Gene annotation
Transcriptome id Sobic.005G208425.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1Z5RJQ7
Pfam PF02268
Panther DB PTHR10966
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006367; transcription initiation from RNA polymerase II promoter GO:0005672transcription factor TFIIA complex


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G24440 : transcription initiation factor IIA gamma chain / TFIIA-gamma (TFIIA-S)
RAP-DB (Rice) LOC_Os05g01710.3 : transcription initiation factor IIA gamma chain, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium KQK08070
Barley HORVU1Hr1G003460.1 , HORVU1Hr1G003460.2 , HORVU3Hr1G098510.1 , HORVU4Hr1G054350.1
Wheat TraesCS1D02G024600
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G088812 - -
2 Sobic.005G156201 - -
3 Sobic.010G194801 - -
4 Sobic.002G015950 - -
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6 Sobic.003G111700 - -
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8 Sobic.009G172100 GRF zinc finger family protein, expressed -
9 Sobic.003G260050 - -
10 Sobic.009G018100 - -
11 Sobic.005G205100 expressed protein -
12 Sobic.009G043900 O-methyltransferase, putative, expressed -
13 Sobic.003G438100 expressed protein -
14 Sobic.010G168100 expressed protein -
15 Sobic.001G442750 - -
16 Sobic.004G071850 - -
17 Sobic.010G011500 - -
18 Sobic.009G193600 Eukaryotic aspartyl protease domain containing protein, expressed -
19 Sobic.003G281000 - -
20 Sobic.004G296750 - -


Gene co-expression network
sample Sobic005G208425 Sobic005G208425 Sobic008G088812 Sobic008G088812 Sobic005G208425--Sobic008G088812 Sobic005G156201 Sobic005G156201 Sobic005G208425--Sobic005G156201 Sobic010G194801 Sobic010G194801 Sobic005G208425--Sobic010G194801 Sobic002G015950 Sobic002G015950 Sobic005G208425--Sobic002G015950 Sobic003G019500 Sobic003G019500 Sobic005G208425--Sobic003G019500 Sobic003G111700 Sobic003G111700 Sobic005G208425--Sobic003G111700 Sobic001G310000 Sobic001G310000 Sobic005G208425--Sobic001G310000 Sobic009G172100 Sobic009G172100 Sobic005G208425--Sobic009G172100 Sobic003G260050 Sobic003G260050 Sobic005G208425--Sobic003G260050 Sobic008G088812--Sobic010G194801 Sobic008G088812--Sobic003G019500 Sobic008G088812--Sobic005G156201 Sobic008G088812--Sobic003G111700 Sobic008G088812--Sobic003G260050 Sobic008G088812--Sobic001G310000 Sobic008G088812--Sobic005G208425 Sobic009G043900 Sobic009G043900 Sobic008G088812--Sobic009G043900 Sobic008G088812--Sobic002G015950 Sobic005G156201--Sobic003G019500 Sobic009G018100 Sobic009G018100 Sobic005G156201--Sobic009G018100 Sobic005G156201--Sobic008G088812 Sobic005G156201--Sobic010G194801 Sobic005G156201--Sobic009G172100 Sobic005G156201--Sobic003G111700 Sobic005G156201--Sobic001G310000 Sobic005G156201--Sobic005G208425 Sobic005G205100 Sobic005G205100 Sobic005G156201--Sobic005G205100 Sobic010G194801--Sobic003G111700 Sobic010G194801--Sobic003G019500 Sobic010G194801--Sobic003G260050 Sobic010G194801--Sobic008G088812 Sobic002G202050 Sobic002G202050 Sobic010G194801--Sobic002G202050 Sobic006G247200 Sobic006G247200 Sobic010G194801--Sobic006G247200 Sobic002G015950--Sobic003G260050 Sobic002G015950--Sobic003G111700 Sobic009G193600 Sobic009G193600 Sobic002G015950--Sobic009G193600 Sobic002G015950--Sobic001G310000 Sobic002G015950--Sobic010G194801 Sobic010G011500 Sobic010G011500 Sobic002G015950--Sobic010G011500 Sobic004G071850 Sobic004G071850 Sobic002G015950--Sobic004G071850 Sobic002G266700 Sobic002G266700 Sobic002G015950--Sobic002G266700 Sobic002G015950--Sobic009G043900 Sobic003G019500--Sobic010G194801 Sobic003G019500--Sobic003G111700 Sobic003G019500--Sobic005G156201 Sobic003G019500--Sobic008G088812 Sobic003G019500--Sobic003G260050 Sobic003G019500--Sobic009G043900 Sobic003G019500--Sobic002G202050 Sobic003G111700--Sobic003G260050 Sobic003G111700--Sobic010G194801 Sobic003G111700--Sobic002G202050 Sobic003G111700--Sobic006G247200 Sobic003G281000 Sobic003G281000 Sobic003G111700--Sobic003G281000 Sobic010G143666 Sobic010G143666 Sobic003G111700--Sobic010G143666 Sobic001G310000--Sobic010G011500 Sobic004G296750 Sobic004G296750 Sobic001G310000--Sobic004G296750 Sobic006G049633 Sobic006G049633 Sobic001G310000--Sobic006G049633 Sobic001G310000--Sobic003G111700 Sobic002G055000 Sobic002G055000 Sobic001G310000--Sobic002G055000 Sobic001G310000--Sobic002G266700 Sobic001G480900 Sobic001G480900 Sobic001G310000--Sobic001G480900 Sobic001G310000--Sobic003G281000 Sobic001G310000--Sobic010G194801 Sobic009G172100--Sobic005G156201 Sobic009G172100--Sobic008G088812 Sobic009G172100--Sobic009G018100 Sobic009G172100--Sobic010G194801 Sobic009G172100--Sobic003G019500 Sobic009G172100--Sobic005G208425 Sobic009G172100--Sobic003G111700 Sobic009G172100--Sobic001G310000 Sobic009G172100--Sobic005G205100 Sobic003G260050--Sobic003G111700 Sobic003G260050--Sobic010G194801 Sobic003G260050--Sobic002G202050 Sobic003G260050--Sobic006G247200 Sobic003G260050--Sobic002G015950 Sobic003G260050--Sobic003G281000
Octagon: transcription factors


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