.005G014600 OsMan09 - Endo-Beta-Mannanase, expressed K19355: mannan endo-1,4-beta-mannosidase
12 Sobic.003G046000 - -
13 Sobic.006G137900 heavy metal-associated domain containing protein, expressed -
14 Sobic.008G053700 - -
15 Sobic.009G113300 - -
16 Sobic.005G025500 expressed protein -
17 Sobic.002G046500 gibberellin 20 oxidase 1-B, putative, expressed -
18 Sobic.005G013700 - -
19 Sobic.002G289601 - -
20 Sobic.001G138500 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic001G452300 Sobic001G452300 Sobic008G008601 Sobic008G008601 Sobic001G452300--Sobic008G008601 Sobic007G087500 Sobic007G087500 Sobic001G452300--Sobic007G087500 Sobic004G122700 Sobic004G122700 Sobic001G452300--Sobic004G122700 Sobic008G069901 Sobic008G069901 Sobic001G452300--Sobic008G069901 Sobic002G063500 Sobic002G063500 Sobic001G452300--Sobic002G063500 Sobic004G184900 Sobic004G184900 Sobic001G452300--Sobic004G184900 Sobic008G008701 Sobic008G008701 Sobic001G452300--Sobic008G008701 Sobic004G090900 Sobic004G090900 Sobic001G452300--Sobic004G090900 Sobic001G033701 Sobic001G033701 Sobic001G452300--Sobic001G033701 Sobic008G008601--Sobic001G452300 Sobic008G008601--Sobic004G122700 Sobic008G008601--Sobic008G008701 Sobic008G008601--Sobic002G063500 Sobic008G008601--Sobic004G090900 Sobic008G008601--Sobic008G069901 Sobic008G008601--Sobic007G087500 Sobic008G008601--Sobic001G033701 Sobic008G008601--Sobic004G184900 Sobic006G004700 Sobic006G004700 Sobic007G087500--Sobic006G004700 Sobic008G053700 Sobic008G053700 Sobic007G087500--Sobic008G053700 Sobic007G087500--Sobic001G452300 Sobic007G087500--Sobic008G008601 Sobic007G087500--Sobic002G063500 Sobic007G087500--Sobic004G184900 Sobic007G087500--Sobic008G069901 Sobic010G091750 Sobic010G091750 Sobic007G087500--Sobic010G091750 Sobic003G046000 Sobic003G046000 Sobic007G087500--Sobic003G046000 Sobic004G122700--Sobic008G008701 Sobic004G122700--Sobic004G090900 Sobic001G138500 Sobic001G138500 Sobic004G122700--Sobic001G138500 Sobic004G122700--Sobic008G008601 Sobic001G045300 Sobic001G045300 Sobic004G122700--Sobic001G045300 Sobic005G207550 Sobic005G207550 Sobic004G122700--Sobic005G207550 Sobic002G046500 Sobic002G046500 Sobic004G122700--Sobic002G046500 Sobic004G122700--Sobic001G033701 Sobic007G027400 Sobic007G027400 Sobic004G122700--Sobic007G027400 Sobic008G069901--Sobic003G046000 Sobic008G069901--Sobic004G184900 Sobic009G113300 Sobic009G113300 Sobic008G069901--Sobic009G113300 Sobic010G081500 Sobic010G081500 Sobic008G069901--Sobic010G081500 Sobic002G289601 Sobic002G289601 Sobic008G069901--Sobic002G289601 Sobic001G160300 Sobic001G160300 Sobic008G069901--Sobic001G160300 Sobic006G258200 Sobic006G258200 Sobic008G069901--Sobic006G258200 Sobic008G069901--Sobic002G063500 Sobic005G014600 Sobic005G014600 Sobic008G069901--Sobic005G014600 Sobic002G063500--Sobic008G069901 Sobic002G063500--Sobic001G160300 Sobic002G063500--Sobic003G046000 Sobic002G063500--Sobic004G184900 Sobic002G063500--Sobic009G113300 Sobic002G063500--Sobic006G004700 Sobic002G063500--Sobic005G014600 Sobic002G063500--Sobic002G289601 Sobic002G063500--Sobic010G081500 Sobic004G184900--Sobic008G069901 Sobic004G184900--Sobic003G046000 Sobic004G184900--Sobic009G113300 Sobic004G184900--Sobic010G081500 Sobic004G184900--Sobic002G289601 Sobic004G184900--Sobic006G258200 Sobic004G184900--Sobic001G160300 Sobic006G076700 Sobic006G076700 Sobic004G184900--Sobic006G076700 Sobic004G184900--Sobic005G014600 Sobic008G008701--Sobic004G122700 Sobic008G008701--Sobic004G090900 Sobic008G008701--Sobic001G045300 Sobic008G008701--Sobic001G138500 Sobic008G008701--Sobic002G046500 Sobic008G008701--Sobic007G027400 Sobic008G008701--Sobic005G207550 Sobic008G008701--Sobic001G033701 Sobic008G008701--Sobic008G008601 Sobic004G090900--Sobic002G046500 Sobic004G090900--Sobic001G045300 Sobic004G090900--Sobic007G027400 Sobic004G090900--Sobic008G008701 Sobic002G084100 Sobic002G084100 Sobic004G090900--Sobic002G084100 Sobic004G090900--Sobic005G014600 Sobic004G090900--Sobic004G122700 Sobic004G090900--Sobic001G033701 Sobic003G245101 Sobic003G245101 Sobic004G090900--Sobic003G245101 Sobic001G033701--Sobic004G090900 Sobic001G033701--Sobic002G046500 Sobic001G033701--Sobic001G045300 Sobic001G033701--Sobic002G289601 Sobic001G033701--Sobic005G014600 Sobic001G033701--Sobic002G084100 Sobic001G033701--Sobic007G027400 Sobic001G033701--Sobic008G008701 Sobic001G033701--Sobic009G113300
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.