Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G219600.1
Synonym
Functional annotation RIO1 family protein, expressed
UniProt A0A1W0W5C7
Pfam PF07714
Panther DB PTHR24056 PTHR24056:SF195
NCBI CDD KOG0659; Cdk activating kinase (CAK)/RNA polymerase II transcription initiation/nucleotide excision repair factor TFIIH/TFIIK, kinase subunit CDK7 KOG0594Protein kinase PCTAIRE and related kinases
KEGG Orthology K08818; cell division cycle 2-like
Gene Ontology GO:0006468; protein phosphorylation GO:0004672protein kinase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G63370 : Protein kinase superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os09g27350.1 : RIO1 family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a047198
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.006G117800 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence./late senescence marker during developmental senescence(PubMedID : 27586543)@receptor-like protein kinase, putative, expressed -
2 Sobic.002G025900 expressed protein -
3 Sobic.010G045966 - -
4 Sobic.007G134700 formin, putative, expressed -
5 Sobic.003G254850 - -
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8 Sobic.008G056000 nifU, putative, expressed -
9 Sobic.005G150700 resistance protein, putative, expressed -
10 Sobic.006G094900 DUF567 domain containing protein, putative, expressed -
11 Sobic.003G210500 leucine rich repeat protein, putative, expressed -
12 Sobic.003G251000 S-locus-like receptor protein kinase, putative, expressed -
13 Sobic.001G325100 DUF623 domain containing protein, expressed -
14 Sobic.010G252301 - -
15 Sobic.004G039000 expressed protein -
16 Sobic.004G140900 - -
17 Sobic.008G060800 expressed protein -
18 Sobic.004G092950 - -
19 Sobic.008G053500 bile acid sodium symporter family protein, putative, expressed K03453: bile acid:Na+ symporter, BASS family
20 Sobic.002G325000 O-methyltransferase, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G219600 Sobic002G219600 Sobic006G117800 Sobic006G117800 Sobic002G219600--Sobic006G117800 Sobic002G025900 Sobic002G025900 Sobic002G219600--Sobic002G025900 Sobic010G045966 Sobic010G045966 Sobic002G219600--Sobic010G045966 Sobic007G134700 Sobic007G134700 Sobic002G219600--Sobic007G134700 Sobic003G254850 Sobic003G254850 Sobic002G219600--Sobic003G254850 Sobic001G440401 Sobic001G440401 Sobic002G219600--Sobic001G440401 Sobic007G179266 Sobic007G179266 Sobic002G219600--Sobic007G179266 Sobic008G056000 Sobic008G056000 Sobic002G219600--Sobic008G056000 Sobic005G150700 Sobic005G150700 Sobic002G219600--Sobic005G150700 Sobic001G074601 Sobic001G074601 Sobic006G117800--Sobic001G074601 Sobic006G117800--Sobic002G219600 Sobic003G251000 Sobic003G251000 Sobic006G117800--Sobic003G251000 Sobic006G145300 Sobic006G145300 Sobic006G117800--Sobic006G145300 Sobic001G145550 Sobic001G145550 Sobic006G117800--Sobic001G145550 Sobic003G210500 Sobic003G210500 Sobic006G117800--Sobic003G210500 Sobic010G174000 Sobic010G174000 Sobic006G117800--Sobic010G174000 Sobic002G163400 Sobic002G163400 Sobic006G117800--Sobic002G163400 Sobic006G117800--Sobic008G056000 Sobic002G025900--Sobic010G045966 Sobic010G252301 Sobic010G252301 Sobic002G025900--Sobic010G252301 Sobic002G025900--Sobic001G440401 Sobic002G025900--Sobic008G056000 Sobic006G064900 Sobic006G064900 Sobic002G025900--Sobic006G064900 Sobic004G092950 Sobic004G092950 Sobic002G025900--Sobic004G092950 Sobic003G288700 Sobic003G288700 Sobic002G025900--Sobic003G288700 Sobic003G365450 Sobic003G365450 Sobic002G025900--Sobic003G365450 Sobic001G325500 Sobic001G325500 Sobic002G025900--Sobic001G325500 Sobic010G045966--Sobic010G252301 Sobic010G045966--Sobic002G025900 Sobic010G045966--Sobic001G325500 Sobic008G053500 Sobic008G053500 Sobic010G045966--Sobic008G053500 Sobic005G183900 Sobic005G183900 Sobic010G045966--Sobic005G183900 Sobic005G110350 Sobic005G110350 Sobic010G045966--Sobic005G110350 Sobic001G325100 Sobic001G325100 Sobic010G045966--Sobic001G325100 Sobic002G325000 Sobic002G325000 Sobic010G045966--Sobic002G325000 Sobic010G045966--Sobic001G440401 Sobic006G037800 Sobic006G037800 Sobic007G134700--Sobic006G037800 Sobic010G149000 Sobic010G149000 Sobic007G134700--Sobic010G149000 Sobic007G134700--Sobic003G254850 Sobic007G134700--Sobic008G056000 Sobic010G052100 Sobic010G052100 Sobic007G134700--Sobic010G052100 Sobic007G134700--Sobic003G251000 Sobic001G202800 Sobic001G202800 Sobic007G134700--Sobic001G202800 Sobic009G011050 Sobic009G011050 Sobic007G134700--Sobic009G011050 Sobic006G239200 Sobic006G239200 Sobic007G134700--Sobic006G239200 Sobic003G254850--Sobic007G134700 Sobic003G254850--Sobic001G202800 Sobic003G254850--Sobic009G011050 Sobic003G254850--Sobic006G037800 Sobic010G225175 Sobic010G225175 Sobic003G254850--Sobic010G225175 Sobic003G254850--Sobic008G056000 Sobic004G039000 Sobic004G039000 Sobic003G254850--Sobic004G039000 Sobic003G254850--Sobic010G149000 Sobic009G188200 Sobic009G188200 Sobic003G254850--Sobic009G188200 Sobic001G440401--Sobic003G288700 Sobic001G440401--Sobic008G056000 Sobic008G167900 Sobic008G167900 Sobic001G440401--Sobic008G167900 Sobic002G168750 Sobic002G168750 Sobic001G440401--Sobic002G168750 Sobic001G440401--Sobic010G149000 Sobic001G440401--Sobic002G025900 Sobic001G440401--Sobic004G092950 Sobic001G440401--Sobic007G134700 Sobic004G023800 Sobic004G023800 Sobic001G440401--Sobic004G023800 Sobic009G213150 Sobic009G213150 Sobic007G179266--Sobic009G213150 Sobic006G094900 Sobic006G094900 Sobic007G179266--Sobic006G094900 Sobic004G127350 Sobic004G127350 Sobic007G179266--Sobic004G127350 Sobic007G179266--Sobic009G188200 Sobic002G094000 Sobic002G094000 Sobic007G179266--Sobic002G094000 Sobic008G129500 Sobic008G129500 Sobic007G179266--Sobic008G129500 Sobic009G094100 Sobic009G094100 Sobic007G179266--Sobic009G094100 Sobic009G097500 Sobic009G097500 Sobic007G179266--Sobic009G097500 Sobic002G094100 Sobic002G094100 Sobic007G179266--Sobic002G094100 Sobic008G056000--Sobic001G440401 Sobic008G056000--Sobic007G134700 Sobic008G056000--Sobic010G149000 Sobic008G056000--Sobic003G288700 Sobic008G056000--Sobic002G025900 Sobic008G056000--Sobic003G251000 Sobic008G056000--Sobic002G168750 Sobic006G065000 Sobic006G065000 Sobic008G056000--Sobic006G065000 Sobic008G056000--Sobic006G037800 Sobic002G219100 Sobic002G219100 Sobic005G150700--Sobic002G219100 Sobic009G037500 Sobic009G037500 Sobic005G150700--Sobic009G037500 Sobic010G025600 Sobic010G025600 Sobic005G150700--Sobic010G025600 Sobic005G150700--Sobic003G210500 Sobic001G279800 Sobic001G279800 Sobic005G150700--Sobic001G279800 Sobic003G012750 Sobic003G012750 Sobic005G150700--Sobic003G012750 Sobic007G175000 Sobic007G175000 Sobic005G150700--Sobic007G175000 Sobic005G150700--Sobic008G053500 Sobic003G068200 Sobic003G068200 Sobic005G150700--Sobic003G068200
Octagon: transcription factors


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