Gene annotation
Transcriptome id Sobic.005G138000.2,Sobic.005G138000.1
Synonym Sb05g020260
Functional annotation zinc knuckle domain containing protein, expressed
UniProt C5Y3Q7 , A0A1Z5RIL2
Pfam PF00098
Panther DB PTHR23002
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0003676nucleic acid binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G42860 : zinc knuckle (CCHC-type) family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os11g32720.1 : zinc knuckle domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a033577
Brachypodium -
Barley HORVU4Hr1G024600.2 , HORVU4Hr1G024600.1
Wheat TraesCS4A02G181200
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.005G138000


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
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13 Sobic.001G004600 expressed protein -
14 Sobic.005G147600 - -
15 Sobic.001G534200 - -
16 Sobic.009G224300 expressed protein -
17 Sobic.001G122600 expressed protein -
18 Sobic.001G122600 expressed protein -
19 Sobic.001G122600 expressed protein -
20 Sobic.001G122600 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic005G138000 Sobic005G138000 Sobic008G123200 Sobic008G123200 Sobic005G138000--Sobic008G123200 Sobic003G434300 Sobic003G434300 Sobic005G138000--Sobic003G434300 Sobic004G142400 Sobic004G142400 Sobic005G138000--Sobic004G142400 Sobic005G126701 Sobic005G126701 Sobic005G138000--Sobic005G126701 Sobic006G083900 Sobic006G083900 Sobic005G138000--Sobic006G083900 Sobic008G018100 Sobic008G018100 Sobic005G138000--Sobic008G018100 Sobic009G053300 Sobic009G053300 Sobic005G138000--Sobic009G053300 Sobic008G165266 Sobic008G165266 Sobic005G138000--Sobic008G165266 Sobic003G350400 Sobic003G350400 Sobic005G138000--Sobic003G350400 Sobic008G123200--Sobic005G138000 Sobic009G224300 Sobic009G224300 Sobic008G123200--Sobic009G224300 Sobic003G336500 Sobic003G336500 Sobic008G123200--Sobic003G336500 Sobic001G448000 Sobic001G448000 Sobic008G123200--Sobic001G448000 Sobic010G175000 Sobic010G175000 Sobic008G123200--Sobic010G175000 Sobic007G038700 Sobic007G038700 Sobic008G123200--Sobic007G038700 Sobic004G123200 Sobic004G123200 Sobic008G123200--Sobic004G123200 Sobic009G105400 Sobic009G105400 Sobic008G123200--Sobic009G105400 Sobic008G123200--Sobic008G165266 Sobic006G234433 Sobic006G234433 Sobic003G434300--Sobic006G234433 Sobic003G434300--Sobic006G083900 Sobic001G122600 Sobic001G122600 Sobic003G434300--Sobic001G122600 Sobic007G160400 Sobic007G160400 Sobic004G142400--Sobic007G160400 Sobic004G142400--Sobic006G083900 Sobic004G142400--Sobic005G126701 Sobic004G142400--Sobic003G434300 Sobic004G142400--Sobic008G018100 Sobic010G110100 Sobic010G110100 Sobic004G142400--Sobic010G110100 Sobic004G142400--Sobic006G234433 Sobic007G008500 Sobic007G008500 Sobic004G142400--Sobic007G008500 Sobic004G091600 Sobic004G091600 Sobic004G142400--Sobic004G091600 Sobic001G254800 Sobic001G254800 Sobic005G126701--Sobic001G254800 Sobic005G126701--Sobic006G083900 Sobic007G025600 Sobic007G025600 Sobic005G126701--Sobic007G025600 Sobic001G534200 Sobic001G534200 Sobic005G126701--Sobic001G534200 Sobic005G126701--Sobic006G234433 Sobic009G103800 Sobic009G103800 Sobic005G126701--Sobic009G103800 Sobic001G166900 Sobic001G166900 Sobic005G126701--Sobic001G166900 Sobic004G349550 Sobic004G349550 Sobic005G126701--Sobic004G349550 Sobic006G167700 Sobic006G167700 Sobic005G126701--Sobic006G167700 Sobic006G083900--Sobic006G234433 Sobic008G149300 Sobic008G149300 Sobic006G083900--Sobic008G149300 Sobic006G083900--Sobic004G349550 Sobic010G053400 Sobic010G053400 Sobic006G083900--Sobic010G053400 Sobic006G083900--Sobic001G122600 Sobic008G018100--Sobic006G083900 Sobic008G018100--Sobic006G234433 Sobic008G018100--Sobic008G149300 Sobic008G018100--Sobic007G025600 Sobic008G018100--Sobic004G349550 Sobic008G018100--Sobic005G126701 Sobic008G018100--Sobic001G122600 Sobic004G137400 Sobic004G137400 Sobic009G053300--Sobic004G137400 Sobic009G053300--Sobic006G083900 Sobic001G004600 Sobic001G004600 Sobic009G053300--Sobic001G004600 Sobic009G053300--Sobic003G434300 Sobic009G053300--Sobic006G234433 Sobic009G053300--Sobic001G254800 Sobic005G147600 Sobic005G147600 Sobic009G053300--Sobic005G147600 Sobic009G053300--Sobic001G122600 Sobic008G165266--Sobic005G138000 Sobic008G165300 Sobic008G165300 Sobic008G165266--Sobic008G165300 Sobic008G165266--Sobic003G434300 Sobic001G125300 Sobic001G125300 Sobic008G165266--Sobic001G125300 Sobic008G165266--Sobic006G083900 Sobic002G127900 Sobic002G127900 Sobic008G165266--Sobic002G127900 Sobic008G165266--Sobic001G534200 Sobic001G125400 Sobic001G125400 Sobic008G165266--Sobic001G125400 Sobic010G179300 Sobic010G179300 Sobic008G165266--Sobic010G179300 Sobic002G256900 Sobic002G256900 Sobic003G350400--Sobic002G256900 Sobic006G016700 Sobic006G016700 Sobic003G350400--Sobic006G016700 Sobic007G097100 Sobic007G097100 Sobic003G350400--Sobic007G097100 Sobic004G311600 Sobic004G311600 Sobic003G350400--Sobic004G311600 Sobic006G041700 Sobic006G041700 Sobic003G350400--Sobic006G041700 Sobic004G330200 Sobic004G330200 Sobic003G350400--Sobic004G330200 Sobic002G175200 Sobic002G175200 Sobic003G350400--Sobic002G175200 Sobic001G246600 Sobic001G246600 Sobic003G350400--Sobic001G246600 Sobic003G350400--Sobic004G142400
Octagon: transcription factors


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