Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G299900.1
Synonym
Functional annotation photosystem II 44 kDa reaction center protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6QN19 , A0A120GUK5 , A0A109NDC1 , A1E9R0
Pfam PF00421
Panther DB PTHR33180 PTHR33180:SF4
NCBI CDD -
KEGG Orthology K02705; photosystem II CP43 chlorophyll apoprotein
Gene Ontology GO:0016168; chlorophyll binding GO:0016020membrane GO:0009767photosynthetic electron transport chain GO:0009521photosystem


Orthologs (automatic annotation)
TAIR ATCG00280 : photosystem II reaction center protein C
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g24632.1 : photosystem II 44 kDa reaction center protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a019127 , Zm00025a057596 , Zm00025a057706 , Zm00025a057683 , Zm00025a057682 , Zm00025a057681 , Zm00025a010036 , Zm00025a010040 , Zm00025a043566 , Zm00025a058110 , Zm00025a057947 , Zm00025a058078 , Zm00025a057878 , Zm00025a057699
Brachypodium PNT70439 , KQJ90072 , KQK20682 , KQK24086
Barley HORVU1Hr1G042530.2 , HORVU2Hr1G121790.1 , HORVU5Hr1G004580.2 , HORVU4Hr1G066680.1 , HORVU6Hr1G046850.2 , AGP50741 , HORVU5Hr1G082910.1 , HORVU5Hr1G060530.1 , HORVU2Hr1G062030.1
Wheat TraesCS2D02G572900
Populus PNS23990 , PNT05685 , PNT25899 , PNS90496


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G395800 photosystem II 44 kDa reaction center protein, putative, expressed K02705: photosystem II CP43 chlorophyll apoprotein
2 Sobic.001G276500 photosystem II 44 kDa reaction center protein, putative, expressed K02705: photosystem II CP43 chlorophyll apoprotein
3 Sobic.002G142950 - -
4 Sobic.007G145901 - K02705: photosystem II CP43 chlorophyll apoprotein
5 Sobic.010G225175 - -
6 Sobic.001G202800 - -
7 Sobic.010G052100 S-locus-like receptor protein kinase, putative, expressed -
8 Sobic.007G127200 ECT protein, putative, expressed K07877: Ras-related protein Rab-2A
9 Sobic.002G142400 - -
10 Sobic.010G247750 - -
11 Sobic.006G037800 - -
12 Sobic.004G127766 - -
13 Sobic.002G154450 - -
14 Sobic.006G261650 - -
15 Sobic.004G134400 - -
16 Sobic.010G149000 - -
17 Sobic.004G127350 - -
18 Sobic.007G134700 formin, putative, expressed -
19 Sobic.006G239200 expressed protein -
20 Sobic.001G045900 polygalacturonase, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic001G299900 Sobic001G299900 Sobic003G395800 Sobic003G395800 Sobic001G299900--Sobic003G395800 Sobic001G276500 Sobic001G276500 Sobic001G299900--Sobic001G276500 Sobic002G142950 Sobic002G142950 Sobic001G299900--Sobic002G142950 Sobic007G145901 Sobic007G145901 Sobic001G299900--Sobic007G145901 Sobic010G225175 Sobic010G225175 Sobic001G299900--Sobic010G225175 Sobic001G202800 Sobic001G202800 Sobic001G299900--Sobic001G202800 Sobic010G052100 Sobic010G052100 Sobic001G299900--Sobic010G052100 Sobic007G127200 Sobic007G127200 Sobic001G299900--Sobic007G127200 Sobic002G142400 Sobic002G142400 Sobic001G299900--Sobic002G142400 Sobic003G395800--Sobic010G225175 Sobic002G154450 Sobic002G154450 Sobic003G395800--Sobic002G154450 Sobic003G395800--Sobic007G127200 Sobic003G395800--Sobic010G052100 Sobic001G323101 Sobic001G323101 Sobic003G395800--Sobic001G323101 Sobic004G127350 Sobic004G127350 Sobic003G395800--Sobic004G127350 Sobic001G045900 Sobic001G045900 Sobic003G395800--Sobic001G045900 Sobic004G134400 Sobic004G134400 Sobic003G395800--Sobic004G134400 Sobic010G247750 Sobic010G247750 Sobic003G395800--Sobic010G247750 Sobic001G036400 Sobic001G036400 Sobic001G276500--Sobic001G036400 Sobic005G019250 Sobic005G019250 Sobic001G276500--Sobic005G019250 Sobic006G233200 Sobic006G233200 Sobic001G276500--Sobic006G233200 Sobic006G261650 Sobic006G261650 Sobic001G276500--Sobic006G261650 Sobic004G060000 Sobic004G060000 Sobic001G276500--Sobic004G060000 Sobic007G190466 Sobic007G190466 Sobic001G276500--Sobic007G190466 Sobic007G190600 Sobic007G190600 Sobic001G276500--Sobic007G190600 Sobic005G154600 Sobic005G154600 Sobic001G276500--Sobic005G154600 Sobic004G310350 Sobic004G310350 Sobic001G276500--Sobic004G310350 Sobic008G100900 Sobic008G100900 Sobic002G142950--Sobic008G100900 Sobic004G133201 Sobic004G133201 Sobic002G142950--Sobic004G133201 Sobic007G113000 Sobic007G113000 Sobic002G142950--Sobic007G113000 Sobic001G431900 Sobic001G431900 Sobic002G142950--Sobic001G431900 Sobic002G142950--Sobic004G134400 Sobic007G023000 Sobic007G023000 Sobic002G142950--Sobic007G023000 Sobic004G127766 Sobic004G127766 Sobic002G142950--Sobic004G127766 Sobic002G142950--Sobic010G247750 Sobic004G274300 Sobic004G274300 Sobic002G142950--Sobic004G274300 Sobic007G145901--Sobic001G299900 Sobic010G124700 Sobic010G124700 Sobic007G145901--Sobic010G124700 Sobic007G145901--Sobic003G395800 Sobic007G013800 Sobic007G013800 Sobic007G145901--Sobic007G013800 Sobic003G311100 Sobic003G311100 Sobic007G145901--Sobic003G311100 Sobic010G244800 Sobic010G244800 Sobic007G145901--Sobic010G244800 Sobic001G075950 Sobic001G075950 Sobic007G145901--Sobic001G075950 Sobic003G024450 Sobic003G024450 Sobic007G145901--Sobic003G024450 Sobic004G187701 Sobic004G187701 Sobic007G145901--Sobic004G187701 Sobic010G225175--Sobic010G052100 Sobic010G225175--Sobic001G045900 Sobic010G225175--Sobic007G127200 Sobic010G225175--Sobic004G127350 Sobic010G225175--Sobic002G154450 Sobic010G149000 Sobic010G149000 Sobic010G225175--Sobic010G149000 Sobic006G037800 Sobic006G037800 Sobic010G225175--Sobic006G037800 Sobic010G225175--Sobic010G247750 Sobic001G045100 Sobic001G045100 Sobic010G225175--Sobic001G045100 Sobic009G011050 Sobic009G011050 Sobic001G202800--Sobic009G011050 Sobic006G239200 Sobic006G239200 Sobic001G202800--Sobic006G239200 Sobic001G202800--Sobic002G142400 Sobic001G202800--Sobic006G037800 Sobic001G202800--Sobic010G149000 Sobic007G134700 Sobic007G134700 Sobic001G202800--Sobic007G134700 Sobic002G117800 Sobic002G117800 Sobic001G202800--Sobic002G117800 Sobic001G208133 Sobic001G208133 Sobic001G202800--Sobic001G208133 Sobic001G202800--Sobic003G024450 Sobic010G052100--Sobic010G225175 Sobic010G052100--Sobic001G045900 Sobic010G052100--Sobic002G154450 Sobic010G052100--Sobic007G127200 Sobic010G052100--Sobic004G127350 Sobic009G094100 Sobic009G094100 Sobic010G052100--Sobic009G094100 Sobic007G103200 Sobic007G103200 Sobic010G052100--Sobic007G103200 Sobic010G052100--Sobic010G247750 Sobic004G127733 Sobic004G127733 Sobic010G052100--Sobic004G127733 Sobic007G127200--Sobic010G247750 Sobic007G127200--Sobic004G127733 Sobic007G127200--Sobic004G134400 Sobic007G127200--Sobic010G052100 Sobic007G127200--Sobic001G045900 Sobic009G079600 Sobic009G079600 Sobic007G127200--Sobic009G079600 Sobic006G035350 Sobic006G035350 Sobic007G127200--Sobic006G035350 Sobic008G093300 Sobic008G093300 Sobic007G127200--Sobic008G093300 Sobic003G260500 Sobic003G260500 Sobic007G127200--Sobic003G260500 Sobic002G142400--Sobic001G202800 Sobic002G142400--Sobic006G239200 Sobic002G142400--Sobic009G011050 Sobic003G311300 Sobic003G311300 Sobic002G142400--Sobic003G311300 Sobic002G142400--Sobic001G208133 Sobic003G031300 Sobic003G031300 Sobic002G142400--Sobic003G031300 Sobic002G142400--Sobic006G037800 Sobic004G039000 Sobic004G039000 Sobic002G142400--Sobic004G039000 Sobic003G254850 Sobic003G254850 Sobic002G142400--Sobic003G254850
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.