Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G135301.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1Z5R9Q0
Pfam PF01486 PF00319
Panther DB PTHR11945 PTHR11945:SF193
NCBI CDD KOG0014; MADS box transcription factor
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006355; regulation of transcription, DNA-templated GO:0005634nucleus GO:0003700DNA-binding transcription factor activity GO:0003677DNA binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G57230 : AGAMOUS-like 16
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g36924.1 : OsMADS27 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a031132 , Zm00025a005268
Brachypodium -
Barley HORVU6Hr1G073040.8 , HORVU6Hr1G073040.9 , HORVU6Hr1G073040.2 , HORVU6Hr1G073040.3 , HORVU6Hr1G073040.1 , HORVU6Hr1G073040.6 , HORVU6Hr1G073040.7 , HORVU6Hr1G073040.4 , HORVU6Hr1G073040.5
Wheat TraesCS6A02G292300 , TraesCS6A02G292300 , TraesCS6D02G273500 , TraesCS6D02G273500
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G195550 - -
2 Sobic.004G346700 expressed protein -
3 Sobic.004G346800 transporter, monovalent cation:proton antiporter-2 family, putative, expressed -
4 Sobic.006G087250 - -
5 Sobic.001G417100 - -
6 Sobic.007G223150 - -
7 Sobic.001G071250 - -
8 Sobic.001G045500 RD26, putative, expressed -
9 Sobic.009G206150 - -
10 Sobic.005G008400 pentatricopeptide, putative, expressed -
11 Sobic.002G174000 pleiotropic drug resistance protein, putative, expressed -
12 Sobic.007G115050 - -
13 Sobic.008G139100 MLA12, putative, expressed -
14 Sobic.006G078450 - -
15 Sobic.001G365332 - -
16 Sobic.001G448350 - -
17 Sobic.003G168350 - -
18 Sobic.001G260900 - -
19 Sobic.004G081701 - -
20 Sobic.007G164101 - -


Gene co-expression network
sample Sobic007G135301 Sobic007G135301 Sobic001G195550 Sobic001G195550 Sobic007G135301--Sobic001G195550 Sobic004G346700 Sobic004G346700 Sobic007G135301--Sobic004G346700 Sobic004G346800 Sobic004G346800 Sobic007G135301--Sobic004G346800 Sobic006G087250 Sobic006G087250 Sobic007G135301--Sobic006G087250 Sobic001G417100 Sobic001G417100 Sobic007G135301--Sobic001G417100 Sobic007G223150 Sobic007G223150 Sobic007G135301--Sobic007G223150 Sobic001G071250 Sobic001G071250 Sobic007G135301--Sobic001G071250 Sobic001G045500 Sobic001G045500 Sobic007G135301--Sobic001G045500 Sobic009G206150 Sobic009G206150 Sobic007G135301--Sobic009G206150 Sobic001G195550--Sobic004G346700 Sobic002G174000 Sobic002G174000 Sobic001G195550--Sobic002G174000 Sobic001G195550--Sobic001G417100 Sobic001G365332 Sobic001G365332 Sobic001G195550--Sobic001G365332 Sobic007G115050 Sobic007G115050 Sobic001G195550--Sobic007G115050 Sobic008G139100 Sobic008G139100 Sobic001G195550--Sobic008G139100 Sobic001G260900 Sobic001G260900 Sobic001G195550--Sobic001G260900 Sobic003G168350 Sobic003G168350 Sobic001G195550--Sobic003G168350 Sobic001G195550--Sobic004G346800 Sobic004G346700--Sobic001G195550 Sobic004G346700--Sobic002G174000 Sobic004G346700--Sobic001G365332 Sobic004G346700--Sobic007G115050 Sobic005G008400 Sobic005G008400 Sobic004G346700--Sobic005G008400 Sobic004G346700--Sobic008G139100 Sobic004G346700--Sobic001G260900 Sobic004G346700--Sobic003G168350 Sobic004G198701 Sobic004G198701 Sobic004G346700--Sobic004G198701 Sobic004G346800--Sobic001G195550 Sobic004G346800--Sobic004G346700 Sobic004G346800--Sobic001G045500 Sobic004G346800--Sobic001G071250 Sobic004G346800--Sobic005G008400 Sobic009G069450 Sobic009G069450 Sobic004G346800--Sobic009G069450 Sobic004G346800--Sobic002G174000 Sobic004G346800--Sobic007G135301 Sobic004G346800--Sobic001G365332 Sobic006G087250--Sobic007G135301 Sobic006G087250--Sobic004G346800 Sobic001G048300 Sobic001G048300 Sobic006G087250--Sobic001G048300 Sobic003G137300 Sobic003G137300 Sobic006G087250--Sobic003G137300 Sobic006G087250--Sobic001G071250 Sobic007G226300 Sobic007G226300 Sobic006G087250--Sobic007G226300 Sobic006G087250--Sobic001G195550 Sobic006G087250--Sobic009G069450 Sobic003G393600 Sobic003G393600 Sobic006G087250--Sobic003G393600 Sobic001G417100--Sobic007G115050 Sobic001G417100--Sobic001G260900 Sobic001G417100--Sobic001G195550 Sobic001G317900 Sobic001G317900 Sobic001G417100--Sobic001G317900 Sobic005G083932 Sobic005G083932 Sobic001G417100--Sobic005G083932 Sobic008G174400 Sobic008G174400 Sobic001G417100--Sobic008G174400 Sobic007G223150--Sobic001G417100 Sobic007G223150--Sobic001G195550 Sobic007G223150--Sobic004G346700 Sobic007G223150--Sobic007G115050 Sobic007G223150--Sobic002G174000 Sobic007G223150--Sobic007G135301 Sobic007G223150--Sobic001G260900 Sobic005G134301 Sobic005G134301 Sobic007G223150--Sobic005G134301 Sobic001G028301 Sobic001G028301 Sobic007G223150--Sobic001G028301 Sobic001G071250--Sobic004G346700 Sobic001G071250--Sobic001G195550 Sobic001G071250--Sobic002G174000 Sobic001G071250--Sobic004G346800 Sobic001G071250--Sobic008G139100 Sobic001G071250--Sobic007G115050 Sobic001G071250--Sobic004G198701 Sobic001G071250--Sobic005G008400 Sobic001G071250--Sobic005G134301 Sobic001G045500--Sobic008G139100 Sobic001G045500--Sobic005G008400 Sobic001G045500--Sobic004G346800 Sobic001G045500--Sobic004G346700 Sobic001G045500--Sobic001G195550 Sobic001G045500--Sobic002G174000 Sobic001G045500--Sobic003G168350 Sobic001G045500--Sobic001G071250 Sobic001G045500--Sobic004G198701 Sobic001G270301 Sobic001G270301 Sobic009G206150--Sobic001G270301 Sobic001G448900 Sobic001G448900 Sobic009G206150--Sobic001G448900 Sobic009G206150--Sobic004G346800 Sobic009G206150--Sobic001G045500 Sobic009G206150--Sobic001G071250 Sobic009G206150--Sobic007G135301 Sobic002G215932 Sobic002G215932 Sobic009G206150--Sobic002G215932 Sobic004G081701 Sobic004G081701 Sobic009G206150--Sobic004G081701 Sobic009G206150--Sobic006G087250
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.