Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G116800.3,Sobic.010G116800.1,Sobic.010G116800.4,Sobic.010G116800.2
Synonym
Functional annotation DNA topoisomerase I family protein, expressed
UniProt A0A194YIJ9 , A0A1W0VSI1 , A0A1W0VSK7 , A0A1W0VSJ5
Pfam PF01396 PF13368 PF01131 PF01396 PF01131
Panther DB PTHR11390 PTHR11390:SF27
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0006265; DNA topological change GO:0005694chromosome GO:0003916DNA topoisomerase activity GO:0003677DNA binding GO:0003917DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G31210 : DNA topoisomerase, type IA, core
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g16980.2,LOC_Os06g16980.1 : DNA topoisomerase I family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a042741 , Zm00025a050476
Brachypodium KQK18609
Barley HORVU7Hr1G065200.1 , HORVU7Hr1G065200.20 , HORVU7Hr1G065200.13 , HORVU7Hr1G065200.14 , HORVU7Hr1G065200.15 , HORVU7Hr1G065200.16 , HORVU7Hr1G065200.17 , HORVU7Hr1G065200.18 , HORVU7Hr1G065200.19
Wheat TraesCS1B02G181400 , TraesCS7A02G212500 , TraesCS1D02G161700
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.008G106400 - -
2 Sobic.005G221550 - -
3 Sobic.008G045600 OsFBX230 - F-box domain containing protein, expressed -
4 Sobic.008G043900 bZIP transcription factor, putative, expressed K14432: ABA responsive element binding factor
5 Sobic.005G094200 resistance protein, putative, expressed -
6 Sobic.006G099600 - -
7 Sobic.003G266700 expressed protein -
8 Sobic.007G005000 expressed protein -
9 Sobic.006G190800 bZIP transcription factor, putative, expressed K14432: ABA responsive element binding factor
10 Sobic.005G134501 - -
11 Sobic.008G065400 - -
12 Sobic.005G043400 XRN 5-3 exonuclease N-terminus family protein, expressed -
13 Sobic.005G079700 expressed protein -
14 Sobic.004G152601 - -
15 Sobic.005G043800 transporter family protein, putative, expressed -
16 Sobic.001G355400 40S ribosomal protein S9-2, putative, expressed K02997: RP-S9e, small subunit ribosomal protein S9e
17 Sobic.003G429500 - -
18 Sobic.001G239300 AT hook motif domain containing protein, expressed -
19 Sobic.005G142200 expressed protein -
20 Sobic.005G061100 - -


Gene co-expression network
sample Sobic010G116800 Sobic010G116800 Sobic008G106400 Sobic008G106400 Sobic010G116800--Sobic008G106400 Sobic005G221550 Sobic005G221550 Sobic010G116800--Sobic005G221550 Sobic008G045600 Sobic008G045600 Sobic010G116800--Sobic008G045600 Sobic008G043900 Sobic008G043900 Sobic010G116800--Sobic008G043900 Sobic005G094200 Sobic005G094200 Sobic010G116800--Sobic005G094200 Sobic006G099600 Sobic006G099600 Sobic010G116800--Sobic006G099600 Sobic003G266700 Sobic003G266700 Sobic010G116800--Sobic003G266700 Sobic007G005000 Sobic007G005000 Sobic010G116800--Sobic007G005000 Sobic006G190800 Sobic006G190800 Sobic010G116800--Sobic006G190800 Sobic008G065400 Sobic008G065400 Sobic008G106400--Sobic008G065400 Sobic005G079700 Sobic005G079700 Sobic008G106400--Sobic005G079700 Sobic002G431200 Sobic002G431200 Sobic008G106400--Sobic002G431200 Sobic001G355400 Sobic001G355400 Sobic008G106400--Sobic001G355400 Sobic008G106400--Sobic008G045600 Sobic002G059800 Sobic002G059800 Sobic008G106400--Sobic002G059800 Sobic004G152601 Sobic004G152601 Sobic008G106400--Sobic004G152601 Sobic008G106400--Sobic007G005000 Sobic008G106400--Sobic005G221550 Sobic005G085100 Sobic005G085100 Sobic005G221550--Sobic005G085100 Sobic005G134501 Sobic005G134501 Sobic005G221550--Sobic005G134501 Sobic005G148400 Sobic005G148400 Sobic005G221550--Sobic005G148400 Sobic005G221550--Sobic008G045600 Sobic005G170800 Sobic005G170800 Sobic005G221550--Sobic005G170800 Sobic005G221550--Sobic008G106400 Sobic005G148500 Sobic005G148500 Sobic005G221550--Sobic005G148500 Sobic005G142200 Sobic005G142200 Sobic005G221550--Sobic005G142200 Sobic005G221550--Sobic006G190800 Sobic008G045600--Sobic007G005000 Sobic008G045600--Sobic005G142200 Sobic005G061100 Sobic005G061100 Sobic008G045600--Sobic005G061100 Sobic003G436900 Sobic003G436900 Sobic008G045600--Sobic003G436900 Sobic004G121000 Sobic004G121000 Sobic008G045600--Sobic004G121000 Sobic010G144000 Sobic010G144000 Sobic008G045600--Sobic010G144000 Sobic004G317600 Sobic004G317600 Sobic008G045600--Sobic004G317600 Sobic009G101600 Sobic009G101600 Sobic008G045600--Sobic009G101600 Sobic001G305400 Sobic001G305400 Sobic008G045600--Sobic001G305400 Sobic008G043900--Sobic001G305400 Sobic004G200866 Sobic004G200866 Sobic008G043900--Sobic004G200866 SobicK010000 SobicK010000 Sobic008G043900--SobicK010000 Sobic002G221200 Sobic002G221200 Sobic008G043900--Sobic002G221200 Sobic008G043900--Sobic005G142200 Sobic008G091900 Sobic008G091900 Sobic008G043900--Sobic008G091900 Sobic008G043900--Sobic004G121000 Sobic002G060500 Sobic002G060500 Sobic008G043900--Sobic002G060500 Sobic001G240400 Sobic001G240400 Sobic008G043900--Sobic001G240400 Sobic005G094200--Sobic008G065400 Sobic005G094200--Sobic003G266700 Sobic005G094200--Sobic004G200866 Sobic001G278600 Sobic001G278600 Sobic005G094200--Sobic001G278600 Sobic005G094200--Sobic008G043900 Sobic005G094200--Sobic005G079700 Sobic007G064250 Sobic007G064250 Sobic005G094200--Sobic007G064250 Sobic003G374500 Sobic003G374500 Sobic005G094200--Sobic003G374500 Sobic005G094200--Sobic008G106400 Sobic002G128400 Sobic002G128400 Sobic006G099600--Sobic002G128400 Sobic009G162401 Sobic009G162401 Sobic006G099600--Sobic009G162401 Sobic001G271000 Sobic001G271000 Sobic006G099600--Sobic001G271000 Sobic006G099600--Sobic005G085100 Sobic006G099600--Sobic005G148400 Sobic005G043400 Sobic005G043400 Sobic006G099600--Sobic005G043400 Sobic006G099501 Sobic006G099501 Sobic006G099600--Sobic006G099501 Sobic010G143400 Sobic010G143400 Sobic006G099600--Sobic010G143400 Sobic006G099600--Sobic005G221550 Sobic003G266700--Sobic008G065400 Sobic003G266700--Sobic001G278600 Sobic003G266700--Sobic004G121000 Sobic003G311200 Sobic003G311200 Sobic003G266700--Sobic003G311200 Sobic003G366850 Sobic003G366850 Sobic003G266700--Sobic003G366850 Sobic003G429500 Sobic003G429500 Sobic003G266700--Sobic003G429500 Sobic003G266700--Sobic008G045600 Sobic010G101700 Sobic010G101700 Sobic003G266700--Sobic010G101700 Sobic003G266700--Sobic004G317600 Sobic007G005000--Sobic008G045600 Sobic009G159500 Sobic009G159500 Sobic007G005000--Sobic009G159500 Sobic007G005000--Sobic003G429500 Sobic007G005000--Sobic008G106400 Sobic005G043800 Sobic005G043800 Sobic007G005000--Sobic005G043800 Sobic001G261480 Sobic001G261480 Sobic007G005000--Sobic001G261480 Sobic001G184500 Sobic001G184500 Sobic007G005000--Sobic001G184500 Sobic007G005000--Sobic010G101700 Sobic003G161700 Sobic003G161700 Sobic007G005000--Sobic003G161700 Sobic006G190800--Sobic005G221550 Sobic006G190800--Sobic005G142200 Sobic006G190800--Sobic005G170800 Sobic006G190800--Sobic010G144000 Sobic001G239300 Sobic001G239300 Sobic006G190800--Sobic001G239300 Sobic006G190800--Sobic008G045600 Sobic006G190800--Sobic001G271000 Sobic006G190800--Sobic008G106400 Sobic010G184900 Sobic010G184900 Sobic006G190800--Sobic010G184900
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.