Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G212400.1
Synonym Sb02g025550
Functional annotation zinc finger, C3HC4 type family protein, expressed
UniProt A0A1W0W5D1
Pfam PF00097 PF01485
Panther DB PTHR11685 PTHR11685:SF143
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0016567; protein ubiquitination GO:0004842ubiquitin-protein transferase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G53690 : RING/U-box superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g26470.1 : zinc finger, C3HC4 type family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium PNT64655
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G109800 cytochrome P450, putative, expressed K05917: sterol 14alpha-demethylase
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9 Sobic.005G149800 - -
10 Sobic.005G141500 - -
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13 Sobic.005G221200 - -
14 Sobic.009G039700 myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class family protein, expressed -
15 Sobic.003G135201 - -
16 Sobic.010G195600 reductase, putative, expressed -
17 Sobic.001G301100 myb-like DNA-binding domain, SHAQKYF class family protein, expressed -
18 Sobic.001G270600 - -
19 Sobic.003G057650 - -
20 Sobic.010G137700 - -


Gene co-expression network
sample Sobic002G212400 Sobic002G212400 Sobic005G109800 Sobic005G109800 Sobic002G212400--Sobic005G109800 Sobic009G039500 Sobic009G039500 Sobic002G212400--Sobic009G039500 Sobic003G415800 Sobic003G415800 Sobic002G212400--Sobic003G415800 Sobic002G061200 Sobic002G061200 Sobic002G212400--Sobic002G061200 Sobic005G109900 Sobic005G109900 Sobic002G212400--Sobic005G109900 Sobic007G109400 Sobic007G109400 Sobic002G212400--Sobic007G109400 Sobic005G174600 Sobic005G174600 Sobic002G212400--Sobic005G174600 Sobic009G006800 Sobic009G006800 Sobic002G212400--Sobic009G006800 Sobic005G149800 Sobic005G149800 Sobic002G212400--Sobic005G149800 Sobic005G109800--Sobic009G039500 Sobic005G109800--Sobic005G109900 Sobic005G109800--Sobic002G061200 Sobic005G109800--Sobic007G109400 Sobic005G109800--Sobic005G174600 Sobic005G109800--Sobic009G006800 Sobic005G109800--Sobic003G415800 Sobic005G141500 Sobic005G141500 Sobic005G109800--Sobic005G141500 Sobic005G221200 Sobic005G221200 Sobic005G109800--Sobic005G221200 Sobic009G039500--Sobic002G061200 Sobic009G039500--Sobic005G109800 Sobic009G039500--Sobic007G109400 Sobic009G039500--Sobic005G109900 Sobic005G174700 Sobic005G174700 Sobic009G039500--Sobic005G174700 Sobic009G039500--Sobic005G174600 Sobic003G438300 Sobic003G438300 Sobic009G039500--Sobic003G438300 Sobic009G039700 Sobic009G039700 Sobic009G039500--Sobic009G039700 Sobic009G039500--Sobic005G221200 Sobic003G415800--Sobic009G006800 Sobic001G270600 Sobic001G270600 Sobic003G415800--Sobic001G270600 Sobic003G415800--Sobic005G109800 Sobic003G415800--Sobic005G174600 Sobic010G137700 Sobic010G137700 Sobic003G415800--Sobic010G137700 Sobic003G415800--Sobic005G109900 Sobic001G301100 Sobic001G301100 Sobic003G415800--Sobic001G301100 Sobic003G321500 Sobic003G321500 Sobic003G415800--Sobic003G321500 Sobic007G040000 Sobic007G040000 Sobic003G415800--Sobic007G040000 Sobic002G061200--Sobic007G109400 Sobic002G061200--Sobic009G039500 Sobic002G061200--Sobic005G109800 Sobic002G061200--Sobic003G438300 Sobic002G061200--Sobic005G109900 Sobic002G061200--Sobic005G174700 Sobic002G061200--Sobic005G174600 Sobic010G195600 Sobic010G195600 Sobic002G061200--Sobic010G195600 Sobic002G061200--Sobic009G039700 Sobic005G109900--Sobic005G174600 Sobic005G109900--Sobic005G109800 Sobic005G109900--Sobic005G141500 Sobic005G109900--Sobic005G221200 Sobic005G109900--Sobic009G039500 Sobic005G109900--Sobic009G039700 Sobic005G109900--Sobic009G006800 Sobic005G109900--Sobic005G174700 Sobic003G135201 Sobic003G135201 Sobic005G109900--Sobic003G135201 Sobic007G109400--Sobic002G061200 Sobic007G109400--Sobic009G039500 Sobic007G109400--Sobic003G438300 Sobic007G109400--Sobic005G109800 Sobic007G109400--Sobic010G195600 Sobic007G109400--Sobic005G109900 Sobic007G109400--Sobic005G174700 Sobic007G109400--Sobic005G174600 Sobic005G051700 Sobic005G051700 Sobic007G109400--Sobic005G051700 Sobic005G174600--Sobic005G141500 Sobic005G174600--Sobic005G221200 Sobic005G174600--Sobic005G109900 Sobic005G174600--Sobic009G006800 Sobic005G174600--Sobic005G109800 Sobic005G174600--Sobic003G135201 Sobic005G174600--Sobic009G039700 Sobic005G174600--Sobic009G039500 Sobic005G174600--Sobic003G415800 Sobic009G006800--Sobic003G415800 Sobic009G006800--Sobic010G137700 Sobic009G006800--Sobic005G174600 Sobic009G006800--Sobic005G141500 Sobic009G006800--Sobic005G109900 Sobic009G006800--Sobic005G109800 Sobic009G006800--Sobic003G135201 Sobic009G006800--Sobic005G221200 Sobic009G006800--Sobic001G270600 Sobic005G149800--Sobic003G415800 Sobic005G153500 Sobic005G153500 Sobic005G149800--Sobic005G153500 Sobic006G064700 Sobic006G064700 Sobic005G149800--Sobic006G064700 Sobic005G149800--Sobic005G109800 Sobic009G039900 Sobic009G039900 Sobic005G149800--Sobic009G039900 Sobic005G149800--Sobic003G438300 Sobic005G149800--Sobic002G061200 Sobic005G149800--Sobic005G174600 Sobic005G149800--Sobic003G321500
Octagon: transcription factors


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