Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G023100.1
Synonym Sb03g002190
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during dark-induced senescence. (PubMedID : 27586543)
-
UniProt C5XL50
Pfam PF03732
Panther DB PTHR33223 PTHR33223:SF1
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR -
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g11080.1 : transposable element protein, putative, containing Pfam profile: PF03732, Retrotrans_gag, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley HORVU3Hr1G029130.1
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G120050 - -
2 Sobic.003G021401 - -
3 Sobic.004G200501 - -
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7 Sobic.010G228200 expressed protein -
8 Sobic.006G137900 heavy metal-associated domain containing protein, expressed -
9 Sobic.007G120600 KED, putative, expressed -
10 Sobic.002G063201 - -
11 Sobic.004G013400 peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, FKBP-type, putative, expressed K01802: peptidylprolyl isomerase
12 Sobic.008G008601 - -
13 Sobic.001G452300 NAD dependent epimerase/dehydratase family protein, putative, expressed -
14 Sobic.001G190600 pleiotropic drug resistance protein 15, putative, expressed -
15 Sobic.001G060001 - -
16 Sobic.010G267651 - -
17 Sobic.010G065500 BHLH transcription factor, putative, expressed -
18 Sobic.005G207550 - -
19 Sobic.007G087500 hypothetical protein -
20 Sobic.004G052700 hypothetical protein -


Gene co-expression network
sample Sobic003G023100 Sobic003G023100 Sobic003G120050 Sobic003G120050 Sobic003G023100--Sobic003G120050 Sobic003G021401 Sobic003G021401 Sobic003G023100--Sobic003G021401 Sobic004G200501 Sobic004G200501 Sobic003G023100--Sobic004G200501 Sobic010G146350 Sobic010G146350 Sobic003G023100--Sobic010G146350 Sobic005G207600 Sobic005G207600 Sobic003G023100--Sobic005G207600 Sobic002G277366 Sobic002G277366 Sobic003G023100--Sobic002G277366 Sobic010G228200 Sobic010G228200 Sobic003G023100--Sobic010G228200 Sobic006G137900 Sobic006G137900 Sobic003G023100--Sobic006G137900 Sobic007G120600 Sobic007G120600 Sobic003G023100--Sobic007G120600 Sobic003G120050--Sobic003G021401 Sobic003G120050--Sobic003G023100 Sobic008G008601 Sobic008G008601 Sobic003G120050--Sobic008G008601 Sobic001G452300 Sobic001G452300 Sobic003G120050--Sobic001G452300 Sobic004G013400 Sobic004G013400 Sobic003G120050--Sobic004G013400 Sobic003G120050--Sobic006G137900 Sobic001G138500 Sobic001G138500 Sobic003G120050--Sobic001G138500 Sobic003G120050--Sobic005G207600 Sobic001G190600 Sobic001G190600 Sobic003G120050--Sobic001G190600 Sobic003G021401--Sobic003G120050 Sobic003G021401--Sobic003G023100 Sobic003G021401--Sobic002G277366 Sobic003G021401--Sobic001G452300 Sobic003G021401--Sobic008G008601 Sobic003G021401--Sobic004G013400 Sobic003G021401--Sobic006G137900 Sobic007G087500 Sobic007G087500 Sobic003G021401--Sobic007G087500 Sobic003G021401--Sobic001G190600 Sobic004G200501--Sobic003G023100 Sobic004G200501--Sobic007G087500 Sobic004G200501--Sobic008G008601 Sobic004G200501--Sobic003G120050 Sobic005G013700 Sobic005G013700 Sobic004G200501--Sobic005G013700 Sobic004G200501--Sobic001G452300 Sobic004G173900 Sobic004G173900 Sobic004G200501--Sobic004G173900 Sobic004G122700 Sobic004G122700 Sobic004G200501--Sobic004G122700 Sobic008G008701 Sobic008G008701 Sobic004G200501--Sobic008G008701 Sobic010G146350--Sobic005G207600 Sobic010G146350--Sobic010G228200 Sobic010G146350--Sobic007G120600 Sobic001G060001 Sobic001G060001 Sobic010G146350--Sobic001G060001 Sobic010G146350--Sobic001G190600 Sobic005G207550 Sobic005G207550 Sobic010G146350--Sobic005G207550 Sobic004G052700 Sobic004G052700 Sobic010G146350--Sobic004G052700 Sobic008G096401 Sobic008G096401 Sobic010G146350--Sobic008G096401 Sobic010G146350--Sobic006G137900 Sobic005G207600--Sobic010G146350 Sobic005G207600--Sobic010G228200 Sobic005G207600--Sobic001G190600 Sobic005G207600--Sobic005G207550 Sobic005G207600--Sobic001G060001 Sobic005G207600--Sobic007G120600 Sobic005G207600--Sobic006G137900 Sobic005G207600--Sobic001G138500 Sobic005G207600--Sobic004G052700 Sobic002G277366--Sobic003G021401 Sobic002G277366--Sobic003G023100 Sobic002G277366--Sobic003G120050 Sobic003G323750 Sobic003G323750 Sobic002G277366--Sobic003G323750 Sobic002G063201 Sobic002G063201 Sobic002G277366--Sobic002G063201 Sobic010G091750 Sobic010G091750 Sobic002G277366--Sobic010G091750 Sobic006G077900 Sobic006G077900 Sobic002G277366--Sobic006G077900 Sobic002G277366--Sobic001G452300 Sobic002G277366--Sobic007G087500 Sobic010G228200--Sobic010G146350 Sobic010G228200--Sobic005G207600 Sobic010G228200--Sobic001G190600 Sobic010G228200--Sobic005G207550 Sobic010G228200--Sobic007G120600 Sobic010G228200--Sobic001G060001 Sobic010G228200--Sobic006G137900 Sobic010G228200--Sobic001G138500 Sobic010G228200--Sobic004G052700 Sobic006G137900--Sobic005G207550 Sobic006G137900--Sobic004G122700 Sobic006G137900--Sobic001G138500 Sobic006G137900--Sobic001G190600 Sobic006G137900--Sobic008G008701 Sobic006G137900--Sobic008G008601 Sobic006G137900--Sobic005G013700 Sobic004G325150 Sobic004G325150 Sobic006G137900--Sobic004G325150 Sobic004G090900 Sobic004G090900 Sobic006G137900--Sobic004G090900 Sobic007G120600--Sobic004G052700 Sobic007G120600--Sobic008G096401 Sobic007G120600--Sobic001G060001 Sobic007G120600--Sobic010G146350 Sobic007G120600--Sobic005G207600 Sobic010G267651 Sobic010G267651 Sobic007G120600--Sobic010G267651 Sobic004G181100 Sobic004G181100 Sobic007G120600--Sobic004G181100 Sobic007G120600--Sobic010G228200 Sobic002G188800 Sobic002G188800 Sobic007G120600--Sobic002G188800
Octagon: transcription factors


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