Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G249000.1
Synonym Sb01g022020, ATGAT1, GAT1
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence. (PubMedID : 27586543)
transmembrane amino acid transporter protein, putative, expressed
UniProt C5WM44
Pfam PF01490
Panther DB PTHR22950 PTHR22950:SF279
NCBI CDD KOG1303; Amino acid transporters
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G08230 : Transmembrane amino acid transporter family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os10g27980.1 : transmembrane amino acid transporter protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium PNT67382
Barley HORVU3Hr1G018670.6 , HORVU3Hr1G018670.5
Wheat TraesCS3D02G104600 , TraesCS3A02G102300
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G504300 - -
2 Sobic.009G178000 Myb transcription factor, putative, expressed -
3 Sobic.010G025600 OsWAK112d - OsWAK receptor-like protein kinase, expressed -
4 Sobic.004G140900 - -
5 Sobic.006G064900 - -
6 Sobic.010G174000 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase protein, putative, expressed K05933: aminocyclopropanecarboxylate oxidase
7 Sobic.008G056000 nifU, putative, expressed -
8 Sobic.005G150700 resistance protein, putative, expressed -
9 Sobic.003G414200 Zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed -
10 Sobic.001G032850 - -
11 Sobic.002G025900 expressed protein -
12 Sobic.006G065000 - -
13 Sobic.003G177350 - -
14 Sobic.002G163400 - -
15 Sobic.001G258700 - -
16 Sobic.002G074700 receptor kinase, putative, expressed -
17 Sobic.009G184450 - -
18 Sobic.009G026900 protein kinase, putative, expressed -
19 Sobic.001G087850 - -
20 Sobic.006G223601 - -


Gene co-expression network
sample Sobic001G249000 Sobic001G249000 Sobic001G504300 Sobic001G504300 Sobic001G249000--Sobic001G504300 Sobic009G178000 Sobic009G178000 Sobic001G249000--Sobic009G178000 Sobic010G025600 Sobic010G025600 Sobic001G249000--Sobic010G025600 Sobic004G140900 Sobic004G140900 Sobic001G249000--Sobic004G140900 Sobic006G064900 Sobic006G064900 Sobic001G249000--Sobic006G064900 Sobic010G174000 Sobic010G174000 Sobic001G249000--Sobic010G174000 Sobic008G056000 Sobic008G056000 Sobic001G249000--Sobic008G056000 Sobic005G150700 Sobic005G150700 Sobic001G249000--Sobic005G150700 Sobic003G414200 Sobic003G414200 Sobic001G249000--Sobic003G414200 Sobic001G504300--Sobic003G414200 Sobic004G215650 Sobic004G215650 Sobic001G504300--Sobic004G215650 Sobic001G504300--Sobic006G064900 Sobic001G087850 Sobic001G087850 Sobic001G504300--Sobic001G087850 Sobic010G123650 Sobic010G123650 Sobic001G504300--Sobic010G123650 Sobic006G065000 Sobic006G065000 Sobic001G504300--Sobic006G065000 Sobic004G194600 Sobic004G194600 Sobic001G504300--Sobic004G194600 Sobic001G504300--Sobic004G140900 Sobic004G207733 Sobic004G207733 Sobic001G504300--Sobic004G207733 Sobic004G026900 Sobic004G026900 Sobic009G178000--Sobic004G026900 Sobic004G169800 Sobic004G169800 Sobic009G178000--Sobic004G169800 Sobic001G258700 Sobic001G258700 Sobic009G178000--Sobic001G258700 Sobic002G185000 Sobic002G185000 Sobic009G178000--Sobic002G185000 Sobic004G061300 Sobic004G061300 Sobic009G178000--Sobic004G061300 Sobic001G025201 Sobic001G025201 Sobic009G178000--Sobic001G025201 Sobic003G286650 Sobic003G286650 Sobic009G178000--Sobic003G286650 Sobic003G353050 Sobic003G353050 Sobic009G178000--Sobic003G353050 Sobic010G133800 Sobic010G133800 Sobic009G178000--Sobic010G133800 Sobic003G012750 Sobic003G012750 Sobic010G025600--Sobic003G012750 Sobic005G110517 Sobic005G110517 Sobic010G025600--Sobic005G110517 Sobic003G229650 Sobic003G229650 Sobic010G025600--Sobic003G229650 Sobic006G199601 Sobic006G199601 Sobic010G025600--Sobic006G199601 Sobic008G053500 Sobic008G053500 Sobic010G025600--Sobic008G053500 Sobic010G025600--Sobic004G140900 Sobic010G025600--Sobic005G150700 Sobic001G325500 Sobic001G325500 Sobic010G025600--Sobic001G325500 Sobic001G144100 Sobic001G144100 Sobic010G025600--Sobic001G144100 Sobic002G074700 Sobic002G074700 Sobic004G140900--Sobic002G074700 Sobic004G140900--Sobic001G504300 Sobic001G032850 Sobic001G032850 Sobic004G140900--Sobic001G032850 Sobic004G140900--Sobic003G414200 Sobic001G251750 Sobic001G251750 Sobic004G140900--Sobic001G251750 Sobic004G140900--Sobic003G012750 Sobic004G140900--Sobic010G025600 Sobic001G154450 Sobic001G154450 Sobic004G140900--Sobic001G154450 Sobic003G301050 Sobic003G301050 Sobic004G140900--Sobic003G301050 Sobic006G064900--Sobic001G504300 Sobic002G025900 Sobic002G025900 Sobic006G064900--Sobic002G025900 Sobic006G064900--Sobic006G065000 Sobic006G064900--Sobic008G056000 Sobic009G184450 Sobic009G184450 Sobic006G064900--Sobic009G184450 Sobic003G288700 Sobic003G288700 Sobic006G064900--Sobic003G288700 Sobic001G440401 Sobic001G440401 Sobic006G064900--Sobic001G440401 Sobic008G167900 Sobic008G167900 Sobic006G064900--Sobic008G167900 Sobic006G064900--Sobic001G087850 Sobic010G174000--Sobic008G056000 Sobic002G163400 Sobic002G163400 Sobic010G174000--Sobic002G163400 Sobic003G251000 Sobic003G251000 Sobic010G174000--Sobic003G251000 Sobic009G030501 Sobic009G030501 Sobic010G174000--Sobic009G030501 Sobic006G149900 Sobic006G149900 Sobic010G174000--Sobic006G149900 Sobic004G072600 Sobic004G072600 Sobic010G174000--Sobic004G072600 Sobic010G174000--Sobic001G440401 Sobic010G011100 Sobic010G011100 Sobic010G174000--Sobic010G011100 Sobic006G223601 Sobic006G223601 Sobic010G174000--Sobic006G223601 Sobic008G056000--Sobic001G440401 Sobic007G134700 Sobic007G134700 Sobic008G056000--Sobic007G134700 Sobic010G149000 Sobic010G149000 Sobic008G056000--Sobic010G149000 Sobic008G056000--Sobic003G288700 Sobic008G056000--Sobic002G025900 Sobic008G056000--Sobic003G251000 Sobic002G168750 Sobic002G168750 Sobic008G056000--Sobic002G168750 Sobic008G056000--Sobic006G065000 Sobic006G037800 Sobic006G037800 Sobic008G056000--Sobic006G037800 Sobic002G219100 Sobic002G219100 Sobic005G150700--Sobic002G219100 Sobic009G037500 Sobic009G037500 Sobic005G150700--Sobic009G037500 Sobic005G150700--Sobic010G025600 Sobic003G210500 Sobic003G210500 Sobic005G150700--Sobic003G210500 Sobic001G279800 Sobic001G279800 Sobic005G150700--Sobic001G279800 Sobic005G150700--Sobic003G012750 Sobic007G175000 Sobic007G175000 Sobic005G150700--Sobic007G175000 Sobic005G150700--Sobic008G053500 Sobic003G068200 Sobic003G068200 Sobic005G150700--Sobic003G068200 Sobic003G414200--Sobic001G504300 Sobic003G414200--Sobic004G215650 Sobic003G414200--Sobic004G140900 Sobic003G414200--Sobic010G123650 Sobic003G414200--Sobic001G087850 Sobic007G163200 Sobic007G163200 Sobic003G414200--Sobic007G163200 Sobic003G414200--Sobic006G064900 Sobic003G414200--Sobic001G032850 Sobic003G414200--Sobic004G194600
Octagon: transcription factors


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