Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G276500.1
Synonym Sb01g027285
Functional annotation photosystem II 44 kDa reaction center protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6QLJ2
Pfam PF00421
Panther DB PTHR33180 PTHR33180:SF4
NCBI CDD -
KEGG Orthology K02705; photosystem II CP43 chlorophyll apoprotein
Gene Ontology GO:0016168; chlorophyll binding GO:0016020membrane GO:0009767photosynthetic electron transport chain GO:0009521photosystem


Orthologs (automatic annotation)
TAIR ATCG00280 : photosystem II reaction center protein C
RAP-DB (Rice) LOC_Os02g24632.1 : photosystem II 44 kDa reaction center protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a057596 , Zm00025a043566 , Zm00025a057683 , Zm00025a057681 , Zm00025a010036 , Zm00025a010040 , Zm00025a058110 , Zm00025a058078 , Zm00025a057878 , Zm00025a057699
Brachypodium PNT70439 , KQK20682 , KQJ90072 , KQK24086
Barley AGP50741 , HORVU4Hr1G066680.1 , HORVU5Hr1G082910.1 , HORVU2Hr1G121790.1 , HORVU5Hr1G004580.2 , HORVU5Hr1G004580.1
Wheat TraesCS2D02G573000
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G036400 expressed protein -
2 Sobic.005G019250 - -
3 Sobic.006G233200 - -
4 Sobic.006G261650 - -
5 Sobic.004G060000 DUF630/DUF632 domains containing protein, putative, expressed -
6 Sobic.007G190466 - -
7 Sobic.007G190600 - -
8 Sobic.005G154600 - -
9 Sobic.004G310350 - -
10 Sobic.003G031300 - -
11 Sobic.009G011100 SCARECROW, putative, expressed -
12 Sobic.004G061100 - -
13 Sobic.009G011000 SCARECROW, putative, expressed -
14 Sobic.001G378900 AP2 domain containing protein, expressed -
15 Sobic.006G053550 - -
16 Sobic.004G079400 FAR1 family protein, expressed -
17 Sobic.003G311300 GRF zinc finger family protein, expressed -
18 Sobic.006G052250 - -
19 Sobic.001G299900 photosystem II 44 kDa reaction center protein, putative, expressed K02705: photosystem II CP43 chlorophyll apoprotein
20 Sobic.003G395800 photosystem II 44 kDa reaction center protein, putative, expressed K02705: photosystem II CP43 chlorophyll apoprotein


Gene co-expression network
sample Sobic001G276500 Sobic001G276500 Sobic001G036400 Sobic001G036400 Sobic001G276500--Sobic001G036400 Sobic005G019250 Sobic005G019250 Sobic001G276500--Sobic005G019250 Sobic006G233200 Sobic006G233200 Sobic001G276500--Sobic006G233200 Sobic006G261650 Sobic006G261650 Sobic001G276500--Sobic006G261650 Sobic004G060000 Sobic004G060000 Sobic001G276500--Sobic004G060000 Sobic007G190466 Sobic007G190466 Sobic001G276500--Sobic007G190466 Sobic007G190600 Sobic007G190600 Sobic001G276500--Sobic007G190600 Sobic005G154600 Sobic005G154600 Sobic001G276500--Sobic005G154600 Sobic004G310350 Sobic004G310350 Sobic001G276500--Sobic004G310350 Sobic006G128150 Sobic006G128150 Sobic001G036400--Sobic006G128150 Sobic002G256250 Sobic002G256250 Sobic001G036400--Sobic002G256250 Sobic010G265400 Sobic010G265400 Sobic001G036400--Sobic010G265400 Sobic010G155000 Sobic010G155000 Sobic001G036400--Sobic010G155000 Sobic001G431600 Sobic001G431600 Sobic001G036400--Sobic001G431600 Sobic001G378900 Sobic001G378900 Sobic001G036400--Sobic001G378900 Sobic002G053300 Sobic002G053300 Sobic001G036400--Sobic002G053300 Sobic010G028333 Sobic010G028333 Sobic001G036400--Sobic010G028333 Sobic001G036400--Sobic007G190466 Sobic005G019250--Sobic004G310350 Sobic001G202450 Sobic001G202450 Sobic005G019250--Sobic001G202450 Sobic002G214000 Sobic002G214000 Sobic005G019250--Sobic002G214000 Sobic006G053550 Sobic006G053550 Sobic005G019250--Sobic006G053550 Sobic001G373850 Sobic001G373850 Sobic005G019250--Sobic001G373850 Sobic009G077000 Sobic009G077000 Sobic005G019250--Sobic009G077000 Sobic005G045250 Sobic005G045250 Sobic005G019250--Sobic005G045250 Sobic003G163000 Sobic003G163000 Sobic005G019250--Sobic003G163000 Sobic001G497400 Sobic001G497400 Sobic005G019250--Sobic001G497400 Sobic006G162750 Sobic006G162750 Sobic006G233200--Sobic006G162750 Sobic006G233200--Sobic001G036400 Sobic007G078900 Sobic007G078900 Sobic006G233200--Sobic007G078900 Sobic004G255550 Sobic004G255550 Sobic006G233200--Sobic004G255550 Sobic007G078700 Sobic007G078700 Sobic006G233200--Sobic007G078700 Sobic006G052250 Sobic006G052250 Sobic006G233200--Sobic006G052250 Sobic006G233200--Sobic005G019250 Sobic009G011100 Sobic009G011100 Sobic006G233200--Sobic009G011100 Sobic006G279600 Sobic006G279600 Sobic006G233200--Sobic006G279600 Sobic006G261650--Sobic005G154600 Sobic004G276600 Sobic004G276600 Sobic006G261650--Sobic004G276600 Sobic002G337400 Sobic002G337400 Sobic006G261650--Sobic002G337400 Sobic003G169700 Sobic003G169700 Sobic006G261650--Sobic003G169700 Sobic002G154450 Sobic002G154450 Sobic006G261650--Sobic002G154450 Sobic006G261650--Sobic007G190600 Sobic001G420150 Sobic001G420150 Sobic006G261650--Sobic001G420150 Sobic007G085400 Sobic007G085400 Sobic006G261650--Sobic007G085400 Sobic007G127200 Sobic007G127200 Sobic006G261650--Sobic007G127200 Sobic007G044350 Sobic007G044350 Sobic004G060000--Sobic007G044350 Sobic001G278400 Sobic001G278400 Sobic004G060000--Sobic001G278400 Sobic004G060000--Sobic006G233200 Sobic004G060000--Sobic001G036400 Sobic002G411700 Sobic002G411700 Sobic004G060000--Sobic002G411700 Sobic004G060000--Sobic001G378900 Sobic006G116600 Sobic006G116600 Sobic004G060000--Sobic006G116600 Sobic004G060000--Sobic001G276500 Sobic001G104050 Sobic001G104050 Sobic004G060000--Sobic001G104050 Sobic007G190466--Sobic007G190600 Sobic007G190466--Sobic004G276600 Sobic007G190466--Sobic001G420150 Sobic006G059150 Sobic006G059150 Sobic007G190466--Sobic006G059150 Sobic004G127766 Sobic004G127766 Sobic007G190466--Sobic004G127766 Sobic007G116300 Sobic007G116300 Sobic007G190466--Sobic007G116300 Sobic007G090433 Sobic007G090433 Sobic007G190466--Sobic007G090433 Sobic007G190466--Sobic001G431600 Sobic008G100801 Sobic008G100801 Sobic007G190466--Sobic008G100801 Sobic007G190600--Sobic007G190466 Sobic007G190600--Sobic004G276600 Sobic007G190600--Sobic004G127766 Sobic007G190600--Sobic005G154600 Sobic007G190600--Sobic006G261650 Sobic007G190600--Sobic001G420150 Sobic002G246100 Sobic002G246100 Sobic007G190600--Sobic002G246100 Sobic007G190600--Sobic006G059150 Sobic004G332200 Sobic004G332200 Sobic007G190600--Sobic004G332200 Sobic005G154600--Sobic006G261650 Sobic005G154600--Sobic004G276600 Sobic005G154600--Sobic002G154450 Sobic010G247750 Sobic010G247750 Sobic005G154600--Sobic010G247750 Sobic005G154600--Sobic004G310350 Sobic006G035350 Sobic006G035350 Sobic005G154600--Sobic006G035350 Sobic008G093300 Sobic008G093300 Sobic005G154600--Sobic008G093300 Sobic010G132400 Sobic010G132400 Sobic005G154600--Sobic010G132400 Sobic005G154600--Sobic007G127200 Sobic004G310350--Sobic006G053550 Sobic004G310350--Sobic005G019250 Sobic004G310350--Sobic002G214000 Sobic001G224500 Sobic001G224500 Sobic004G310350--Sobic001G224500 SobicK031900 SobicK031900 Sobic004G310350--SobicK031900 Sobic008G129500 Sobic008G129500 Sobic004G310350--Sobic008G129500 Sobic004G310350--Sobic005G154600 Sobic009G215100 Sobic009G215100 Sobic004G310350--Sobic009G215100 Sobic003G268100 Sobic003G268100 Sobic004G310350--Sobic003G268100
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.