Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G076600.2,Sobic.002G076600.4,Sobic.002G076600.3,Sobic.002G076600.1
Synonym BHLH42, TT8
Functional annotation rc - bHLH transcription factor regulating proanthocyanidin production in seeds, expressed
UniProt A0A1W0W2U5 , A0A1W0W2Q9 , A0A1W0W2V5
Pfam PF00010 PF14215
Panther DB PTHR11514 PTHR11514:SF28
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G09820 : basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g11020.1 : rc - bHLH transcription factor regulating proanthocyanidin production in seeds, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a045395
Brachypodium KQK20364
Barley HORVU1Hr1G020370.4 , HORVU1Hr1G020370.3 , HORVU1Hr1G020370.2 , HORVU1Hr1G020370.1
Wheat TraesCS1A02G102400 , TraesCS1A02G102400 , TraesCS1B02G112900 , TraesCS1D02G094200 , TraesCS1B02G113100 , TraesCS1B02G113100 , TraesCS1B02G113100 , TraesCS1B02G113100
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G014700 THION20 - Plant thionin family protein precursor, putative, expressed -
2 Sobic.008G123350 - -
3 Sobic.006G189500 OsMADS17 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed K09264: MADS-box transcription factor, plant
4 Sobic.006G131100 - -
5 Sobic.005G070800 - -
6 Sobic.004G195400 heavy metal associated domain containing protein, expressed -
7 Sobic.005G190300 - -
8 Sobic.008G048600 - -
9 Sobic.006G163200 COBRA, putative, expressed -
10 Sobic.001G152901 "YABBY transcription factor, "(PubMedID : 22581231) -
11 Sobic.010G121800 expansin precursor, putative, expressed -
12 Sobic.006G006100 expressed protein -
13 Sobic.003G411100 transferase family protein, putative, expressed K15400: omega-hydroxypalmitate O-feruloyl transferase
14 Sobic.006G006000 expressed protein -
15 Sobic.001G200800 LTPL160 - Protease inhibitor/seed storage/LTP family protein precursor, expressed -
16 Sobic.002G096400 expressed protein -
17 Sobic.008G143300 - -
18 Sobic.002G332000 CRP8 - Cysteine-rich family protein precursor, expressed -
19 Sobic.008G143200 - -
20 Sobic.005G151400 dnaJ domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G076600 Sobic002G076600 Sobic004G014700 Sobic004G014700 Sobic002G076600--Sobic004G014700 Sobic008G123350 Sobic008G123350 Sobic002G076600--Sobic008G123350 Sobic006G189500 Sobic006G189500 Sobic002G076600--Sobic006G189500 Sobic006G131100 Sobic006G131100 Sobic002G076600--Sobic006G131100 Sobic005G070800 Sobic005G070800 Sobic002G076600--Sobic005G070800 Sobic004G195400 Sobic004G195400 Sobic002G076600--Sobic004G195400 Sobic005G190300 Sobic005G190300 Sobic002G076600--Sobic005G190300 Sobic008G048600 Sobic008G048600 Sobic002G076600--Sobic008G048600 Sobic006G163200 Sobic006G163200 Sobic002G076600--Sobic006G163200 Sobic004G014700--Sobic008G048600 Sobic004G014700--Sobic004G195400 Sobic004G014700--Sobic006G189500 Sobic003G411100 Sobic003G411100 Sobic004G014700--Sobic003G411100 Sobic004G014700--Sobic006G131100 Sobic004G014700--Sobic002G076600 Sobic004G014700--Sobic008G123350 Sobic006G006100 Sobic006G006100 Sobic004G014700--Sobic006G006100 Sobic005G064400 Sobic005G064400 Sobic004G014700--Sobic005G064400 Sobic008G123350--Sobic005G190300 Sobic010G121800 Sobic010G121800 Sobic008G123350--Sobic010G121800 Sobic001G200800 Sobic001G200800 Sobic008G123350--Sobic001G200800 Sobic002G332000 Sobic002G332000 Sobic008G123350--Sobic002G332000 Sobic008G143200 Sobic008G143200 Sobic008G123350--Sobic008G143200 Sobic002G103000 Sobic002G103000 Sobic008G123350--Sobic002G103000 Sobic007G040400 Sobic007G040400 Sobic008G123350--Sobic007G040400 Sobic005G147400 Sobic005G147400 Sobic008G123350--Sobic005G147400 Sobic005G196400 Sobic005G196400 Sobic008G123350--Sobic005G196400 Sobic006G189500--Sobic004G195400 Sobic006G189500--Sobic004G014700 Sobic006G189500--Sobic008G048600 Sobic006G189500--Sobic006G131100 Sobic006G189500--Sobic002G076600 Sobic006G189500--Sobic003G411100 Sobic006G189500--Sobic008G123350 Sobic006G189500--Sobic006G006100 Sobic006G189500--Sobic005G064400 Sobic006G131100--Sobic004G014700 Sobic006G131100--Sobic008G048600 Sobic006G131100--Sobic006G189500 Sobic006G131100--Sobic004G195400 Sobic006G131100--Sobic003G411100 Sobic006G131100--Sobic002G076600 Sobic006G144101 Sobic006G144101 Sobic006G131100--Sobic006G144101 Sobic006G131100--Sobic006G006100 Sobic006G131100--Sobic005G064400 Sobic005G070800--Sobic006G163200 Sobic005G070800--Sobic002G076600 Sobic005G070800--Sobic008G123350 Sobic005G070800--Sobic005G190300 Sobic008G143300 Sobic008G143300 Sobic005G070800--Sobic008G143300 Sobic005G070800--Sobic006G189500 Sobic005G070800--Sobic004G014700 Sobic005G070800--Sobic004G195400 Sobic005G070800--Sobic010G121800 Sobic004G195400--Sobic004G014700 Sobic004G195400--Sobic008G048600 Sobic004G195400--Sobic006G189500 Sobic004G195400--Sobic003G411100 Sobic004G195400--Sobic006G131100 Sobic004G195400--Sobic002G076600 Sobic001G324600 Sobic001G324600 Sobic004G195400--Sobic001G324600 Sobic004G195400--Sobic006G006100 Sobic004G195400--Sobic006G144101 Sobic005G190300--Sobic008G123350 Sobic005G190300--Sobic010G121800 Sobic005G190300--Sobic002G332000 Sobic005G190300--Sobic001G200800 Sobic005G190300--Sobic008G143200 Sobic005G190300--Sobic002G103000 Sobic008G122300 Sobic008G122300 Sobic005G190300--Sobic008G122300 Sobic001G209701 Sobic001G209701 Sobic005G190300--Sobic001G209701 Sobic008G048600--Sobic003G411100 Sobic008G048600--Sobic004G014700 Sobic008G048600--Sobic004G195400 Sobic008G048600--Sobic006G144101 Sobic008G048600--Sobic006G189500 Sobic008G048600--Sobic006G131100 Sobic002G345500 Sobic002G345500 Sobic008G048600--Sobic002G345500 Sobic005G179700 Sobic005G179700 Sobic008G048600--Sobic005G179700 Sobic005G200400 Sobic005G200400 Sobic008G048600--Sobic005G200400 Sobic006G163200--Sobic005G070800 Sobic006G163200--Sobic002G076600 Sobic001G235200 Sobic001G235200 Sobic006G163200--Sobic001G235200 Sobic006G163200--Sobic004G195400 Sobic006G163200--Sobic008G143300 Sobic006G163200--Sobic006G189500 Sobic006G213900 Sobic006G213900 Sobic006G163200--Sobic006G213900 Sobic006G163200--Sobic004G014700 Sobic001G152901 Sobic001G152901 Sobic006G163200--Sobic001G152901
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.