Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G069200.1
Synonym AGL11, STK
Functional annotation OsMADS13 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed
UniProt A0A1Z5R542
Pfam PF00319
Panther DB PTHR11945 PTHR11945:SF205
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0003677; DNA binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G09960 : K-box region and MADS-box transcription factor family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g66290.1 : OsMADS21 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a025641 , Zm00025a043140 , Zm00025a054447 , Zm00025a022983
Brachypodium KQK03211 , KQK03210 , KQK03213 , KQK03212
Barley HORVU1Hr1G029220.8 , HORVU1Hr1G029220.9 , HORVU1Hr1G029220.2 , HORVU1Hr1G029220.3 , HORVU1Hr1G029220.1 , HORVU1Hr1G029220.6 , HORVU1Hr1G029220.7 , HORVU1Hr1G029220.5 , HORVU3Hr1G026650.1 , HORVU3Hr1G026650.2 , HORVU3Hr1G026650.3 , HORVU3Hr1G026650.5 , HORVU3Hr1G026650.6 , HORVU3Hr1G026650.7 , HORVU3Hr1G026650.8 , HORVU3Hr1G026650.9 , HORVU1Hr1G029220.10 , HORVU1Hr1G029220.11 , HORVU1Hr1G029220.12 , HORVU1Hr1G029220.13 , HORVU3Hr1G026650.12 , HORVU3Hr1G026650.13 , HORVU3Hr1G026650.10 , HORVU3Hr1G026650.11
Wheat TraesCS3D02G140200 , TraesCS3D02G140200 , TraesCS3D02G140200 , TraesCS3B02G157500 , TraesCS3B02G157500 , TraesCS3A02G314300 , TraesCS3A02G314300 , TraesCS3A02G314300 , TraesCS3D02G140200 , TraesCS3B02G157500 , TraesCS3B02G157500 , TraesCS1D02G127700 , TraesCS1D02G127700 , TraesCS1B02G144800 , TraesCS1B02G144800 , TraesCS1A02G125800 , TraesCS1A02G125800
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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G188200 - -
2 Sobic.004G090500 - -
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17 Sobic.007G131100 jmjC domain containing protein, expressed K15601: [histone H3]-dimethyl-L-lysine9 demethylase
18 Sobic.009G086100 peroxidase precursor, putative, expressed K00430: peroxidase
19 Sobic.007G196100 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase family protein, expressed K11844: ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 16/45
20 Sobic.004G354500 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic008G069200 Sobic008G069200 Sobic008G188200 Sobic008G188200 Sobic008G069200--Sobic008G188200 Sobic004G090500 Sobic004G090500 Sobic008G069200--Sobic004G090500 Sobic005G178200 Sobic005G178200 Sobic008G069200--Sobic005G178200 Sobic003G415300 Sobic003G415300 Sobic008G069200--Sobic003G415300 Sobic003G326300 Sobic003G326300 Sobic008G069200--Sobic003G326300 Sobic007G024000 Sobic007G024000 Sobic008G069200--Sobic007G024000 Sobic008G184000 Sobic008G184000 Sobic008G069200--Sobic008G184000 Sobic005G058500 Sobic005G058500 Sobic008G069200--Sobic005G058500 Sobic008G082300 Sobic008G082300 Sobic008G069200--Sobic008G082300 Sobic008G188200--Sobic008G069200 Sobic008G188200--Sobic005G178200 Sobic008G188200--Sobic003G415300 Sobic008G188200--Sobic003G326300 Sobic008G188200--Sobic005G058500 Sobic008G188200--Sobic008G082300 Sobic010G195301 Sobic010G195301 Sobic008G188200--Sobic010G195301 Sobic009G086100 Sobic009G086100 Sobic008G188200--Sobic009G086100 Sobic008G188200--Sobic008G184000 Sobic008G012000 Sobic008G012000 Sobic004G090500--Sobic008G012000 Sobic004G090500--Sobic008G069200 Sobic007G083900 Sobic007G083900 Sobic004G090500--Sobic007G083900 Sobic004G090500--Sobic007G024000 Sobic004G090500--Sobic008G188200 Sobic004G090500--Sobic005G058500 Sobic009G020000 Sobic009G020000 Sobic004G090500--Sobic009G020000 Sobic008G068850 Sobic008G068850 Sobic004G090500--Sobic008G068850 Sobic004G354500 Sobic004G354500 Sobic004G090500--Sobic004G354500 Sobic005G178200--Sobic003G415300 Sobic005G178200--Sobic008G188200 Sobic005G178200--Sobic010G195301 Sobic005G178200--Sobic005G058500 Sobic005G178200--Sobic009G086100 Sobic005G178200--Sobic004G354500 Sobic005G178200--Sobic003G326300 Sobic005G178200--Sobic008G082300 Sobic005G178200--Sobic008G069200 Sobic003G415300--Sobic005G178200 Sobic003G415300--Sobic009G086100 Sobic003G415300--Sobic003G326300 Sobic003G415300--Sobic008G188200 Sobic003G415300--Sobic010G195301 Sobic003G415300--Sobic008G082300 Sobic005G189000 Sobic005G189000 Sobic003G415300--Sobic005G189000 Sobic005G083220 Sobic005G083220 Sobic003G415300--Sobic005G083220 Sobic002G358000 Sobic002G358000 Sobic003G415300--Sobic002G358000 Sobic007G196100 Sobic007G196100 Sobic003G326300--Sobic007G196100 Sobic002G105900 Sobic002G105900 Sobic003G326300--Sobic002G105900 Sobic003G326300--Sobic003G415300 Sobic005G227151 Sobic005G227151 Sobic003G326300--Sobic005G227151 Sobic003G326300--Sobic009G086100 Sobic004G207500 Sobic004G207500 Sobic003G326300--Sobic004G207500 Sobic003G099900 Sobic003G099900 Sobic003G326300--Sobic003G099900 Sobic003G326300--Sobic005G189000 Sobic005G146000 Sobic005G146000 Sobic003G326300--Sobic005G146000 Sobic007G024000--Sobic004G354500 Sobic007G024000--Sobic004G090500 Sobic007G024000--Sobic008G069200 Sobic007G024000--Sobic005G058500 Sobic007G024000--Sobic005G178200 Sobic007G024000--Sobic008G012000 Sobic007G024000--Sobic008G188200 Sobic007G024000--Sobic003G415300 Sobic007G024000--Sobic010G195301 Sobic004G029700 Sobic004G029700 Sobic008G184000--Sobic004G029700 Sobic008G184000--Sobic005G227151 Sobic008G184500 Sobic008G184500 Sobic008G184000--Sobic008G184500 Sobic008G184000--Sobic002G105900 Sobic007G131100 Sobic007G131100 Sobic008G184000--Sobic007G131100 Sobic003G319050 Sobic003G319050 Sobic008G184000--Sobic003G319050 Sobic010G035000 Sobic010G035000 Sobic008G184000--Sobic010G035000 Sobic007G025100 Sobic007G025100 Sobic008G184000--Sobic007G025100 Sobic001G297700 Sobic001G297700 Sobic008G184000--Sobic001G297700 Sobic005G058500--Sobic005G178200 Sobic005G189800 Sobic005G189800 Sobic005G058500--Sobic005G189800 Sobic005G058500--Sobic009G086100 Sobic005G058500--Sobic003G415300 Sobic009G019700 Sobic009G019700 Sobic005G058500--Sobic009G019700 Sobic010G136100 Sobic010G136100 Sobic005G058500--Sobic010G136100 Sobic005G058500--Sobic008G188200 Sobic005G058500--Sobic004G354500 Sobic005G148100 Sobic005G148100 Sobic005G058500--Sobic005G148100 Sobic008G082300--Sobic002G358000 Sobic008G082300--Sobic007G131100 Sobic009G007100 Sobic009G007100 Sobic008G082300--Sobic009G007100 Sobic008G082300--Sobic010G035000 Sobic008G082300--Sobic003G415300 Sobic005G184400 Sobic005G184400 Sobic008G082300--Sobic005G184400 Sobic006G105300 Sobic006G105300 Sobic008G082300--Sobic006G105300 Sobic005G186250 Sobic005G186250 Sobic008G082300--Sobic005G186250 Sobic005G184600 Sobic005G184600 Sobic008G082300--Sobic005G184600
Octagon: transcription factors


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