Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G348500.2,Sobic.003G348500.1
Synonym Sb03g039150
Functional annotation pectate lyase 4 precursor, putative, expressed
UniProt C5XP30 , A0A1W0W0D3
Pfam PF00544
Panther DB PTHR31683 PTHR31683:SF24
NCBI CDD -
KEGG Orthology K01728; pectate lyase
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G55140 : Pectin lyase-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g62000.1,LOC_Os01g36620.1 : pectate lyase family protein, expressed,pectate lyase 4 precursor, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a026949
Brachypodium KQK10478 , PNT73153
Barley HORVU3Hr1G087030.1 , HORVU3Hr1G087030.2 , HORVU2Hr1G013210.1 , HORVU2Hr1G013210.3 , HORVU2Hr1G013210.2 , HORVU2Hr1G013210.5 , HORVU2Hr1G013210.4 , HORVU2Hr1G013210.6
Wheat TraesCS3D02G348900 , TraesCS3B02G387900 , TraesCS2A02G091500 , TraesCS3A02G354900
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G177050 - -
2 Sobic.009G168500 GDSL-like lipase/acylhydrolase, putative, expressed -
3 Sobic.006G253700 "domain confirmed by Pfam database, expression not supported"(PubMedID : 20499123)@OsSAUR23 - Auxin-responsive SAUR gene family member, expressed K14488: SAUR family protein
4 Sobic.004G020500 expressed protein -
5 Sobic.010G101350 - -
6 Sobic.003G279000 aspartic proteinase nepenthesin precursor, putative, expressed -
7 Sobic.003G095750 - -
8 Sobic.003G252750 - -
9 Sobic.004G029200 - -
10 Sobic.002G069700 expressed protein -
11 Sobic.010G197632 - -
12 Sobic.001G494700 nodulin, putative, expressed -
13 Sobic.010G092550 - -
14 Sobic.009G032566 - -
15 Sobic.009G196500 expressed protein -
16 Sobic.005G009900 pectinesterase, putative, expressed -
17 Sobic.004G279900 tRNA-splicing endonuclease positive effector-related, putative, expressed K10706: SETX, senataxin
18 Sobic.001G321300 - -
19 Sobic.010G203800 cytochrome P450, putative, expressed -
20 Sobic.003G095301 - -


Gene co-expression network
sample Sobic003G348500 Sobic003G348500 Sobic004G177050 Sobic004G177050 Sobic003G348500--Sobic004G177050 Sobic009G168500 Sobic009G168500 Sobic003G348500--Sobic009G168500 Sobic006G253700 Sobic006G253700 Sobic003G348500--Sobic006G253700 Sobic004G020500 Sobic004G020500 Sobic003G348500--Sobic004G020500 Sobic010G101350 Sobic010G101350 Sobic003G348500--Sobic010G101350 Sobic003G279000 Sobic003G279000 Sobic003G348500--Sobic003G279000 Sobic003G095750 Sobic003G095750 Sobic003G348500--Sobic003G095750 Sobic003G252750 Sobic003G252750 Sobic003G348500--Sobic003G252750 Sobic004G029200 Sobic004G029200 Sobic003G348500--Sobic004G029200 Sobic002G069700 Sobic002G069700 Sobic004G177050--Sobic002G069700 Sobic009G196500 Sobic009G196500 Sobic004G177050--Sobic009G196500 Sobic004G177050--Sobic010G101350 Sobic001G321300 Sobic001G321300 Sobic004G177050--Sobic001G321300 Sobic001G218300 Sobic001G218300 Sobic004G177050--Sobic001G218300 Sobic010G197632 Sobic010G197632 Sobic004G177050--Sobic010G197632 Sobic009G110300 Sobic009G110300 Sobic004G177050--Sobic009G110300 Sobic003G358500 Sobic003G358500 Sobic004G177050--Sobic003G358500 Sobic002G034900 Sobic002G034900 Sobic004G177050--Sobic002G034900 Sobic009G168500--Sobic004G177050 Sobic002G400050 Sobic002G400050 Sobic009G168500--Sobic002G400050 Sobic009G168500--Sobic003G095750 Sobic010G092550 Sobic010G092550 Sobic009G168500--Sobic010G092550 Sobic009G168500--Sobic010G197632 Sobic009G168500--Sobic009G196500 Sobic001G383600 Sobic001G383600 Sobic009G168500--Sobic001G383600 Sobic001G110150 Sobic001G110150 Sobic009G168500--Sobic001G110150 Sobic009G168500--Sobic002G034900 Sobic003G043550 Sobic003G043550 Sobic006G253700--Sobic003G043550 Sobic002G248201 Sobic002G248201 Sobic006G253700--Sobic002G248201 Sobic007G122866 Sobic007G122866 Sobic006G253700--Sobic007G122866 Sobic003G085750 Sobic003G085750 Sobic006G253700--Sobic003G085750 Sobic001G052500 Sobic001G052500 Sobic006G253700--Sobic001G052500 Sobic006G253700--Sobic003G252750 Sobic007G085600 Sobic007G085600 Sobic006G253700--Sobic007G085600 Sobic010G072200 Sobic010G072200 Sobic006G253700--Sobic010G072200 Sobic001G105900 Sobic001G105900 Sobic006G253700--Sobic001G105900 Sobic004G020500--Sobic002G069700 Sobic004G020500--Sobic010G101350 Sobic004G020500--Sobic010G197632 Sobic003G095301 Sobic003G095301 Sobic004G020500--Sobic003G095301 Sobic004G020500--Sobic001G218300 Sobic004G020500--Sobic004G177050 Sobic005G094266 Sobic005G094266 Sobic004G020500--Sobic005G094266 Sobic004G020500--Sobic009G110300 Sobic004G020500--Sobic003G358500 Sobic010G101350--Sobic002G069700 Sobic010G101350--Sobic009G110300 Sobic010G101350--Sobic003G358500 Sobic010G101350--Sobic004G177050 Sobic010G101350--Sobic001G218300 Sobic007G023650 Sobic007G023650 Sobic010G101350--Sobic007G023650 Sobic010G101350--Sobic010G197632 Sobic001G154800 Sobic001G154800 Sobic010G101350--Sobic001G154800 Sobic010G101350--Sobic009G196500 Sobic003G279000--Sobic004G029200 Sobic001G129750 Sobic001G129750 Sobic003G279000--Sobic001G129750 Sobic003G020900 Sobic003G020900 Sobic003G279000--Sobic003G020900 Sobic003G262000 Sobic003G262000 Sobic003G279000--Sobic003G262000 Sobic001G302000 Sobic001G302000 Sobic003G279000--Sobic001G302000 Sobic002G430601 Sobic002G430601 Sobic003G279000--Sobic002G430601 Sobic008G130350 Sobic008G130350 Sobic003G279000--Sobic008G130350 Sobic005G009900 Sobic005G009900 Sobic003G279000--Sobic005G009900 Sobic006G080050 Sobic006G080050 Sobic003G279000--Sobic006G080050 Sobic003G095750--Sobic002G034900 Sobic003G095750--Sobic002G400050 Sobic003G075632 Sobic003G075632 Sobic003G095750--Sobic003G075632 Sobic003G095750--Sobic009G196500 Sobic009G037400 Sobic009G037400 Sobic003G095750--Sobic009G037400 Sobic003G095750--Sobic010G092550 Sobic007G104201 Sobic007G104201 Sobic003G095750--Sobic007G104201 Sobic003G095750--Sobic003G095301 Sobic003G095750--Sobic001G110150 Sobic003G252750--Sobic010G092550 Sobic002G363466 Sobic002G363466 Sobic003G252750--Sobic002G363466 Sobic002G417101 Sobic002G417101 Sobic003G252750--Sobic002G417101 Sobic003G252750--Sobic003G095750 Sobic001G020900 Sobic001G020900 Sobic003G252750--Sobic001G020900 Sobic003G252750--Sobic003G095301 Sobic005G068600 Sobic005G068600 Sobic003G252750--Sobic005G068600 Sobic004G121500 Sobic004G121500 Sobic003G252750--Sobic004G121500 Sobic003G252750--Sobic002G400050 Sobic004G029200--Sobic005G009900 Sobic004G029200--Sobic003G279000 Sobic004G029200--Sobic008G130350 Sobic004G029200--Sobic001G129750 Sobic004G029200--Sobic003G020900 Sobic001G494700 Sobic001G494700 Sobic004G029200--Sobic001G494700 Sobic004G029200--Sobic003G262000 Sobic004G029200--Sobic001G302000 Sobic010G081300 Sobic010G081300 Sobic004G029200--Sobic010G081300
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.