Gene annotation
Transcriptome id Sobic.006G027200.1
Synonym Sb06g002790
Functional annotation zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed
UniProt C5YCT6
Pfam PF13639
Panther DB PTHR22937 PTHR22937:SF55
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0008270; zinc ion binding GO:0005515protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G15530 : RING/U-box superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g10680.5 : zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a012479 , Zm00025a055618
Brachypodium PNT60509 , KQJ81481 , KQJ81480 , KQJ81483 , KQJ81482
Barley HORVU2Hr1G003340.7 , HORVU2Hr1G003340.4 , HORVU2Hr1G003340.5 , HORVU2Hr1G003340.3 , HORVU2Hr1G003340.1 , HORVU2Hr1G003340.8 , HORVU2Hr1G003340.9 , HORVU2Hr1G003340.10
Wheat TraesCS2A02G022100 , TraesCS2B02G030700 , TraesCS2D02G022900 , TraesCS2D02G022900 , TraesCS2B02G030700
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.006G027200


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.005G156450 - -
2 Sobic.009G087480 - -
3 Sobic.008G024900 expressed protein -
4 Sobic.006G093550 - -
5 Sobic.003G172450 - -
6 Sobic.009G199800 cyclic phosphodiesterase, putative, expressed -
7 Sobic.010G133225 - -
8 Sobic.004G268600 nodulin, putative, expressed -
9 Sobic.010G107901 - K13104: ZNF830, zinc finger protein 830
10 Sobic.006G139200 zinc knuckle family protein, expressed -
11 Sobic.002G397700 - -
12 Sobic.005G228600 spo0B-associated GTP-binding protein, putative, expressed -
13 Sobic.007G123700 zinc finger, C3HC4 type domain containing protein, expressed -
14 Sobic.004G234766 - -
15 Sobic.002G322101 - -
16 Sobic.002G276500 HVA22, putative, expressed K17338: receptor expression-enhancing protein 1/2/3/4
17 Sobic.002G040550 - -
18 Sobic.003G421600 - -
19 Sobic.009G112000 OsFBO5 - F-box and other domain containing protein, expressed -
20 Sobic.001G332933 - -


Gene co-expression network
sample Sobic006G027200 Sobic006G027200 Sobic005G156450 Sobic005G156450 Sobic006G027200--Sobic005G156450 Sobic009G087480 Sobic009G087480 Sobic006G027200--Sobic009G087480 Sobic008G024900 Sobic008G024900 Sobic006G027200--Sobic008G024900 Sobic006G093550 Sobic006G093550 Sobic006G027200--Sobic006G093550 Sobic003G172450 Sobic003G172450 Sobic006G027200--Sobic003G172450 Sobic009G199800 Sobic009G199800 Sobic006G027200--Sobic009G199800 Sobic010G133225 Sobic010G133225 Sobic006G027200--Sobic010G133225 Sobic004G268600 Sobic004G268600 Sobic006G027200--Sobic004G268600 Sobic010G107901 Sobic010G107901 Sobic006G027200--Sobic010G107901 Sobic001G332933 Sobic001G332933 Sobic005G156450--Sobic001G332933 Sobic003G204750 Sobic003G204750 Sobic005G156450--Sobic003G204750 Sobic005G156450--Sobic009G087480 Sobic002G276500 Sobic002G276500 Sobic005G156450--Sobic002G276500 Sobic001G488300 Sobic001G488300 Sobic005G156450--Sobic001G488300 Sobic001G027900 Sobic001G027900 Sobic005G156450--Sobic001G027900 Sobic005G156450--Sobic008G024900 Sobic010G103400 Sobic010G103400 Sobic005G156450--Sobic010G103400 Sobic005G156450--Sobic006G027200 Sobic006G139200 Sobic006G139200 Sobic009G087480--Sobic006G139200 Sobic002G040550 Sobic002G040550 Sobic009G087480--Sobic002G040550 Sobic002G180732 Sobic002G180732 Sobic009G087480--Sobic002G180732 Sobic002G390200 Sobic002G390200 Sobic009G087480--Sobic002G390200 Sobic005G187800 Sobic005G187800 Sobic009G087480--Sobic005G187800 Sobic009G087480--Sobic003G172450 Sobic005G199151 Sobic005G199151 Sobic009G087480--Sobic005G199151 Sobic001G259850 Sobic001G259850 Sobic009G087480--Sobic001G259850 Sobic004G351000 Sobic004G351000 Sobic009G087480--Sobic004G351000 Sobic008G024900--Sobic006G093550 Sobic004G234766 Sobic004G234766 Sobic008G024900--Sobic004G234766 Sobic008G024900--Sobic010G107901 Sobic002G397700 Sobic002G397700 Sobic008G024900--Sobic002G397700 Sobic008G024900--Sobic003G172450 Sobic001G054050 Sobic001G054050 Sobic008G024900--Sobic001G054050 Sobic002G322101 Sobic002G322101 Sobic008G024900--Sobic002G322101 Sobic001G249900 Sobic001G249900 Sobic008G024900--Sobic001G249900 Sobic005G167100 Sobic005G167100 Sobic008G024900--Sobic005G167100 Sobic006G093550--Sobic002G322101 Sobic006G093550--Sobic004G234766 Sobic006G093550--Sobic002G397700 Sobic006G093550--Sobic010G107901 Sobic006G093550--Sobic001G249900 Sobic007G149750 Sobic007G149750 Sobic006G093550--Sobic007G149750 Sobic006G147350 Sobic006G147350 Sobic006G093550--Sobic006G147350 Sobic006G093550--Sobic010G133225 Sobic010G173600 Sobic010G173600 Sobic006G093550--Sobic010G173600 Sobic003G172450--Sobic010G107901 Sobic003G172450--Sobic006G139200 Sobic003G172450--Sobic002G397700 Sobic003G172450--Sobic002G040550 Sobic003G172450--Sobic004G234766 Sobic003G172450--Sobic002G390200 Sobic003G172450--Sobic006G093550 Sobic003G172450--Sobic008G024900 Sobic010G225400 Sobic010G225400 Sobic003G172450--Sobic010G225400 Sobic008G044450 Sobic008G044450 Sobic009G199800--Sobic008G044450 Sobic009G199800--Sobic003G172450 Sobic009G199800--Sobic006G139200 Sobic009G199800--Sobic002G040550 Sobic009G199800--Sobic010G107901 Sobic009G199800--Sobic002G397700 Sobic009G199800--Sobic004G234766 Sobic007G123700 Sobic007G123700 Sobic009G199800--Sobic007G123700 Sobic009G199800--Sobic008G024900 Sobic010G133225--Sobic004G234766 Sobic010G133225--Sobic006G093550 Sobic010G133225--Sobic010G107901 Sobic010G133225--Sobic002G397700 Sobic010G133225--Sobic002G322101 Sobic010G133225--Sobic001G249900 Sobic003G255850 Sobic003G255850 Sobic010G133225--Sobic003G255850 Sobic010G133225--Sobic006G147350 Sobic010G133225--Sobic003G172450 Sobic003G337200 Sobic003G337200 Sobic004G268600--Sobic003G337200 Sobic001G128000 Sobic001G128000 Sobic004G268600--Sobic001G128000 Sobic004G268600--Sobic002G180732 Sobic004G268600--Sobic004G234766 Sobic003G160433 Sobic003G160433 Sobic004G268600--Sobic003G160433 Sobic005G163932 Sobic005G163932 Sobic004G268600--Sobic005G163932 Sobic004G268600--Sobic010G107901 Sobic004G268600--Sobic008G024900 Sobic003G119750 Sobic003G119750 Sobic004G268600--Sobic003G119750 Sobic010G107901--Sobic002G397700 Sobic010G107901--Sobic004G234766 Sobic010G107901--Sobic003G172450 Sobic010G107901--Sobic006G093550 Sobic010G107901--Sobic002G322101 Sobic010G107901--Sobic010G133225 Sobic010G107901--Sobic008G024900 Sobic010G107901--Sobic003G337200 Sobic010G107901--Sobic001G249900
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.