Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G290400.1
Synonym Sb04g032540
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence. (PubMedID : 27586543)
pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt C5Y1F1
Pfam PF01535 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF95
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G39350 : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g44480.1 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a021423
Brachypodium KQK00664
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G044900 plastocyanin-like domain containing protein, putative, expressed -
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3 Sobic.006G088500 OsFBX135 - F-box domain containing protein, expressed -
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12 Sobic.001G060001 - -
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19 Sobic.006G042800 expressed protein -
20 Sobic.010G146350 - -


Gene co-expression network
sample Sobic004G290400 Sobic004G290400 Sobic002G044900 Sobic002G044900 Sobic004G290400--Sobic002G044900 Sobic009G067200 Sobic009G067200 Sobic004G290400--Sobic009G067200 Sobic006G088500 Sobic006G088500 Sobic004G290400--Sobic006G088500 Sobic002G401301 Sobic002G401301 Sobic004G290400--Sobic002G401301 Sobic002G312100 Sobic002G312100 Sobic004G290400--Sobic002G312100 Sobic003G326100 Sobic003G326100 Sobic004G290400--Sobic003G326100 Sobic008G053000 Sobic008G053000 Sobic004G290400--Sobic008G053000 Sobic007G007650 Sobic007G007650 Sobic004G290400--Sobic007G007650 Sobic004G274000 Sobic004G274000 Sobic004G290400--Sobic004G274000 Sobic002G044900--Sobic002G401301 Sobic001G060001 Sobic001G060001 Sobic002G044900--Sobic001G060001 Sobic004G052700 Sobic004G052700 Sobic002G044900--Sobic004G052700 Sobic008G096401 Sobic008G096401 Sobic002G044900--Sobic008G096401 Sobic007G120600 Sobic007G120600 Sobic002G044900--Sobic007G120600 Sobic004G181100 Sobic004G181100 Sobic002G044900--Sobic004G181100 Sobic002G044900--Sobic003G326100 Sobic005G207600 Sobic005G207600 Sobic002G044900--Sobic005G207600 Sobic002G044900--Sobic004G274000 Sobic010G212600 Sobic010G212600 Sobic009G067200--Sobic010G212600 Sobic003G243400 Sobic003G243400 Sobic009G067200--Sobic003G243400 Sobic009G067200--Sobic004G290400 Sobic002G267050 Sobic002G267050 Sobic009G067200--Sobic002G267050 Sobic001G022000 Sobic001G022000 Sobic009G067200--Sobic001G022000 Sobic009G067200--Sobic002G044900 Sobic001G152500 Sobic001G152500 Sobic009G067200--Sobic001G152500 Sobic010G272400 Sobic010G272400 Sobic009G067200--Sobic010G272400 Sobic002G384800 Sobic002G384800 Sobic009G067200--Sobic002G384800 Sobic006G088500--Sobic007G120600 Sobic006G088500--Sobic004G052700 Sobic006G088500--Sobic008G096401 Sobic006G088500--Sobic001G060001 Sobic010G267651 Sobic010G267651 Sobic006G088500--Sobic010G267651 Sobic006G088500--Sobic004G181100 Sobic002G188800 Sobic002G188800 Sobic006G088500--Sobic002G188800 Sobic010G146350 Sobic010G146350 Sobic006G088500--Sobic010G146350 Sobic006G088500--Sobic005G207600 Sobic002G401301--Sobic004G274000 Sobic002G401301--Sobic002G188800 Sobic002G401301--Sobic004G181100 Sobic002G401301--Sobic010G267651 Sobic006G042800 Sobic006G042800 Sobic002G401301--Sobic006G042800 Sobic002G159400 Sobic002G159400 Sobic002G401301--Sobic002G159400 Sobic002G401301--Sobic008G096401 Sobic002G401301--Sobic004G052700 Sobic007G035100 Sobic007G035100 Sobic002G401301--Sobic007G035100 Sobic002G312100--Sobic007G120600 Sobic002G312100--Sobic010G146350 Sobic002G312100--Sobic001G060001 Sobic003G021401 Sobic003G021401 Sobic002G312100--Sobic003G021401 Sobic002G312100--Sobic004G052700 Sobic002G312100--Sobic008G096401 Sobic002G312100--Sobic005G207600 Sobic001G190600 Sobic001G190600 Sobic002G312100--Sobic001G190600 Sobic010G228200 Sobic010G228200 Sobic002G312100--Sobic010G228200 Sobic003G326100--Sobic002G188800 Sobic003G326100--Sobic001G060001 Sobic003G326100--Sobic004G181100 Sobic003G326100--Sobic008G096401 Sobic003G326100--Sobic004G052700 Sobic003G326100--Sobic007G120600 Sobic003G326100--Sobic002G401301 Sobic003G326100--Sobic006G042800 Sobic003G326100--Sobic002G159400 Sobic008G053000--Sobic003G021401 Sobic002G277366 Sobic002G277366 Sobic008G053000--Sobic002G277366 Sobic002G237600 Sobic002G237600 Sobic008G053000--Sobic002G237600 Sobic001G452300 Sobic001G452300 Sobic008G053000--Sobic001G452300 Sobic003G023100 Sobic003G023100 Sobic008G053000--Sobic003G023100 Sobic003G120050 Sobic003G120050 Sobic008G053000--Sobic003G120050 Sobic002G063201 Sobic002G063201 Sobic008G053000--Sobic002G063201 Sobic008G008601 Sobic008G008601 Sobic008G053000--Sobic008G008601 Sobic007G087500 Sobic007G087500 Sobic008G053000--Sobic007G087500 Sobic007G007650--Sobic004G052700 Sobic007G007650--Sobic008G096401 Sobic007G007650--Sobic007G120600 Sobic007G007650--Sobic001G060001 Sobic007G007650--Sobic004G181100 Sobic007G007650--Sobic006G042800 Sobic007G007650--Sobic010G146350 Sobic007G007650--Sobic010G267651 Sobic007G007650--Sobic002G188800 Sobic004G274000--Sobic002G401301 Sobic004G274000--Sobic007G035100 Sobic010G111700 Sobic010G111700 Sobic004G274000--Sobic010G111700 Sobic004G274000--Sobic004G181100 Sobic004G274000--Sobic002G188800 Sobic004G274000--Sobic006G042800 Sobic004G274000--Sobic002G159400 Sobic004G274000--Sobic010G267651 Sobic007G069450 Sobic007G069450 Sobic004G274000--Sobic007G069450
Octagon: transcription factors


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