Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G202700.1
Synonym Sb03g026480
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence. (PubMedID : 27586543)
pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt C5XPI2
Pfam PF01535
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF819
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G02750 : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g40680.1 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a028537
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G491500 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@pentatricopeptide, putative, expressed -
2 Sobic.007G028766 - -
3 Sobic.008G167900 - -
4 Sobic.001G072100 OsFBX111 - F-box domain containing protein, expressed -
5 Sobic.003G032301 - -
6 Sobic.005G110350 - -
7 Sobic.008G104350 - -
8 Sobic.003G288700 expressed protein -
9 Sobic.006G233900 biotin--protein ligase, putative, expressed -
10 Sobic.007G183500 CC-NBS-LRR, putative, expressed -
11 Sobic.003G433600 pentatricopeptide, putative, expressed -
12 Sobic.010G244800 expressed protein -
13 Sobic.007G083700 - -
14 Sobic.003G383000 expressed protein -
15 Sobic.010G045966 - -
16 Sobic.002G292400 - -
17 Sobic.009G210800 expressed protein -
18 Sobic.009G184450 - -
19 Sobic.002G168750 - -
20 Sobic.001G226200 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic003G202700 Sobic003G202700 Sobic001G491500 Sobic001G491500 Sobic003G202700--Sobic001G491500 Sobic007G028766 Sobic007G028766 Sobic003G202700--Sobic007G028766 Sobic008G167900 Sobic008G167900 Sobic003G202700--Sobic008G167900 Sobic001G072100 Sobic001G072100 Sobic003G202700--Sobic001G072100 Sobic003G032301 Sobic003G032301 Sobic003G202700--Sobic003G032301 Sobic005G110350 Sobic005G110350 Sobic003G202700--Sobic005G110350 Sobic008G104350 Sobic008G104350 Sobic003G202700--Sobic008G104350 Sobic003G288700 Sobic003G288700 Sobic003G202700--Sobic003G288700 Sobic006G233900 Sobic006G233900 Sobic003G202700--Sobic006G233900 Sobic004G092950 Sobic004G092950 Sobic001G491500--Sobic004G092950 Sobic008G157400 Sobic008G157400 Sobic001G491500--Sobic008G157400 Sobic008G133750 Sobic008G133750 Sobic001G491500--Sobic008G133750 Sobic006G038050 Sobic006G038050 Sobic001G491500--Sobic006G038050 Sobic002G149500 Sobic002G149500 Sobic001G491500--Sobic002G149500 Sobic003G198850 Sobic003G198850 Sobic001G491500--Sobic003G198850 Sobic009G190100 Sobic009G190100 Sobic001G491500--Sobic009G190100 Sobic002G117800 Sobic002G117800 Sobic001G491500--Sobic002G117800 Sobic003G024450 Sobic003G024450 Sobic001G491500--Sobic003G024450 Sobic003G413550 Sobic003G413550 Sobic007G028766--Sobic003G413550 Sobic006G227050 Sobic006G227050 Sobic007G028766--Sobic006G227050 Sobic010G157600 Sobic010G157600 Sobic007G028766--Sobic010G157600 Sobic002G359500 Sobic002G359500 Sobic007G028766--Sobic002G359500 Sobic007G028766--Sobic003G198850 Sobic009G258000 Sobic009G258000 Sobic007G028766--Sobic009G258000 Sobic004G194950 Sobic004G194950 Sobic007G028766--Sobic004G194950 Sobic009G184450 Sobic009G184450 Sobic007G028766--Sobic009G184450 Sobic003G340500 Sobic003G340500 Sobic007G028766--Sobic003G340500 Sobic008G167900--Sobic003G288700 Sobic001G440401 Sobic001G440401 Sobic008G167900--Sobic001G440401 Sobic008G167900--Sobic009G184450 Sobic008G167900--Sobic001G072100 Sobic002G168750 Sobic002G168750 Sobic008G167900--Sobic002G168750 Sobic006G065000 Sobic006G065000 Sobic008G167900--Sobic006G065000 Sobic008G056000 Sobic008G056000 Sobic008G167900--Sobic008G056000 Sobic002G025900 Sobic002G025900 Sobic008G167900--Sobic002G025900 Sobic007G083700 Sobic007G083700 Sobic008G167900--Sobic007G083700 Sobic003G383000 Sobic003G383000 Sobic001G072100--Sobic003G383000 Sobic001G072100--Sobic003G288700 Sobic001G072100--Sobic008G167900 Sobic001G072100--Sobic006G233900 Sobic001G072100--Sobic002G168750 Sobic001G072100--Sobic001G440401 Sobic001G072100--Sobic007G083700 Sobic001G072100--Sobic003G198850 Sobic001G072100--Sobic002G149500 Sobic003G032301--Sobic001G491500 Sobic003G032301--Sobic002G149500 Sobic002G367000 Sobic002G367000 Sobic003G032301--Sobic002G367000 Sobic003G032301--Sobic003G198850 SobicK004201 SobicK004201 Sobic003G032301--SobicK004201 Sobic008G053800 Sobic008G053800 Sobic003G032301--Sobic008G053800 Sobic003G032301--Sobic006G038050 Sobic010G149000 Sobic010G149000 Sobic003G032301--Sobic010G149000 Sobic002G246100 Sobic002G246100 Sobic003G032301--Sobic002G246100 Sobic010G252301 Sobic010G252301 Sobic005G110350--Sobic010G252301 Sobic010G045966 Sobic010G045966 Sobic005G110350--Sobic010G045966 Sobic005G110350--Sobic002G025900 Sobic009G055700 Sobic009G055700 Sobic005G110350--Sobic009G055700 Sobic005G110350--Sobic008G167900 Sobic005G183900 Sobic005G183900 Sobic005G110350--Sobic005G183900 Sobic005G110350--Sobic001G440401 Sobic005G110350--Sobic003G288700 Sobic005G110350--Sobic004G092950 Sobic008G104350--Sobic010G045966 Sobic002G325000 Sobic002G325000 Sobic008G104350--Sobic002G325000 Sobic008G104350--Sobic003G202700 Sobic008G104350--Sobic010G252301 Sobic008G104350--Sobic005G110350 Sobic003G009501 Sobic003G009501 Sobic008G104350--Sobic003G009501 Sobic002G316400 Sobic002G316400 Sobic008G104350--Sobic002G316400 Sobic010G244800 Sobic010G244800 Sobic008G104350--Sobic010G244800 Sobic001G325500 Sobic001G325500 Sobic008G104350--Sobic001G325500 Sobic003G288700--Sobic001G440401 Sobic003G288700--Sobic008G167900 Sobic003G288700--Sobic009G184450 Sobic003G288700--Sobic008G056000 Sobic004G023800 Sobic004G023800 Sobic003G288700--Sobic004G023800 Sobic003G288700--Sobic001G072100 Sobic003G288700--Sobic002G168750 Sobic003G288700--Sobic006G065000 Sobic003G288700--Sobic002G025900 Sobic006G233900--Sobic002G168750 Sobic006G233900--Sobic007G083700 Sobic006G233900--Sobic001G072100 Sobic006G233900--Sobic003G383000 Sobic002G168700 Sobic002G168700 Sobic006G233900--Sobic002G168700 Sobic006G233900--Sobic001G440401 Sobic007G013700 Sobic007G013700 Sobic006G233900--Sobic007G013700 Sobic006G233900--Sobic008G167900 Sobic006G233900--Sobic003G288700
Octagon: transcription factors


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