Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G153200.3,Sobic.003G153200.1,Sobic.003G153200.4
Synonym Sb03g013330
Functional annotation polygalacturonase, putative, expressed
UniProt A0A1W0VXE2 , A0A1B6Q3B3 , A0A1B6Q3C4
Pfam PF00295
Panther DB PTHR31375 PTHR31375:SF30
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005975; carbohydrate metabolic process GO:0004650polygalacturonase activity


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G48100 : Pectin lyase-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g22590.1 : retrotransposon protein, putative, unclassified, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a024257 , Zm00025a036031 , Zm00025a024414 , Zm00025a036149
Brachypodium KQK04059 , KQK04217
Barley HORVU6Hr1G015390.2 , HORVU6Hr1G015390.3 , HORVU6Hr1G015390.1 , HORVU6Hr1G015390.4 , HORVU1Hr1G067840.4 , HORVU1Hr1G067840.5 , HORVU1Hr1G067840.2 , HORVU1Hr1G067840.3 , HORVU1Hr1G067840.6 , HORVU1Hr1G067840.1
Wheat TraesCSU02G113500 , TraesCS6B02G118000 , TraesCS6A02G084500 , TraesCS1B02G322500 , TraesCS7B02G230600 , TraesCS1D02G311000
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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
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2 Sobic.007G217800 expressed protein -
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9 Sobic.006G189500 OsMADS17 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed K09264: MADS-box transcription factor, plant
10 Sobic.008G143300 - -
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15 Sobic.005G027100 GDSL-like lipase/acylhydrolase, putative, expressed -
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18 Sobic.006G163200 COBRA, putative, expressed -
19 Sobic.006G022900 cytochrome P450, putative, expressed -
20 Sobic.005G064300 eukaryotic aspartyl protease domain containing protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic003G153200 Sobic003G153200 Sobic001G009100 Sobic001G009100 Sobic003G153200--Sobic001G009100 Sobic007G217800 Sobic007G217800 Sobic003G153200--Sobic007G217800 Sobic001G209600 Sobic001G209600 Sobic003G153200--Sobic001G209600 Sobic005G038000 Sobic005G038000 Sobic003G153200--Sobic005G038000 Sobic004G195400 Sobic004G195400 Sobic003G153200--Sobic004G195400 Sobic003G285200 Sobic003G285200 Sobic003G153200--Sobic003G285200 Sobic004G314300 Sobic004G314300 Sobic003G153200--Sobic004G314300 Sobic008G135901 Sobic008G135901 Sobic003G153200--Sobic008G135901 Sobic006G189500 Sobic006G189500 Sobic003G153200--Sobic006G189500 Sobic001G009100--Sobic004G195400 Sobic004G014700 Sobic004G014700 Sobic001G009100--Sobic004G014700 Sobic008G048600 Sobic008G048600 Sobic001G009100--Sobic008G048600 Sobic001G009100--Sobic006G189500 Sobic003G411100 Sobic003G411100 Sobic001G009100--Sobic003G411100 Sobic006G131100 Sobic006G131100 Sobic001G009100--Sobic006G131100 Sobic002G076600 Sobic002G076600 Sobic001G009100--Sobic002G076600 Sobic001G324600 Sobic001G324600 Sobic001G009100--Sobic001G324600 Sobic008G123350 Sobic008G123350 Sobic001G009100--Sobic008G123350 Sobic001G152901 Sobic001G152901 Sobic007G217800--Sobic001G152901 Sobic001G287900 Sobic001G287900 Sobic007G217800--Sobic001G287900 Sobic007G217800--Sobic004G014700 Sobic007G217800--Sobic006G189500 Sobic007G217800--Sobic002G076600 Sobic007G217800--Sobic004G195400 Sobic008G138200 Sobic008G138200 Sobic007G217800--Sobic008G138200 Sobic006G163200 Sobic006G163200 Sobic007G217800--Sobic006G163200 Sobic003G063700 Sobic003G063700 Sobic007G217800--Sobic003G063700 Sobic001G209600--Sobic003G153200 Sobic004G321500 Sobic004G321500 Sobic001G209600--Sobic004G321500 Sobic003G031500 Sobic003G031500 Sobic001G209600--Sobic003G031500 Sobic003G443800 Sobic003G443800 Sobic001G209600--Sobic003G443800 Sobic010G121900 Sobic010G121900 Sobic001G209600--Sobic010G121900 Sobic004G029601 Sobic004G029601 Sobic001G209600--Sobic004G029601 Sobic008G161201 Sobic008G161201 Sobic001G209600--Sobic008G161201 Sobic006G253100 Sobic006G253100 Sobic001G209600--Sobic006G253100 Sobic005G189600 Sobic005G189600 Sobic001G209600--Sobic005G189600 Sobic008G122300 Sobic008G122300 Sobic005G038000--Sobic008G122300 Sobic001G341200 Sobic001G341200 Sobic005G038000--Sobic001G341200 Sobic001G209701 Sobic001G209701 Sobic005G038000--Sobic001G209701 Sobic004G195400--Sobic004G014700 Sobic004G195400--Sobic008G048600 Sobic004G195400--Sobic006G189500 Sobic004G195400--Sobic003G411100 Sobic004G195400--Sobic006G131100 Sobic004G195400--Sobic002G076600 Sobic004G195400--Sobic001G324600 Sobic006G006100 Sobic006G006100 Sobic004G195400--Sobic006G006100 Sobic006G144101 Sobic006G144101 Sobic004G195400--Sobic006G144101 Sobic006G020700 Sobic006G020700 Sobic003G285200--Sobic006G020700 Sobic010G191450 Sobic010G191450 Sobic003G285200--Sobic010G191450 Sobic006G022900 Sobic006G022900 Sobic003G285200--Sobic006G022900 Sobic008G181600 Sobic008G181600 Sobic003G285200--Sobic008G181600 Sobic004G221600 Sobic004G221600 Sobic003G285200--Sobic004G221600 Sobic009G019900 Sobic009G019900 Sobic003G285200--Sobic009G019900 Sobic001G345600 Sobic001G345600 Sobic003G285200--Sobic001G345600 Sobic006G194800 Sobic006G194800 Sobic003G285200--Sobic006G194800 Sobic001G312200 Sobic001G312200 Sobic003G285200--Sobic001G312200 Sobic004G314300--Sobic008G135901 Sobic005G027100 Sobic005G027100 Sobic004G314300--Sobic005G027100 Sobic002G352501 Sobic002G352501 Sobic004G314300--Sobic002G352501 Sobic006G194900 Sobic006G194900 Sobic004G314300--Sobic006G194900 Sobic002G345500 Sobic002G345500 Sobic004G314300--Sobic002G345500 Sobic004G314300--Sobic001G324600 Sobic003G404700 Sobic003G404700 Sobic004G314300--Sobic003G404700 Sobic005G200400 Sobic005G200400 Sobic004G314300--Sobic005G200400 Sobic004G314300--Sobic006G144101 Sobic008G135901--Sobic004G314300 Sobic008G135901--Sobic003G404700 Sobic010G039600 Sobic010G039600 Sobic008G135901--Sobic010G039600 Sobic008G135901--Sobic008G161201 Sobic008G135901--Sobic004G029601 Sobic005G064300 Sobic005G064300 Sobic008G135901--Sobic005G064300 Sobic008G188300 Sobic008G188300 Sobic008G135901--Sobic008G188300 Sobic008G135901--Sobic008G181600 Sobic001G345700 Sobic001G345700 Sobic008G135901--Sobic001G345700 Sobic006G189500--Sobic004G195400 Sobic006G189500--Sobic004G014700 Sobic006G189500--Sobic008G048600 Sobic006G189500--Sobic006G131100 Sobic006G189500--Sobic002G076600 Sobic006G189500--Sobic003G411100 Sobic006G189500--Sobic008G123350 Sobic006G189500--Sobic006G006100 Sobic005G064400 Sobic005G064400 Sobic006G189500--Sobic005G064400
Octagon: transcription factors


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