Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G028700.4,Sobic.004G028700.2,Sobic.004G028700.1,Sobic.004G028700.3
Synonym Sb04g002530
Functional annotation polygalacturonase, putative, expressed
UniProt A0A1Z5RKN1 , A0A1Z5RKL9 , C5XTT5
Pfam PF00295
Panther DB PTHR31375 PTHR31375:SF29
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005975; carbohydrate metabolic process GO:0004650polygalacturonase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G23460 : Pectin lyase-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g03750.1 : polygalacturonase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a024257 , Zm00025a042142 , Zm00025a018841 , Zm00025a042138 , Zm00025a042139 , Zm00025a042132 , Zm00025a042131 , Zm00025a042137 , Zm00025a036031 , Zm00025a042153 , Zm00025a042152 , Zm00025a024414 , Zm00025a026482
Brachypodium KQK04059 , KQK17686 , KQK17684 , KQJ99264 , KQK04485 , KQK04217 , KQK18286 , KQJ93124
Barley HORVU4Hr1G014790.2 , HORVU4Hr1G014790.1 , HORVU6Hr1G033360.1 , HORVU6Hr1G015390.2 , HORVU6Hr1G015390.3 , HORVU6Hr1G015390.1 , HORVU6Hr1G015390.4 , HORVU2Hr1G106510.1 , HORVU1Hr1G067840.5 , HORVU1Hr1G067840.6 , HORVU1Hr1G067840.1 , HORVU4Hr1G014780.1 , HORVU4Hr1G014780.2
Wheat TraesCS2A02G469000 , TraesCS4B02G086500 , TraesCS2B02G423400 , TraesCS3D02G512500 , TraesCSU02G113500 , TraesCS6B02G118000 , TraesCS6B02G118000 , TraesCS3A02G505300 , TraesCS6A02G084500 , TraesCS2D02G469100 , TraesCS2B02G491900 , TraesCS1A02G311100 , TraesCS3B02G572500
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cDNA sequences
Sobic.004G028700


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G070200 trehalose phosphatase, putative, expressed K01087: trehalose 6-phosphate phosphatase
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19 Sobic.007G109400 response regulator receiver domain containing protein, expressed K14492: two-component response regulator ARR-A family
20 Sobic.001G394100 - -


Gene co-expression network
sample Sobic004G028700 Sobic004G028700 Sobic008G070200 Sobic008G070200 Sobic004G028700--Sobic008G070200 Sobic009G040100 Sobic009G040100 Sobic004G028700--Sobic009G040100 Sobic005G125800 Sobic005G125800 Sobic004G028700--Sobic005G125800 Sobic005G042300 Sobic005G042300 Sobic004G028700--Sobic005G042300 Sobic003G402100 Sobic003G402100 Sobic004G028700--Sobic003G402100 Sobic004G014300 Sobic004G014300 Sobic004G028700--Sobic004G014300 Sobic005G116000 Sobic005G116000 Sobic004G028700--Sobic005G116000 Sobic005G051700 Sobic005G051700 Sobic004G028700--Sobic005G051700 Sobic003G029900 Sobic003G029900 Sobic004G028700--Sobic003G029900 Sobic008G070200--Sobic004G028700 Sobic002G277432 Sobic002G277432 Sobic008G070200--Sobic002G277432 Sobic005G176500 Sobic005G176500 Sobic008G070200--Sobic005G176500 Sobic008G120450 Sobic008G120450 Sobic008G070200--Sobic008G120450 Sobic009G073700 Sobic009G073700 Sobic008G070200--Sobic009G073700 Sobic009G071900 Sobic009G071900 Sobic008G070200--Sobic009G071900 Sobic005G140300 Sobic005G140300 Sobic008G070200--Sobic005G140300 Sobic005G110000 Sobic005G110000 Sobic008G070200--Sobic005G110000 Sobic008G070200--Sobic004G014300 Sobic009G040100--Sobic005G116000 Sobic009G040100--Sobic005G051700 Sobic005G153400 Sobic005G153400 Sobic009G040100--Sobic005G153400 Sobic010G195600 Sobic010G195600 Sobic009G040100--Sobic010G195600 Sobic005G153600 Sobic005G153600 Sobic009G040100--Sobic005G153600 Sobic001G328900 Sobic001G328900 Sobic009G040100--Sobic001G328900 Sobic007G205200 Sobic007G205200 Sobic009G040100--Sobic007G205200 Sobic003G438300 Sobic003G438300 Sobic009G040100--Sobic003G438300 Sobic005G199101 Sobic005G199101 Sobic009G040100--Sobic005G199101 Sobic005G125800--Sobic005G042300 Sobic005G125800--Sobic002G277432 Sobic005G125800--Sobic005G176500 Sobic005G125800--Sobic009G040100 Sobic005G125800--Sobic008G120450 Sobic010G274200 Sobic010G274200 Sobic005G125800--Sobic010G274200 Sobic005G125800--Sobic009G073700 Sobic007G062700 Sobic007G062700 Sobic005G125800--Sobic007G062700 Sobic005G109500 Sobic005G109500 Sobic005G125800--Sobic005G109500 Sobic005G042300--Sobic005G125800 Sobic005G042300--Sobic002G277432 Sobic005G042300--Sobic005G176500 Sobic005G042300--Sobic009G040100 Sobic005G042300--Sobic008G120450 Sobic005G042300--Sobic010G274200 Sobic005G042300--Sobic009G073700 Sobic005G042300--Sobic007G062700 Sobic005G042300--Sobic005G109500 Sobic001G394900 Sobic001G394900 Sobic003G402100--Sobic001G394900 Sobic001G170500 Sobic001G170500 Sobic003G402100--Sobic001G170500 Sobic007G023600 Sobic007G023600 Sobic003G402100--Sobic007G023600 Sobic004G254400 Sobic004G254400 Sobic003G402100--Sobic004G254400 Sobic001G053700 Sobic001G053700 Sobic003G402100--Sobic001G053700 Sobic010G180200 Sobic010G180200 Sobic003G402100--Sobic010G180200 Sobic009G227000 Sobic009G227000 Sobic003G402100--Sobic009G227000 Sobic004G274500 Sobic004G274500 Sobic003G402100--Sobic004G274500 Sobic008G176300 Sobic008G176300 Sobic003G402100--Sobic008G176300 Sobic004G014300--Sobic008G070200 Sobic009G154400 Sobic009G154400 Sobic004G014300--Sobic009G154400 Sobic004G014300--Sobic004G028700 Sobic004G014300--Sobic003G402100 Sobic001G394100 Sobic001G394100 Sobic004G014300--Sobic001G394100 Sobic009G227201 Sobic009G227201 Sobic004G014300--Sobic009G227201 Sobic004G014300--Sobic001G053700 Sobic007G084800 Sobic007G084800 Sobic004G014300--Sobic007G084800 Sobic008G186700 Sobic008G186700 Sobic004G014300--Sobic008G186700 Sobic005G116000--Sobic005G051700 Sobic005G116000--Sobic005G153400 Sobic005G116000--Sobic007G205200 Sobic005G116000--Sobic009G040100 Sobic005G116000--Sobic001G328900 Sobic005G116000--Sobic005G153600 Sobic005G116000--Sobic010G195600 Sobic001G096500 Sobic001G096500 Sobic005G116000--Sobic001G096500 Sobic002G345400 Sobic002G345400 Sobic005G116000--Sobic002G345400 Sobic005G051700--Sobic005G116000 Sobic005G051700--Sobic010G195600 Sobic005G051700--Sobic005G153400 Sobic005G051700--Sobic001G328900 Sobic005G051700--Sobic009G040100 Sobic005G051700--Sobic007G205200 Sobic005G051700--Sobic002G345400 Sobic005G051700--Sobic005G153600 Sobic009G039100 Sobic009G039100 Sobic005G051700--Sobic009G039100 Sobic001G377600 Sobic001G377600 Sobic003G029900--Sobic001G377600 Sobic008G072900 Sobic008G072900 Sobic003G029900--Sobic008G072900 Sobic003G027200 Sobic003G027200 Sobic003G029900--Sobic003G027200 Sobic004G294600 Sobic004G294600 Sobic003G029900--Sobic004G294600 Sobic001G171100 Sobic001G171100 Sobic003G029900--Sobic001G171100 Sobic010G067200 Sobic010G067200 Sobic003G029900--Sobic010G067200 Sobic007G128400 Sobic007G128400 Sobic003G029900--Sobic007G128400 Sobic003G022900 Sobic003G022900 Sobic003G029900--Sobic003G022900 Sobic006G250200 Sobic006G250200 Sobic003G029900--Sobic006G250200
Octagon: transcription factors


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