Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G491500.1
Synonym Sb01g045970
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence. (PubMedID : 27586543)
pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt C5WWT4
Pfam PF01535 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF820
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G15300 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g07234.1 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a053350
Brachypodium -
Barley HORVU4Hr1G074830.1 , HORVU4Hr1G074830.2
Wheat TraesCS4D02G283300 , TraesCS4D02G283300 , TraesCS4D02G283300 , TraesCS4D02G283300
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G092950 - -
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20 Sobic.003G311300 GRF zinc finger family protein, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic001G491500 Sobic001G491500 Sobic004G092950 Sobic004G092950 Sobic001G491500--Sobic004G092950 Sobic008G157400 Sobic008G157400 Sobic001G491500--Sobic008G157400 Sobic008G133750 Sobic008G133750 Sobic001G491500--Sobic008G133750 Sobic006G038050 Sobic006G038050 Sobic001G491500--Sobic006G038050 Sobic002G149500 Sobic002G149500 Sobic001G491500--Sobic002G149500 Sobic003G198850 Sobic003G198850 Sobic001G491500--Sobic003G198850 Sobic009G190100 Sobic009G190100 Sobic001G491500--Sobic009G190100 Sobic002G117800 Sobic002G117800 Sobic001G491500--Sobic002G117800 Sobic003G024450 Sobic003G024450 Sobic001G491500--Sobic003G024450 Sobic004G092950--Sobic003G024450 Sobic001G440401 Sobic001G440401 Sobic004G092950--Sobic001G440401 Sobic004G092950--Sobic009G190100 Sobic004G092950--Sobic002G117800 Sobic002G025900 Sobic002G025900 Sobic004G092950--Sobic002G025900 Sobic003G348300 Sobic003G348300 Sobic004G092950--Sobic003G348300 Sobic004G023800 Sobic004G023800 Sobic004G092950--Sobic004G023800 Sobic009G055700 Sobic009G055700 Sobic004G092950--Sobic009G055700 Sobic003G288700 Sobic003G288700 Sobic004G092950--Sobic003G288700 Sobic008G157400--Sobic009G190100 Sobic007G203600 Sobic007G203600 Sobic008G157400--Sobic007G203600 Sobic003G008400 Sobic003G008400 Sobic008G157400--Sobic003G008400 Sobic003G254400 Sobic003G254400 Sobic008G157400--Sobic003G254400 Sobic001G404950 Sobic001G404950 Sobic008G157400--Sobic001G404950 Sobic003G318600 Sobic003G318600 Sobic008G157400--Sobic003G318600 Sobic005G080075 Sobic005G080075 Sobic008G157400--Sobic005G080075 Sobic003G360500 Sobic003G360500 Sobic008G157400--Sobic003G360500 Sobic001G100650 Sobic001G100650 Sobic008G157400--Sobic001G100650 Sobic008G133750--Sobic009G190100 Sobic001G461101 Sobic001G461101 Sobic008G133750--Sobic001G461101 SobicK004201 SobicK004201 Sobic008G133750--SobicK004201 Sobic008G133750--Sobic008G157400 Sobic008G133750--Sobic004G092950 Sobic008G133750--Sobic002G117800 Sobic008G133750--Sobic005G080075 Sobic008G133750--Sobic001G100650 Sobic010G064050 Sobic010G064050 Sobic008G133750--Sobic010G064050 Sobic003G311300 Sobic003G311300 Sobic006G038050--Sobic003G311300 Sobic010G149000 Sobic010G149000 Sobic006G038050--Sobic010G149000 Sobic006G037800 Sobic006G037800 Sobic006G038050--Sobic006G037800 Sobic001G208133 Sobic001G208133 Sobic006G038050--Sobic001G208133 Sobic006G038050--Sobic002G149500 Sobic006G239200 Sobic006G239200 Sobic006G038050--Sobic006G239200 Sobic009G011050 Sobic009G011050 Sobic006G038050--Sobic009G011050 Sobic007G134700 Sobic007G134700 Sobic006G038050--Sobic007G134700 Sobic003G383000 Sobic003G383000 Sobic006G038050--Sobic003G383000 Sobic002G149500--Sobic006G038050 Sobic002G149500--Sobic010G149000 Sobic002G149500--Sobic003G383000 Sobic002G149500--Sobic001G440401 Sobic002G168750 Sobic002G168750 Sobic002G149500--Sobic002G168750 Sobic002G149500--Sobic006G037800 Sobic007G083700 Sobic007G083700 Sobic002G149500--Sobic007G083700 Sobic002G149500--Sobic003G288700 Sobic002G149500--Sobic007G134700 Sobic003G198850--Sobic003G383000 Sobic003G198850--Sobic001G404950 Sobic008G053800 Sobic008G053800 Sobic003G198850--Sobic008G053800 Sobic004G115950 Sobic004G115950 Sobic003G198850--Sobic004G115950 Sobic001G072100 Sobic001G072100 Sobic003G198850--Sobic001G072100 Sobic003G198850--Sobic003G288700 Sobic003G198850--Sobic004G023800 Sobic003G198850--SobicK004201 Sobic003G198850--Sobic002G149500 Sobic009G190100--Sobic010G064050 Sobic009G190100--Sobic001G100650 Sobic002G082350 Sobic002G082350 Sobic009G190100--Sobic002G082350 Sobic009G190100--Sobic005G080075 Sobic009G190100--Sobic009G055700 Sobic009G190100--Sobic003G008400 Sobic009G190100--Sobic003G254400 Sobic009G073200 Sobic009G073200 Sobic009G190100--Sobic009G073200 Sobic009G190100--Sobic003G318600 Sobic001G202800 Sobic001G202800 Sobic002G117800--Sobic001G202800 Sobic002G117800--Sobic004G092950 Sobic002G290900 Sobic002G290900 Sobic002G117800--Sobic002G290900 Sobic010G023132 Sobic010G023132 Sobic002G117800--Sobic010G023132 Sobic002G117800--Sobic003G024450 Sobic002G117800--Sobic009G011050 Sobic004G039000 Sobic004G039000 Sobic002G117800--Sobic004G039000 Sobic008G060800 Sobic008G060800 Sobic002G117800--Sobic008G060800 Sobic002G117800--Sobic001G208133 Sobic004G143550 Sobic004G143550 Sobic003G024450--Sobic004G143550 Sobic003G024450--Sobic004G023800 Sobic003G024450--Sobic010G149000 Sobic003G024450--Sobic004G092950 Sobic003G388201 Sobic003G388201 Sobic003G024450--Sobic003G388201 Sobic003G024450--Sobic001G202800 Sobic003G024450--Sobic002G117800 Sobic003G365450 Sobic003G365450 Sobic003G024450--Sobic003G365450 Sobic003G024450--Sobic008G060800
Octagon: transcription factors


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