Gene annotation
Transcriptome id Sobic.004G115100.2
Synonym
Functional annotation DNA-directed RNA polymerase subunit beta, putative, expressed
UniProt A0A1Z5RLX2
Pfam PF04560 PF00562
Panther DB PTHR20856 PTHR20856:SF20
NCBI CDD -
KEGG Orthology K03043; DNA-directed RNA polymerase subunit beta
Gene Ontology GO:0006351; transcription, DNA-templated GO:0003899DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity GO:0003677DNA binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR ATCG00190 : RNA polymerase subunit beta
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g16820.1 : DNA-directed RNA polymerase subunit beta, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a057939
Brachypodium -
Barley HORVU2Hr1G121970.2 , HORVU2Hr1G121970.3 , HORVU6Hr1G049130.3 , HORVU6Hr1G049130.2 , HORVU0Hr1G028570.1 , HORVU0Hr1G034190.1 , HORVU2Hr1G043280.1 , HORVU0Hr1G036760.2 , HORVU0Hr1G036760.1 , HORVU6Hr1G085240.1 , HORVU2Hr1G121960.1 , HORVU2Hr1G121960.2 , AGP50745
Wheat -
Populus PNT08319


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G100201 - -
2 Sobic.007G200700 pyridoxamine 5\'-phosphate oxidase family protein, putative, expressed -
3 Sobic.001G383350 - -
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19 Sobic.009G257000 - -
20 Sobic.004G130500 GDSL-like lipase/acylhydrolase, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic004G115100 Sobic004G115100 Sobic008G100201 Sobic008G100201 Sobic004G115100--Sobic008G100201 Sobic007G200700 Sobic007G200700 Sobic004G115100--Sobic007G200700 Sobic001G383350 Sobic001G383350 Sobic004G115100--Sobic001G383350 Sobic006G029850 Sobic006G029850 Sobic004G115100--Sobic006G029850 Sobic001G261444 Sobic001G261444 Sobic004G115100--Sobic001G261444 SobicK031900 SobicK031900 Sobic004G115100--SobicK031900 Sobic006G035350 Sobic006G035350 Sobic004G115100--Sobic006G035350 Sobic010G143700 Sobic010G143700 Sobic004G115100--Sobic010G143700 Sobic006G107766 Sobic006G107766 Sobic004G115100--Sobic006G107766 Sobic008G100201--Sobic004G115100 Sobic008G100201--Sobic007G200700 Sobic008G100201--Sobic006G035350 Sobic008G100201--SobicK031900 Sobic008G100201--Sobic010G143700 Sobic003G260500 Sobic003G260500 Sobic008G100201--Sobic003G260500 Sobic008G100201--Sobic001G383350 Sobic008G100201--Sobic006G029850 Sobic008G100201--Sobic001G261444 Sobic007G200700--Sobic004G115100 Sobic007G200700--Sobic001G383350 Sobic007G200700--Sobic001G261444 Sobic007G200700--Sobic008G100201 Sobic007G200700--Sobic006G029850 Sobic007G200700--SobicK031900 SobicK032200 SobicK032200 Sobic007G200700--SobicK032200 Sobic007G200700--Sobic010G143700 Sobic007G200700--Sobic006G035350 Sobic001G383350--Sobic006G029850 Sobic001G383350--Sobic007G200700 Sobic001G383350--Sobic004G115100 Sobic001G383350--Sobic001G261444 SobicK032400 SobicK032400 Sobic001G383350--SobicK032400 Sobic001G383350--SobicK032200 SobicK032600 SobicK032600 Sobic001G383350--SobicK032600 Sobic001G383350--Sobic008G100201 Sobic002G112500 Sobic002G112500 Sobic001G383350--Sobic002G112500 Sobic006G029850--Sobic001G383350 Sobic006G029850--Sobic004G115100 Sobic006G029850--SobicK032400 Sobic006G029850--Sobic007G200700 SobicK032350 SobicK032350 Sobic006G029850--SobicK032350 Sobic006G029850--Sobic001G261444 Sobic006G029850--SobicK032200 Sobic004G120150 Sobic004G120150 Sobic006G029850--Sobic004G120150 Sobic006G029850--SobicK032600 Sobic001G261444--SobicK032200 Sobic001G261444--Sobic007G200700 Sobic001G261444--Sobic001G383350 Sobic001G261444--Sobic004G115100 Sobic001G475950 Sobic001G475950 Sobic001G261444--Sobic001G475950 Sobic003G161900 Sobic003G161900 Sobic001G261444--Sobic003G161900 Sobic001G261444--Sobic006G029850 Sobic010G201332 Sobic010G201332 Sobic001G261444--Sobic010G201332 Sobic001G261444--Sobic008G100201 SobicK031900--Sobic008G100201 SobicK031900--Sobic010G143700 Sobic003G268100 Sobic003G268100 SobicK031900--Sobic003G268100 SobicK031900--Sobic004G115100 SobicK031900--Sobic007G200700 Sobic007G116150 Sobic007G116150 SobicK031900--Sobic007G116150 SobicK031400 SobicK031400 SobicK031900--SobicK031400 SobicK031900--Sobic006G035350 SobicK031900--Sobic001G383350 Sobic008G093300 Sobic008G093300 Sobic006G035350--Sobic008G093300 Sobic010G247750 Sobic010G247750 Sobic006G035350--Sobic010G247750 Sobic004G127733 Sobic004G127733 Sobic006G035350--Sobic004G127733 Sobic006G035350--Sobic008G100201 Sobic006G035350--Sobic003G260500 Sobic006G035350--Sobic004G115100 Sobic006G035350--Sobic010G143700 Sobic007G103200 Sobic007G103200 Sobic006G035350--Sobic007G103200 Sobic007G127200 Sobic007G127200 Sobic006G035350--Sobic007G127200 Sobic010G143700--Sobic003G268100 Sobic010G143700--Sobic007G116150 Sobic004G130500 Sobic004G130500 Sobic010G143700--Sobic004G130500 Sobic010G143700--SobicK031900 Sobic010G143700--Sobic008G100201 Sobic010G143700--Sobic006G035350 Sobic010G143700--SobicK032400 Sobic009G209650 Sobic009G209650 Sobic010G143700--Sobic009G209650 Sobic010G143700--Sobic004G115100 Sobic003G394701 Sobic003G394701 Sobic006G107766--Sobic003G394701 Sobic006G107766--Sobic006G035350 Sobic006G107766--Sobic003G260500 Sobic008G119600 Sobic008G119600 Sobic006G107766--Sobic008G119600 Sobic003G187600 Sobic003G187600 Sobic006G107766--Sobic003G187600 Sobic004G274300 Sobic004G274300 Sobic006G107766--Sobic004G274300 Sobic004G133201 Sobic004G133201 Sobic006G107766--Sobic004G133201 Sobic001G255866 Sobic001G255866 Sobic006G107766--Sobic001G255866 Sobic006G107766--Sobic004G115100
Octagon: transcription factors


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