Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G107700.1,Sobic.006G107700.2
Synonym AGL16
Functional annotation OsMADS27 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed
UniProt A0A1Z5RD98 , C5Y9V6
Pfam PF00319 PF01486
Panther DB PTHR11945 PTHR11945:SF144
NCBI CDD KOG0014; MADS box transcription factor
KEGG Orthology K09264; MADS-box transcription factor, plant
Gene Ontology GO:0003677; DNA binding GO:0006355regulation of transcription, DNA-templated GO:0005634nucleus GO:0003700DNA-binding transcription factor activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G57230 : AGAMOUS-like 16
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g36924.1 : OsMADS27 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a031749 , Zm00025a011114
Brachypodium KQK00037 , KQJ82998
Barley HORVU2Hr1G080490.9 , HORVU2Hr1G080490.8 , HORVU2Hr1G080490.3 , HORVU2Hr1G080490.2 , HORVU2Hr1G080490.1 , HORVU2Hr1G080490.7 , HORVU2Hr1G080490.6 , HORVU2Hr1G080490.5 , HORVU2Hr1G080490.4 , HORVU2Hr1G080490.10
Wheat TraesCS2A02G337900 , TraesCS2B02G344000 , TraesCS2D02G325000
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.006G107700


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Gene co-expression network
sample Sobic006G107700 Sobic006G107700 Sobic003G056200 Sobic003G056200 Sobic006G107700--Sobic003G056200 Sobic002G401533 Sobic002G401533 Sobic006G107700--Sobic002G401533 Sobic009G257000 Sobic009G257000 Sobic006G107700--Sobic009G257000 Sobic003G172966 Sobic003G172966 Sobic006G107700--Sobic003G172966 Sobic001G475950 Sobic001G475950 Sobic006G107700--Sobic001G475950 Sobic003G161900 Sobic003G161900 Sobic006G107700--Sobic003G161900 Sobic001G261444 Sobic001G261444 Sobic006G107700--Sobic001G261444 SobicK032200 SobicK032200 Sobic006G107700--SobicK032200 Sobic001G037033 Sobic001G037033 Sobic006G107700--Sobic001G037033 Sobic003G056200--Sobic003G172966 Sobic003G056200--Sobic001G475950 Sobic003G056200--Sobic006G107700 Sobic003G056200--SobicK032200 Sobic004G126050 Sobic004G126050 Sobic003G056200--Sobic004G126050 Sobic003G056200--Sobic002G401533 Sobic003G056200--Sobic001G261444 Sobic002G358450 Sobic002G358450 Sobic003G056200--Sobic002G358450 Sobic003G056200--Sobic003G161900 Sobic002G401533--Sobic006G107700 Sobic002G401533--Sobic003G161900 Sobic002G401533--Sobic003G056200 Sobic002G401533--Sobic001G475950 Sobic002G401533--Sobic001G261444 Sobic009G077000 Sobic009G077000 Sobic002G401533--Sobic009G077000 Sobic002G401533--Sobic003G172966 Sobic002G401533--SobicK032200 Sobic005G104900 Sobic005G104900 Sobic002G401533--Sobic005G104900 Sobic001G255866 Sobic001G255866 Sobic009G257000--Sobic001G255866 Sobic009G257000--Sobic006G107700 Sobic003G394701 Sobic003G394701 Sobic009G257000--Sobic003G394701 Sobic001G093400 Sobic001G093400 Sobic009G257000--Sobic001G093400 Sobic007G090433 Sobic007G090433 Sobic009G257000--Sobic007G090433 Sobic007G046700 Sobic007G046700 Sobic009G257000--Sobic007G046700 Sobic004G133201 Sobic004G133201 Sobic009G257000--Sobic004G133201 Sobic009G210250 Sobic009G210250 Sobic009G257000--Sobic009G210250 Sobic009G257000--Sobic003G056200 Sobic003G172966--Sobic003G056200 Sobic003G172966--SobicK032200 Sobic003G172966--Sobic004G126050 Sobic003G172966--Sobic001G475950 Sobic003G172966--Sobic006G107700 Sobic009G097400 Sobic009G097400 Sobic003G172966--Sobic009G097400 Sobic003G172966--Sobic001G261444 Sobic007G200700 Sobic007G200700 Sobic003G172966--Sobic007G200700 Sobic004G115100 Sobic004G115100 Sobic003G172966--Sobic004G115100 Sobic001G475950--SobicK032200 Sobic001G475950--Sobic003G056200 Sobic001G475950--Sobic003G172966 Sobic001G475950--Sobic001G261444 Sobic001G475950--Sobic002G358450 Sobic010G201332 Sobic010G201332 Sobic001G475950--Sobic010G201332 Sobic001G475950--Sobic004G126050 Sobic001G475950--Sobic006G107700 Sobic001G475950--Sobic002G401533 Sobic003G161900--Sobic002G401533 Sobic003G161900--Sobic001G261444 Sobic003G161900--Sobic006G107700 Sobic003G161900--Sobic005G104900 Sobic003G208200 Sobic003G208200 Sobic003G161900--Sobic003G208200 Sobic003G161900--Sobic009G077000 Sobic003G161900--Sobic001G475950 Sobic003G161900--Sobic003G056200 Sobic003G161900--SobicK032200 Sobic001G261444--SobicK032200 Sobic001G261444--Sobic007G200700 Sobic001G383350 Sobic001G383350 Sobic001G261444--Sobic001G383350 Sobic001G261444--Sobic004G115100 Sobic001G261444--Sobic001G475950 Sobic001G261444--Sobic003G161900 Sobic006G029850 Sobic006G029850 Sobic001G261444--Sobic006G029850 Sobic001G261444--Sobic010G201332 Sobic008G100201 Sobic008G100201 Sobic001G261444--Sobic008G100201 SobicK032200--Sobic001G475950 SobicK032200--Sobic001G261444 SobicK032200--Sobic010G201332 SobicK032200--Sobic003G172966 SobicK032200--Sobic004G126050 SobicK032200--Sobic003G056200 SobicK032200--Sobic001G383350 Sobic001G506200 Sobic001G506200 SobicK032200--Sobic001G506200 SobicK032200--Sobic006G029850 Sobic001G037033--Sobic006G107700 Sobic001G037033--Sobic002G401533 Sobic001G037033--Sobic009G257000 Sobic010G169950 Sobic010G169950 Sobic001G037033--Sobic010G169950 Sobic001G094550 Sobic001G094550 Sobic001G037033--Sobic001G094550 Sobic001G037033--Sobic009G210250 Sobic002G159750 Sobic002G159750 Sobic001G037033--Sobic002G159750 Sobic001G037033--Sobic007G090433 Sobic001G037033--Sobic003G056200
Octagon: transcription factors


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