Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G185700.2
Synonym Sb06g025970, CCS, ATCCS
Functional annotation copper chaperone for superoxide dismutase, putative, expressed
UniProt A0A1Z5RFP8
Pfam PF00403 PF00080
Panther DB PTHR10003 PTHR10003:SF27
NCBI CDD KOG4656; Copper chaperone for superoxide dismutase
KEGG Orthology K04569; copper chaperone for superoxide dismutase
Gene Ontology GO:0006801; superoxide metabolic process GO:0016532superoxide dismutase copper chaperone activity GO:0005507copper ion binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G12520 : copper chaperone for SOD1
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g48410.1 : copper chaperone for superoxide dismutase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a056747 , Zm00025a010139
Brachypodium KQJ84134 , KQJ84135 , KQJ84133
Barley HORVU2Hr1G094650.1
Wheat TraesCS2D02G396500 , TraesCS2D02G396500 , TraesCS2B02G417000 , TraesCS2A02G399000
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.006G185700


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G024133 - -
2 Sobic.009G188750 - -
3 Sobic.007G136400 - -
4 Sobic.002G161200 OsSub44 - Putative Subtilisin homologue, expressed -
5 Sobic.001G191400 zinc finger C3HC4 type family protein, putative, expressed K10695: E3 ubiquitin-protein ligase RNF1/2
6 Sobic.005G204900 Lipase class 3 family protein (At)(PubMedID : 27208977)@lipase class 3 family protein, putative, expressed -
7 Sobic.005G126401 - -
8 Sobic.004G288900 protein kinase, putative, expressed -
9 Sobic.003G030200 phosphopantothenoylcysteine decarboxylase, putative, expressed K01598: PPCDC, phosphopantothenoylcysteine decarboxylase
10 Sobic.010G097800 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@expressed protein -
11 Sobic.002G138200 domain of unknown function DUF966 domain containing protein, expressed -
12 Sobic.003G304900 - -
13 Sobic.009G020800 - -
14 Sobic.009G184500 cysteine proteinase inhibitor precursor protein, putative, expressed -
15 Sobic.010G011001 - -
16 Sobic.009G144050 - -
17 Sobic.001G487250 - -
18 Sobic.001G490600 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@ribosomal L18p/L5e family protein, putative, expressed -
19 Sobic.008G142301 - -
20 Sobic.001G513900 - -


Gene co-expression network
sample Sobic006G185700 Sobic006G185700 Sobic009G024133 Sobic009G024133 Sobic006G185700--Sobic009G024133 Sobic009G188750 Sobic009G188750 Sobic006G185700--Sobic009G188750 Sobic007G136400 Sobic007G136400 Sobic006G185700--Sobic007G136400 Sobic002G161200 Sobic002G161200 Sobic006G185700--Sobic002G161200 Sobic001G191400 Sobic001G191400 Sobic006G185700--Sobic001G191400 Sobic005G204900 Sobic005G204900 Sobic006G185700--Sobic005G204900 Sobic005G126401 Sobic005G126401 Sobic006G185700--Sobic005G126401 Sobic004G288900 Sobic004G288900 Sobic006G185700--Sobic004G288900 Sobic003G030200 Sobic003G030200 Sobic006G185700--Sobic003G030200 Sobic009G024133--Sobic009G188750 Sobic009G024133--Sobic006G185700 Sobic009G024133--Sobic007G136400 Sobic009G144050 Sobic009G144050 Sobic009G024133--Sobic009G144050 Sobic009G024133--Sobic005G126401 Sobic009G024133--Sobic002G161200 Sobic001G243300 Sobic001G243300 Sobic009G024133--Sobic001G243300 Sobic001G422800 Sobic001G422800 Sobic009G024133--Sobic001G422800 Sobic010G097800 Sobic010G097800 Sobic009G024133--Sobic010G097800 Sobic009G188750--Sobic009G024133 Sobic010G011001 Sobic010G011001 Sobic009G188750--Sobic010G011001 Sobic009G188750--Sobic006G185700 Sobic009G020800 Sobic009G020800 Sobic009G188750--Sobic009G020800 Sobic008G096300 Sobic008G096300 Sobic009G188750--Sobic008G096300 Sobic009G188750--Sobic007G136400 Sobic009G188750--Sobic009G144050 Sobic001G400101 Sobic001G400101 Sobic009G188750--Sobic001G400101 Sobic009G188750--Sobic005G204900 Sobic007G136400--Sobic009G024133 Sobic007G136400--Sobic006G185700 Sobic007G136400--Sobic009G188750 Sobic007G136400--Sobic002G161200 Sobic006G166601 Sobic006G166601 Sobic007G136400--Sobic006G166601 Sobic007G136400--Sobic001G422800 Sobic007G136400--Sobic001G191400 Sobic007G136400--Sobic005G204900 Sobic001G463650 Sobic001G463650 Sobic007G136400--Sobic001G463650 Sobic002G161200--Sobic010G097800 Sobic007G157200 Sobic007G157200 Sobic002G161200--Sobic007G157200 Sobic003G119266 Sobic003G119266 Sobic002G161200--Sobic003G119266 Sobic001G027400 Sobic001G027400 Sobic002G161200--Sobic001G027400 Sobic002G161200--Sobic006G185700 Sobic003G279600 Sobic003G279600 Sobic002G161200--Sobic003G279600 Sobic003G178400 Sobic003G178400 Sobic002G161200--Sobic003G178400 Sobic010G009532 Sobic010G009532 Sobic002G161200--Sobic010G009532 Sobic002G161200--Sobic009G024133 Sobic004G337700 Sobic004G337700 Sobic001G191400--Sobic004G337700 Sobic007G090406 Sobic007G090406 Sobic001G191400--Sobic007G090406 Sobic005G155001 Sobic005G155001 Sobic001G191400--Sobic005G155001 Sobic009G114900 Sobic009G114900 Sobic001G191400--Sobic009G114900 Sobic010G021401 Sobic010G021401 Sobic001G191400--Sobic010G021401 Sobic001G191400--Sobic003G030200 Sobic001G191400--Sobic005G204900 Sobic001G341900 Sobic001G341900 Sobic001G191400--Sobic001G341900 Sobic001G490600 Sobic001G490600 Sobic001G191400--Sobic001G490600 Sobic005G204900--Sobic001G191400 Sobic001G513900 Sobic001G513900 Sobic005G204900--Sobic001G513900 Sobic005G204900--Sobic003G030200 Sobic005G204900--Sobic001G490600 Sobic005G204900--Sobic009G020800 Sobic009G184500 Sobic009G184500 Sobic005G204900--Sobic009G184500 Sobic010G150600 Sobic010G150600 Sobic005G204900--Sobic010G150600 Sobic005G204900--Sobic008G096300 Sobic005G204900--Sobic001G400101 Sobic008G007200 Sobic008G007200 Sobic005G126401--Sobic008G007200 Sobic004G045700 Sobic004G045700 Sobic005G126401--Sobic004G045700 Sobic003G005332 Sobic003G005332 Sobic005G126401--Sobic003G005332 Sobic007G124800 Sobic007G124800 Sobic005G126401--Sobic007G124800 Sobic005G126401--Sobic009G144050 Sobic005G126401--Sobic001G027400 Sobic005G126401--Sobic009G024133 Sobic006G154900 Sobic006G154900 Sobic005G126401--Sobic006G154900 Sobic003G304900 Sobic003G304900 Sobic005G126401--Sobic003G304900 Sobic001G312801 Sobic001G312801 Sobic004G288900--Sobic001G312801 Sobic002G138200 Sobic002G138200 Sobic004G288900--Sobic002G138200 Sobic003G043650 Sobic003G043650 Sobic004G288900--Sobic003G043650 Sobic004G288900--Sobic009G184500 Sobic010G041500 Sobic010G041500 Sobic004G288900--Sobic010G041500 Sobic004G288900--Sobic008G096300 Sobic004G288900--Sobic001G490600 Sobic009G170301 Sobic009G170301 Sobic004G288900--Sobic009G170301 Sobic003G241600 Sobic003G241600 Sobic004G288900--Sobic003G241600 Sobic003G030200--Sobic001G312801 Sobic003G030200--Sobic001G490600 Sobic009G147600 Sobic009G147600 Sobic003G030200--Sobic009G147600 Sobic003G030200--Sobic001G191400 Sobic001G368000 Sobic001G368000 Sobic003G030200--Sobic001G368000 Sobic003G106100 Sobic003G106100 Sobic003G030200--Sobic003G106100 Sobic007G213500 Sobic007G213500 Sobic003G030200--Sobic007G213500 Sobic007G017300 Sobic007G017300 Sobic003G030200--Sobic007G017300 Sobic003G301950 Sobic003G301950 Sobic003G030200--Sobic003G301950
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.