Gene annotation
Transcriptome id Sobic.005G043400.1
Synonym XRN2, Sb05g003583, AtXRN2
Functional annotation XRN 5-3 exonuclease N-terminus family protein, expressed
UniProt A0A1Z5RHS3
Pfam PF03159
Panther DB PTHR12341 PTHR12341:SF39
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0004527; exonuclease activity GO:0003676nucleic acid binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G75660 : 5\'-3\' exoribonuclease 3
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g28074.1 : XRN 5-3 exonuclease N-terminus family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a033538
Brachypodium -
Barley -
Wheat TraesCS5A02G327200 , TraesCS5D02G333400 , TraesCS5D02G333400 , TraesCS5D02G333400
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
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19 Sobic.008G013900 O-methyltransferase, putative, expressed -
20 Sobic.003G436900 OsFBX178 - F-box domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic005G043400 Sobic005G043400 Sobic002G060500 Sobic002G060500 Sobic005G043400--Sobic002G060500 Sobic009G101600 Sobic009G101600 Sobic005G043400--Sobic009G101600 Sobic009G026400 Sobic009G026400 Sobic005G043400--Sobic009G026400 Sobic004G196500 Sobic004G196500 Sobic005G043400--Sobic004G196500 Sobic007G129401 Sobic007G129401 Sobic005G043400--Sobic007G129401 SobicK010000 SobicK010000 Sobic005G043400--SobicK010000 Sobic005G085100 Sobic005G085100 Sobic005G043400--Sobic005G085100 Sobic005G142200 Sobic005G142200 Sobic005G043400--Sobic005G142200 Sobic003G201850 Sobic003G201850 Sobic005G043400--Sobic003G201850 Sobic002G060500--Sobic009G026400 Sobic002G060500--Sobic009G101600 Sobic002G060500--Sobic005G142200 Sobic002G060500--SobicK010000 Sobic002G060500--Sobic004G196500 Sobic001G305400 Sobic001G305400 Sobic002G060500--Sobic001G305400 Sobic002G221200 Sobic002G221200 Sobic002G060500--Sobic002G221200 Sobic002G060500--Sobic005G043400 Sobic007G059300 Sobic007G059300 Sobic002G060500--Sobic007G059300 Sobic009G101600--Sobic005G142200 Sobic009G101600--Sobic009G026400 Sobic009G101600--Sobic002G060500 Sobic009G101600--SobicK010000 Sobic004G200866 Sobic004G200866 Sobic009G101600--Sobic004G200866 Sobic005G054300 Sobic005G054300 Sobic009G101600--Sobic005G054300 Sobic009G101600--Sobic004G196500 Sobic009G101600--Sobic005G043400 Sobic005G054600 Sobic005G054600 Sobic009G101600--Sobic005G054600 Sobic009G026400--Sobic002G060500 Sobic009G026400--Sobic009G101600 Sobic009G026400--Sobic007G059300 Sobic002G062300 Sobic002G062300 Sobic009G026400--Sobic002G062300 Sobic009G026400--Sobic004G196500 Sobic009G113600 Sobic009G113600 Sobic009G026400--Sobic009G113600 Sobic009G026400--Sobic005G054600 Sobic009G026400--Sobic005G142200 Sobic009G026400--Sobic005G054300 Sobic004G196500--Sobic009G026400 Sobic004G196500--Sobic002G060500 Sobic004G196500--Sobic009G101600 Sobic004G196500--Sobic007G129401 Sobic004G196500--Sobic005G043400 Sobic004G196500--Sobic005G142200 Sobic004G196500--SobicK010000 Sobic010G068200 Sobic010G068200 Sobic004G196500--Sobic010G068200 Sobic004G196500--Sobic001G305400 Sobic007G129401--Sobic009G026400 Sobic007G129401--Sobic002G060500 Sobic005G173366 Sobic005G173366 Sobic007G129401--Sobic005G173366 Sobic007G129401--Sobic004G196500 Sobic008G013900 Sobic008G013900 Sobic007G129401--Sobic008G013900 Sobic007G129401--Sobic005G043400 Sobic001G164200 Sobic001G164200 Sobic007G129401--Sobic001G164200 Sobic007G129401--Sobic010G068200 Sobic007G129401--Sobic009G101600 SobicK010000--Sobic004G200866 SobicK010000--Sobic009G101600 SobicK010000--Sobic002G060500 SobicK010000--Sobic005G142200 SobicK010000--Sobic009G026400 Sobic008G142000 Sobic008G142000 SobicK010000--Sobic008G142000 SobicK010000--Sobic005G043400 SobicK010000--Sobic004G196500 SobicK010000--Sobic001G305400 Sobic005G148500 Sobic005G148500 Sobic005G085100--Sobic005G148500 Sobic005G148400 Sobic005G148400 Sobic005G085100--Sobic005G148400 Sobic005G085100--Sobic005G043400 Sobic005G221550 Sobic005G221550 Sobic005G085100--Sobic005G221550 Sobic002G128400 Sobic002G128400 Sobic005G085100--Sobic002G128400 Sobic009G162401 Sobic009G162401 Sobic005G085100--Sobic009G162401 Sobic005G170800 Sobic005G170800 Sobic005G085100--Sobic005G170800 Sobic001G271000 Sobic001G271000 Sobic005G085100--Sobic001G271000 Sobic005G085100--Sobic009G101600 Sobic005G142200--Sobic009G101600 Sobic004G121000 Sobic004G121000 Sobic005G142200--Sobic004G121000 Sobic003G436900 Sobic003G436900 Sobic005G142200--Sobic003G436900 Sobic005G142200--Sobic002G060500 Sobic005G142200--Sobic004G200866 Sobic005G142200--Sobic009G026400 Sobic005G142200--Sobic001G305400 Sobic005G142200--Sobic002G221200 Sobic005G142200--SobicK010000 Sobic010G148750 Sobic010G148750 Sobic003G201850--Sobic010G148750 Sobic003G201850--Sobic005G043400 Sobic010G144000 Sobic010G144000 Sobic003G201850--Sobic010G144000 Sobic003G201850--Sobic009G101600 Sobic004G152601 Sobic004G152601 Sobic003G201850--Sobic004G152601 Sobic003G201850--Sobic004G200866 Sobic003G201850--Sobic005G142200 Sobic003G201850--SobicK010000 Sobic008G045600 Sobic008G045600 Sobic003G201850--Sobic008G045600
Octagon: transcription factors


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