Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G196100.1
Synonym Sb07g026460, UBP2, ATUBP2
Functional annotation ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein, expressed
UniProt A0A1Z5RAP5
Pfam PF02148 PF00443
Panther DB PTHR24006 PTHR24006:SF437
NCBI CDD KOG1873; Ubiquitin-specific protease
KEGG Orthology K11844; ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 16/45
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0016579protein deubiquitination


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G04860 : ubiquitin-specific protease 2
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g41540.1 : ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a030387
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G326300 LTPL29 - Protease inhibitor/seed storage/LTP family protein precursor, expressed -
2 Sobic.005G146000 - -
3 Sobic.002G105900 OsFBD15 - F-box and FBD domain containing protein, expressed -
4 Sobic.005G227151 - -
5 Sobic.004G132200 - -
6 Sobic.003G099900 expressed protein -
7 Sobic.004G207500 GDSL-like lipase/acylhydrolase, putative, expressed -
8 Sobic.005G083220 - -
9 Sobic.005G148100 - -
10 Sobic.005G148201 - -
11 Sobic.005G189000 - -
12 Sobic.002G273000 OsFBL7 - F-box domain and LRR containing protein, expressed -
13 Sobic.005G150000 - -
14 Sobic.004G316300 - -
15 Sobic.008G144201 - -
16 Sobic.009G086100 peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
17 Sobic.003G415200 DEF1 - Defensin and Defensin-like DEFL family, expressed -
18 Sobic.009G019700 - -
19 Sobic.005G189800 - -
20 Sobic.003G415300 DEF1 - Defensin and Defensin-like DEFL family, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic007G196100 Sobic007G196100 Sobic003G326300 Sobic003G326300 Sobic007G196100--Sobic003G326300 Sobic005G146000 Sobic005G146000 Sobic007G196100--Sobic005G146000 Sobic002G105900 Sobic002G105900 Sobic007G196100--Sobic002G105900 Sobic005G227151 Sobic005G227151 Sobic007G196100--Sobic005G227151 Sobic004G132200 Sobic004G132200 Sobic007G196100--Sobic004G132200 Sobic003G099900 Sobic003G099900 Sobic007G196100--Sobic003G099900 Sobic004G207500 Sobic004G207500 Sobic007G196100--Sobic004G207500 Sobic005G083220 Sobic005G083220 Sobic007G196100--Sobic005G083220 Sobic005G148100 Sobic005G148100 Sobic007G196100--Sobic005G148100 Sobic003G326300--Sobic007G196100 Sobic003G326300--Sobic002G105900 Sobic003G415300 Sobic003G415300 Sobic003G326300--Sobic003G415300 Sobic003G326300--Sobic005G227151 Sobic009G086100 Sobic009G086100 Sobic003G326300--Sobic009G086100 Sobic003G326300--Sobic004G207500 Sobic003G326300--Sobic003G099900 Sobic005G189000 Sobic005G189000 Sobic003G326300--Sobic005G189000 Sobic003G326300--Sobic005G146000 Sobic005G146000--Sobic004G132200 Sobic005G146000--Sobic007G196100 Sobic005G148201 Sobic005G148201 Sobic005G146000--Sobic005G148201 Sobic005G146000--Sobic005G148100 Sobic005G150000 Sobic005G150000 Sobic005G146000--Sobic005G150000 Sobic005G146000--Sobic003G326300 Sobic005G189800 Sobic005G189800 Sobic005G146000--Sobic005G189800 Sobic009G019700 Sobic009G019700 Sobic005G146000--Sobic009G019700 Sobic004G316300 Sobic004G316300 Sobic005G146000--Sobic004G316300 Sobic002G105900--Sobic005G227151 Sobic002G105900--Sobic003G099900 Sobic002G105900--Sobic007G196100 Sobic002G105900--Sobic004G207500 Sobic002G105900--Sobic003G326300 Sobic004G029700 Sobic004G029700 Sobic002G105900--Sobic004G029700 Sobic008G184500 Sobic008G184500 Sobic002G105900--Sobic008G184500 Sobic002G273000 Sobic002G273000 Sobic002G105900--Sobic002G273000 Sobic006G142850 Sobic006G142850 Sobic002G105900--Sobic006G142850 Sobic005G227151--Sobic002G105900 Sobic005G227151--Sobic003G099900 Sobic005G227151--Sobic004G207500 Sobic005G227151--Sobic007G196100 Sobic005G227151--Sobic003G326300 Sobic005G227151--Sobic006G142850 Sobic005G227151--Sobic004G029700 Sobic005G227151--Sobic008G184500 Sobic005G186250 Sobic005G186250 Sobic005G227151--Sobic005G186250 Sobic004G132200--Sobic005G146000 Sobic004G132200--Sobic005G148201 Sobic004G132200--Sobic005G150000 Sobic004G132200--Sobic007G196100 Sobic004G132200--Sobic004G316300 Sobic006G034900 Sobic006G034900 Sobic004G132200--Sobic006G034900 Sobic008G068900 Sobic008G068900 Sobic004G132200--Sobic008G068900 Sobic004G132200--Sobic003G326300 Sobic004G132200--Sobic005G148100 Sobic003G099900--Sobic005G227151 Sobic003G099900--Sobic002G105900 Sobic003G099900--Sobic004G207500 Sobic003G099900--Sobic007G196100 Sobic003G099900--Sobic003G326300 Sobic003G099900--Sobic006G142850 Sobic003G099900--Sobic005G186250 Sobic003G099900--Sobic005G189000 Sobic009G007100 Sobic009G007100 Sobic003G099900--Sobic009G007100 Sobic004G207500--Sobic005G186250 Sobic004G207500--Sobic009G007100 Sobic004G207500--Sobic005G189000 Sobic004G207500--Sobic005G227151 Sobic004G207500--Sobic006G142850 Sobic004G207500--Sobic005G083220 Sobic004G207500--Sobic002G105900 Sobic007G049000 Sobic007G049000 Sobic004G207500--Sobic007G049000 Sobic004G207500--Sobic003G099900 Sobic005G083220--Sobic005G189000 Sobic008G144201 Sobic008G144201 Sobic005G083220--Sobic008G144201 Sobic003G415200 Sobic003G415200 Sobic005G083220--Sobic003G415200 Sobic005G083220--Sobic004G207500 Sobic005G083220--Sobic009G086100 Sobic005G083220--Sobic009G019700 Sobic005G083220--Sobic005G148100 Sobic005G083220--Sobic005G186250 Sobic005G083220--Sobic009G007100 Sobic005G148100--Sobic009G019700 Sobic005G148100--Sobic003G415200 Sobic005G148100--Sobic005G189800 Sobic005G148100--Sobic008G144201 Sobic008G181250 Sobic008G181250 Sobic005G148100--Sobic008G181250 Sobic010G136100 Sobic010G136100 Sobic005G148100--Sobic010G136100 Sobic005G148100--Sobic009G086100 Sobic005G148100--Sobic005G083220 Sobic005G148100--Sobic005G146000
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.