Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G168500.1
Synonym Sb08g021380, AAT1, CAT1
Functional annotation amino acid permease family protein, putative, expressed
UniProt C5YRY7
Pfam PF13906 PF13520
Panther DB PTHR11785 PTHR11785:SF230
NCBI CDD KOG1286; Amino acid transporters
KEGG Orthology K03294; basic amino acid/polyamine antiporter, APA family
Gene Ontology GO:0016020; membrane GO:0015171amino acid transmembrane transporter activity GO:0003333amino acid transmembrane transport


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G21120 : amino acid transporter 1
RAP-DB (Rice) LOC_Os12g41890.1 : amino acid permease family protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a022942 , Zm00025a007295 , Zm00025a025366
Brachypodium KQK14010 , KQK03264 , KQJ85804
Barley HORVU0Hr1G010210.1 , HORVU5Hr1G010470.1 , HORVU5Hr1G093090.1 , HORVU5Hr1G093090.2 , HORVU3Hr1G028860.1 , HORVU2Hr1G099610.2 , HORVU2Hr1G099610.1 , HORVU5Hr1G071780.1 , HORVU5Hr1G071780.2 , HORVU5Hr1G071780.3
Wheat TraesCS5D02G385125 , TraesCS5B02G046500 , TraesCS5A02G042900 , TraesCS5A02G375600
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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G088500 amino acid transporter, putative, expressed -
2 Sobic.002G096600 OsFBX15 - F-box domain containing protein, expressed -
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6 Sobic.005G007200 DEFL53 - Defensin and Defensin-like DEFL family -
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8 Sobic.008G095500 CPuORF14 - conserved peptide uORF-containing transcript, expressed K03262: translation initiation factor 5
9 Sobic.008G177001 - -
10 Sobic.007G082300 MBTB21 - Bric-a-Brac, Tramtrack, Broad Complex BTB domain with Meprin and TRAF Homology MATH domain, expressed K10523: speckle-type POZ protein
11 Sobic.003G428500 expressed protein -
12 Sobic.010G196700 gp176, putative, expressed -
13 Sobic.004G086900 - -
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20 Sobic.009G047900 E3 ubiquitin-protein ligase SINA-like 2, putative, expressed K04506: E3 ubiquitin-protein ligase SIAH1


Gene co-expression network
sample Sobic008G168500 Sobic008G168500 Sobic008G088500 Sobic008G088500 Sobic008G168500--Sobic008G088500 Sobic002G096600 Sobic002G096600 Sobic008G168500--Sobic002G096600 Sobic005G058000 Sobic005G058000 Sobic008G168500--Sobic005G058000 Sobic001G364300 Sobic001G364300 Sobic008G168500--Sobic001G364300 Sobic005G058200 Sobic005G058200 Sobic008G168500--Sobic005G058200 Sobic005G007200 Sobic005G007200 Sobic008G168500--Sobic005G007200 Sobic001G021200 Sobic001G021200 Sobic008G168500--Sobic001G021200 Sobic008G095500 Sobic008G095500 Sobic008G168500--Sobic008G095500 Sobic008G177001 Sobic008G177001 Sobic008G168500--Sobic008G177001 Sobic008G088500--Sobic008G168500 Sobic008G088500--Sobic001G364300 Sobic008G088500--Sobic002G096600 Sobic008G088500--Sobic005G058000 Sobic008G088500--Sobic005G058200 Sobic008G088500--Sobic005G007200 Sobic008G088500--Sobic001G021200 Sobic008G088500--Sobic008G095500 Sobic008G088500--Sobic008G177001 Sobic002G096600--Sobic005G058000 Sobic002G096600--Sobic008G168500 Sobic002G096600--Sobic008G088500 Sobic002G096600--Sobic001G021200 Sobic002G096600--Sobic001G364300 Sobic002G096600--Sobic005G007200 Sobic002G096600--Sobic008G095500 Sobic002G096600--Sobic005G058200 Sobic010G202400 Sobic010G202400 Sobic002G096600--Sobic010G202400 Sobic005G058000--Sobic002G096600 Sobic005G058000--Sobic008G168500 Sobic005G058000--Sobic008G088500 Sobic005G058000--Sobic001G021200 Sobic005G058000--Sobic001G364300 Sobic005G058000--Sobic005G007200 Sobic005G058000--Sobic008G095500 Sobic005G058000--Sobic005G058200 Sobic005G058000--Sobic010G202400 Sobic001G364300--Sobic005G058200 Sobic001G364300--Sobic008G088500 Sobic001G364300--Sobic008G168500 Sobic001G364300--Sobic005G007200 Sobic001G364300--Sobic002G096600 Sobic001G364300--Sobic005G058000 Sobic007G082300 Sobic007G082300 Sobic001G364300--Sobic007G082300 Sobic004G086900 Sobic004G086900 Sobic001G364300--Sobic004G086900 Sobic001G364300--Sobic008G177001 Sobic005G058200--Sobic001G364300 Sobic005G058200--Sobic005G007200 Sobic005G058200--Sobic008G088500 Sobic005G058200--Sobic007G082300 Sobic005G058200--Sobic008G168500 Sobic005G058200--Sobic004G086900 Sobic005G058200--Sobic008G177001 Sobic007G110800 Sobic007G110800 Sobic005G058200--Sobic007G110800 Sobic005G087732 Sobic005G087732 Sobic005G058200--Sobic005G087732 Sobic005G007200--Sobic005G058200 Sobic005G007200--Sobic001G364300 Sobic005G007200--Sobic008G088500 Sobic005G007200--Sobic008G168500 Sobic005G007200--Sobic007G082300 Sobic005G007200--Sobic004G086900 Sobic005G007200--Sobic002G096600 Sobic005G007200--Sobic005G058000 Sobic005G007200--Sobic008G177001 Sobic001G021200--Sobic005G058000 Sobic001G021200--Sobic002G096600 Sobic001G021200--Sobic008G168500 Sobic001G021200--Sobic008G088500 Sobic003G428500 Sobic003G428500 Sobic001G021200--Sobic003G428500 Sobic001G021200--Sobic008G095500 Sobic001G021200--Sobic001G364300 Sobic001G021200--Sobic010G202400 Sobic001G021200--Sobic005G007200 Sobic008G095500--Sobic008G088500 Sobic008G095500--Sobic008G168500 Sobic008G095500--Sobic002G096600 Sobic008G095500--Sobic005G058000 Sobic008G095500--Sobic001G364300 Sobic008G095500--Sobic005G058200 Sobic008G095500--Sobic001G021200 Sobic008G095500--Sobic005G007200 Sobic008G095500--Sobic008G177001 Sobic008G177001--Sobic005G058200 Sobic008G177001--Sobic008G088500 Sobic008G177001--Sobic001G364300 Sobic008G177001--Sobic005G007200 Sobic008G177001--Sobic008G168500 Sobic008G177001--Sobic007G082300 Sobic008G177001--Sobic004G086900 Sobic008G177001--Sobic002G096600 Sobic008G177001--Sobic005G058000
Octagon: transcription factors


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