Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G282400.1
Synonym Sb03g033380, AGL11, STK
Functional annotation OsMADS32 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed
UniProt A0A1B6Q5V7
Pfam PF01486 PF00319
Panther DB PTHR11945 PTHR11945:SF214
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006355; regulation of transcription, DNA-templated GO:0005634nucleus GO:0003700DNA-binding transcription factor activity GO:0003677DNA binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G09960 : K-box region and MADS-box transcription factor family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g52680.1 : OsMADS32 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a027724 , Zm00025a039003
Brachypodium KQK09551
Barley HORVU3Hr1G068900.2 , HORVU3Hr1G068900.3 , HORVU3Hr1G068900.1 , HORVU3Hr1G068900.6 , HORVU3Hr1G068900.7 , HORVU3Hr1G068900.4 , HORVU3Hr1G068900.5
Wheat TraesCS3D02G284200 , TraesCS3B02G318300 , TraesCS3A02G284400
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G062400 - -
2 Sobic.001G163500 - -
3 Sobic.003G129700 - -
4 Sobic.006G009200 expressed protein -
5 Sobic.008G041500 - -
6 Sobic.009G035000 expressed protein -
7 Sobic.007G045750 - -
8 Sobic.006G193801 - -
9 Sobic.009G158150 - -
10 Sobic.007G179100 - -
11 Sobic.010G002600 methyltransferase, putative, expressed -
12 Sobic.010G156300 rp1, putative, expressed -
13 Sobic.002G005900 - -
14 Sobic.001G050650 - -
15 Sobic.005G168900 expressed protein -
16 Sobic.010G166850 - -
17 Sobic.010G207175 - -
18 Sobic.005G119400 stripe rust resistance protein Yr10, putative, expressed -
19 Sobic.002G112200 - -
20 Sobic.009G025750 - -


Gene co-expression network
sample Sobic003G282400 Sobic003G282400 Sobic002G062400 Sobic002G062400 Sobic003G282400--Sobic002G062400 Sobic001G163500 Sobic001G163500 Sobic003G282400--Sobic001G163500 Sobic003G129700 Sobic003G129700 Sobic003G282400--Sobic003G129700 Sobic006G009200 Sobic006G009200 Sobic003G282400--Sobic006G009200 Sobic008G041500 Sobic008G041500 Sobic003G282400--Sobic008G041500 Sobic009G035000 Sobic009G035000 Sobic003G282400--Sobic009G035000 Sobic007G045750 Sobic007G045750 Sobic003G282400--Sobic007G045750 Sobic006G193801 Sobic006G193801 Sobic003G282400--Sobic006G193801 Sobic009G158150 Sobic009G158150 Sobic003G282400--Sobic009G158150 Sobic002G062400--Sobic003G129700 Sobic002G062400--Sobic007G045750 Sobic002G062400--Sobic001G163500 Sobic002G062400--Sobic009G158150 Sobic002G062400--Sobic003G282400 Sobic002G062400--Sobic009G035000 Sobic002G062400--Sobic006G009200 Sobic001G050650 Sobic001G050650 Sobic002G062400--Sobic001G050650 Sobic005G168900 Sobic005G168900 Sobic002G062400--Sobic005G168900 Sobic001G163500--Sobic003G129700 Sobic001G163500--Sobic009G158150 Sobic001G163500--Sobic002G062400 Sobic001G163500--Sobic003G282400 Sobic001G163500--Sobic007G045750 Sobic007G179100 Sobic007G179100 Sobic001G163500--Sobic007G179100 Sobic001G163500--Sobic008G041500 Sobic002G312550 Sobic002G312550 Sobic001G163500--Sobic002G312550 Sobic001G163500--Sobic006G193801 Sobic003G129700--Sobic002G062400 Sobic003G129700--Sobic009G158150 Sobic003G129700--Sobic001G163500 Sobic003G129700--Sobic007G045750 Sobic003G129700--Sobic003G282400 Sobic003G129700--Sobic009G035000 Sobic003G129700--Sobic006G009200 Sobic003G129700--Sobic005G168900 Sobic003G129700--Sobic008G041500 Sobic006G009200--Sobic002G062400 Sobic006G009200--Sobic007G045750 Sobic006G009200--Sobic003G282400 Sobic006G009200--Sobic009G035000 Sobic006G009200--Sobic003G129700 Sobic006G009200--Sobic009G158150 Sobic009G025750 Sobic009G025750 Sobic006G009200--Sobic009G025750 Sobic006G009200--Sobic008G041500 Sobic006G009200--Sobic001G050650 Sobic008G041500--Sobic009G035000 Sobic008G041500--Sobic003G282400 Sobic008G041500--Sobic007G179100 Sobic010G002600 Sobic010G002600 Sobic008G041500--Sobic010G002600 Sobic008G041500--Sobic002G062400 Sobic008G041500--Sobic001G163500 Sobic010G156300 Sobic010G156300 Sobic008G041500--Sobic010G156300 Sobic008G041500--Sobic003G129700 Sobic008G041500--Sobic007G045750 Sobic009G035000--Sobic008G041500 Sobic009G035000--Sobic002G062400 Sobic009G035000--Sobic007G045750 Sobic009G035000--Sobic003G129700 Sobic009G035000--Sobic006G009200 Sobic009G035000--Sobic003G282400 Sobic009G035000--Sobic006G193801 Sobic009G035000--Sobic010G002600 Sobic009G035000--Sobic001G163500 Sobic007G045750--Sobic002G062400 Sobic007G045750--Sobic003G129700 Sobic007G045750--Sobic001G050650 Sobic007G045750--Sobic009G158150 Sobic007G045750--Sobic009G025750 Sobic007G045750--Sobic001G163500 Sobic007G045750--Sobic006G009200 Sobic007G045750--Sobic009G035000 Sobic002G112200 Sobic002G112200 Sobic007G045750--Sobic002G112200 Sobic002G005900 Sobic002G005900 Sobic006G193801--Sobic002G005900 Sobic006G193801--Sobic009G035000 Sobic006G193801--Sobic001G163500 Sobic006G193801--Sobic003G282400 Sobic006G193801--Sobic010G002600 Sobic006G193801--Sobic008G041500 Sobic006G193801--Sobic003G129700 Sobic008G040201 Sobic008G040201 Sobic006G193801--Sobic008G040201 Sobic006G193801--Sobic002G062400 Sobic009G158150--Sobic003G129700 Sobic009G158150--Sobic007G045750 Sobic009G158150--Sobic001G163500 Sobic009G158150--Sobic002G062400 Sobic010G166201 Sobic010G166201 Sobic009G158150--Sobic010G166201 Sobic001G516400 Sobic001G516400 Sobic009G158150--Sobic001G516400 Sobic004G249950 Sobic004G249950 Sobic009G158150--Sobic004G249950 Sobic009G158150--Sobic005G168900 Sobic009G158150--Sobic001G050650
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.