Gene annotation
Transcriptome id Sobic.005G179700.1
Synonym Sb05g023886
Functional annotation OsMADS89 - MADS-box family gene with M-gamma type-box, expressed
UniProt C5Y5W7
Pfam PF00319
Panther DB PTHR11945 PTHR11945:SF161
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0003677; DNA binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G05860 : MADS-box transcription factor family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g18440.1 : OsMADS89 - MADS-box family gene with M-gamma type-box, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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cDNA sequences
Sobic.005G179700


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
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20 Sobic.002G058100 thioredoxin, putative, expressed K03671: thioredoxin 1


Gene co-expression network
sample Sobic005G179700 Sobic005G179700 Sobic002G352501 Sobic002G352501 Sobic005G179700--Sobic002G352501 Sobic005G064400 Sobic005G064400 Sobic005G179700--Sobic005G064400 Sobic005G200400 Sobic005G200400 Sobic005G179700--Sobic005G200400 Sobic006G007001 Sobic006G007001 Sobic005G179700--Sobic006G007001 Sobic002G352401 Sobic002G352401 Sobic005G179700--Sobic002G352401 Sobic006G144101 Sobic006G144101 Sobic005G179700--Sobic006G144101 Sobic010G129300 Sobic010G129300 Sobic005G179700--Sobic010G129300 Sobic005G081800 Sobic005G081800 Sobic005G179700--Sobic005G081800 Sobic006G006100 Sobic006G006100 Sobic005G179700--Sobic006G006100 Sobic002G352501--Sobic005G179700 Sobic002G352501--Sobic005G200400 Sobic005G027100 Sobic005G027100 Sobic002G352501--Sobic005G027100 Sobic002G352501--Sobic005G064400 Sobic006G194900 Sobic006G194900 Sobic002G352501--Sobic006G194900 Sobic002G352501--Sobic006G144101 Sobic002G345500 Sobic002G345500 Sobic002G352501--Sobic002G345500 Sobic002G352501--Sobic002G352401 Sobic004G090400 Sobic004G090400 Sobic002G352501--Sobic004G090400 Sobic005G064400--Sobic006G007001 Sobic005G064400--Sobic010G129300 Sobic005G064400--Sobic006G006100 Sobic005G064400--Sobic005G081800 Sobic005G064400--Sobic002G352401 Sobic004G029500 Sobic004G029500 Sobic005G064400--Sobic004G029500 Sobic002G095000 Sobic002G095000 Sobic005G064400--Sobic002G095000 Sobic004G316400 Sobic004G316400 Sobic005G064400--Sobic004G316400 Sobic002G058100 Sobic002G058100 Sobic005G064400--Sobic002G058100 Sobic002G162100 Sobic002G162100 Sobic005G200400--Sobic002G162100 Sobic005G200400--Sobic006G144101 Sobic005G200400--Sobic005G179700 Sobic005G200400--Sobic002G345500 Sobic005G200400--Sobic004G090400 Sobic005G200400--Sobic002G352501 Sobic005G153300 Sobic005G153300 Sobic005G200400--Sobic005G153300 Sobic008G071200 Sobic008G071200 Sobic005G200400--Sobic008G071200 Sobic002G162200 Sobic002G162200 Sobic005G200400--Sobic002G162200 Sobic006G007001--Sobic010G129300 Sobic006G007001--Sobic005G064400 Sobic006G007001--Sobic005G081800 Sobic006G007001--Sobic004G029500 Sobic006G007001--Sobic002G095000 Sobic006G007001--Sobic006G006100 Sobic006G007001--Sobic002G058100 Sobic010G191400 Sobic010G191400 Sobic006G007001--Sobic010G191400 Sobic006G006000 Sobic006G006000 Sobic006G007001--Sobic006G006000 Sobic002G352401--Sobic005G064400 Sobic002G352401--Sobic006G007001 Sobic002G352401--Sobic010G129300 Sobic002G352401--Sobic005G081800 Sobic002G352401--Sobic006G006100 Sobic002G352401--Sobic002G095000 Sobic002G352401--Sobic004G029500 Sobic002G352401--Sobic004G316400 Sobic002G352401--Sobic002G058100 Sobic006G144101--Sobic002G345500 Sobic006G144101--Sobic005G200400 Sobic006G144101--Sobic002G162100 Sobic006G144101--Sobic004G090400 Sobic003G411100 Sobic003G411100 Sobic006G144101--Sobic003G411100 Sobic006G144101--Sobic005G153300 Sobic006G144101--Sobic002G352501 Sobic006G144101--Sobic005G179700 Sobic006G144101--Sobic008G071200 Sobic010G129300--Sobic005G081800 Sobic010G129300--Sobic006G007001 Sobic010G129300--Sobic004G029500 Sobic010G129300--Sobic002G095000 Sobic010G129300--Sobic002G058100 Sobic010G129300--Sobic010G191400 Sobic010G129300--Sobic006G006100 Sobic010G129300--Sobic005G064400 Sobic010G129300--Sobic006G006000 Sobic005G081800--Sobic002G095000 Sobic005G081800--Sobic010G129300 Sobic005G081800--Sobic004G029500 Sobic005G081800--Sobic006G007001 Sobic005G081800--Sobic002G058100 Sobic005G027200 Sobic005G027200 Sobic005G081800--Sobic005G027200 Sobic005G081800--Sobic010G191400 Sobic005G081800--Sobic006G006100 Sobic005G081800--Sobic006G006000 Sobic006G006100--Sobic006G006000 Sobic006G006100--Sobic005G081800 Sobic006G006100--Sobic010G129300 Sobic006G006100--Sobic006G007001 Sobic006G006100--Sobic002G095000 Sobic006G006100--Sobic004G029500 Sobic006G006100--Sobic005G064400 Sobic006G006100--Sobic002G058100 Sobic006G006100--Sobic010G191400
Octagon: transcription factors


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