Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G063500.1
Synonym Sb02g005280
Functional annotation Leucine Rich Repeat family protein, expressed
UniProt C5XBW1
Pfam PF13855 PF00931
Panther DB PTHR23155 PTHR23155:SF528
NCBI CDD KOG4658; Apoptotic ATPase
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G14470 : NB-ARC domain-containing disease resistance protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os11g46200.1 : Leucine Rich Repeat family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat TraesCS4A02G487400 , TraesCS7A02G004500
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G069901 - -
2 Sobic.001G160300 - -
3 Sobic.003G046000 - -
4 Sobic.004G184900 pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed -
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7 Sobic.005G014600 OsMan09 - Endo-Beta-Mannanase, expressed K19355: mannan endo-1,4-beta-mannosidase
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10 Sobic.006G258200 - -
11 Sobic.008G053700 - -
12 Sobic.008G008601 - -
13 Sobic.004G090900 nuclear ribonuclease Z, putative, expressed K00784: ribonuclease Z
14 Sobic.002G084100 - -
15 Sobic.006G076700 - -
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17 Sobic.002G046500 gibberellin 20 oxidase 1-B, putative, expressed -
18 Sobic.009G159800 - -
19 Sobic.003G245101 - -
20 Sobic.001G452300 NAD dependent epimerase/dehydratase family protein, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G063500 Sobic002G063500 Sobic008G069901 Sobic008G069901 Sobic002G063500--Sobic008G069901 Sobic001G160300 Sobic001G160300 Sobic002G063500--Sobic001G160300 Sobic003G046000 Sobic003G046000 Sobic002G063500--Sobic003G046000 Sobic004G184900 Sobic004G184900 Sobic002G063500--Sobic004G184900 Sobic009G113300 Sobic009G113300 Sobic002G063500--Sobic009G113300 Sobic006G004700 Sobic006G004700 Sobic002G063500--Sobic006G004700 Sobic005G014600 Sobic005G014600 Sobic002G063500--Sobic005G014600 Sobic002G289601 Sobic002G289601 Sobic002G063500--Sobic002G289601 Sobic010G081500 Sobic010G081500 Sobic002G063500--Sobic010G081500 Sobic008G069901--Sobic003G046000 Sobic008G069901--Sobic004G184900 Sobic008G069901--Sobic009G113300 Sobic008G069901--Sobic010G081500 Sobic008G069901--Sobic002G289601 Sobic008G069901--Sobic001G160300 Sobic006G258200 Sobic006G258200 Sobic008G069901--Sobic006G258200 Sobic008G069901--Sobic002G063500 Sobic008G069901--Sobic005G014600 Sobic001G160300--Sobic009G113300 Sobic001G160300--Sobic010G081500 Sobic001G160300--Sobic006G258200 Sobic001G160300--Sobic002G289601 Sobic001G160300--Sobic003G046000 Sobic009G159800 Sobic009G159800 Sobic001G160300--Sobic009G159800 Sobic001G160300--Sobic008G069901 Sobic002G084100 Sobic002G084100 Sobic001G160300--Sobic002G084100 Sobic006G076700 Sobic006G076700 Sobic001G160300--Sobic006G076700 Sobic003G046000--Sobic008G069901 Sobic003G046000--Sobic004G184900 Sobic003G046000--Sobic006G076700 Sobic003G046000--Sobic006G258200 Sobic003G046000--Sobic009G113300 Sobic003G046000--Sobic001G160300 Sobic003G046000--Sobic010G081500 Sobic008G053700 Sobic008G053700 Sobic003G046000--Sobic008G053700 Sobic003G046000--Sobic002G289601 Sobic004G184900--Sobic008G069901 Sobic004G184900--Sobic003G046000 Sobic004G184900--Sobic009G113300 Sobic004G184900--Sobic010G081500 Sobic004G184900--Sobic002G289601 Sobic004G184900--Sobic006G258200 Sobic004G184900--Sobic001G160300 Sobic004G184900--Sobic006G076700 Sobic004G184900--Sobic005G014600 Sobic009G113300--Sobic010G081500 Sobic009G113300--Sobic002G289601 Sobic009G113300--Sobic006G258200 Sobic009G113300--Sobic001G160300 Sobic009G113300--Sobic002G084100 Sobic009G113300--Sobic009G159800 Sobic009G113300--Sobic008G069901 Sobic009G113300--Sobic005G014600 Sobic003G245101 Sobic003G245101 Sobic009G113300--Sobic003G245101 Sobic006G004700--Sobic008G053700 Sobic006G004700--Sobic003G046000 Sobic007G087500 Sobic007G087500 Sobic006G004700--Sobic007G087500 Sobic006G004700--Sobic002G063500 Sobic006G004700--Sobic008G069901 Sobic006G004700--Sobic004G184900 Sobic004G173800 Sobic004G173800 Sobic006G004700--Sobic004G173800 Sobic006G004700--Sobic001G160300 Sobic006G004700--Sobic006G076700 Sobic005G014600--Sobic002G289601 Sobic005G014600--Sobic009G113300 Sobic005G014600--Sobic002G084100 Sobic005G014600--Sobic010G081500 Sobic002G046500 Sobic002G046500 Sobic005G014600--Sobic002G046500 Sobic005G014600--Sobic003G245101 Sobic004G090900 Sobic004G090900 Sobic005G014600--Sobic004G090900 Sobic005G014600--Sobic009G159800 Sobic005G014600--Sobic008G069901 Sobic002G289601--Sobic010G081500 Sobic002G289601--Sobic009G113300 Sobic002G289601--Sobic002G084100 Sobic002G289601--Sobic009G159800 Sobic002G289601--Sobic003G245101 Sobic002G289601--Sobic006G258200 Sobic002G289601--Sobic005G014600 Sobic002G289601--Sobic001G160300 Sobic004G162800 Sobic004G162800 Sobic002G289601--Sobic004G162800 Sobic010G081500--Sobic002G289601 Sobic010G081500--Sobic009G113300 Sobic010G081500--Sobic009G159800 Sobic010G081500--Sobic006G258200 Sobic010G081500--Sobic002G084100 Sobic010G081500--Sobic003G245101 Sobic010G081500--Sobic001G160300 Sobic010G081500--Sobic005G014600 Sobic010G081500--Sobic008G069901
Octagon: transcription factors


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