Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G172450.1
Synonym -
Functional annotation -
UniProt A0A1W0VXQ1 , A0A125QUH7
Pfam -
Panther DB PTHR33078 PTHR33078:SF4
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR ATCG00860 : Chloroplast Ycf2;ATPase, AAA type, core
RAP-DB (Rice) -
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium PNT63673 , KQK18205 , KQK17093 , KQJ95660 , PNT67433 , KQJ82787 , KQJ95765
Barley HORVU5Hr1G032260.1
Wheat TraesCS6D02G158900
Populus PNT08331 , PNT08280 , PNT08281 , PNT08282 , PNT27280


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.010G107901 - K13104: ZNF830, zinc finger protein 830
2 Sobic.006G139200 zinc knuckle family protein, expressed -
3 Sobic.002G397700 - -
4 Sobic.002G040550 - -
5 Sobic.004G234766 - -
6 Sobic.002G390200 pentatricopeptide, putative, expressed -
7 Sobic.006G093550 - -
8 Sobic.008G024900 expressed protein -
9 Sobic.010G225400 expressed protein -
10 Sobic.002G180732 - -
11 Sobic.010G133225 - -
12 Sobic.003G337200 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@pentatricopeptide repeat-containing protein, putative, expressed -
13 Sobic.002G322101 - -
14 Sobic.003G160300 - -
15 Sobic.008G140050 - -
16 Sobic.001G249900 - -
17 Sobic.003G160400 zinc knuckle family protein, expressed -
18 Sobic.006G130100 nucleotide-sugar transporter family protein, putative, expressed -
19 Sobic.007G149750 - -
20 Sobic.001G054050 - -


Gene co-expression network
sample Sobic003G172450 Sobic003G172450 Sobic010G107901 Sobic010G107901 Sobic003G172450--Sobic010G107901 Sobic006G139200 Sobic006G139200 Sobic003G172450--Sobic006G139200 Sobic002G397700 Sobic002G397700 Sobic003G172450--Sobic002G397700 Sobic002G040550 Sobic002G040550 Sobic003G172450--Sobic002G040550 Sobic004G234766 Sobic004G234766 Sobic003G172450--Sobic004G234766 Sobic002G390200 Sobic002G390200 Sobic003G172450--Sobic002G390200 Sobic006G093550 Sobic006G093550 Sobic003G172450--Sobic006G093550 Sobic008G024900 Sobic008G024900 Sobic003G172450--Sobic008G024900 Sobic010G225400 Sobic010G225400 Sobic003G172450--Sobic010G225400 Sobic010G107901--Sobic002G397700 Sobic010G107901--Sobic004G234766 Sobic010G107901--Sobic003G172450 Sobic010G107901--Sobic006G093550 Sobic002G322101 Sobic002G322101 Sobic010G107901--Sobic002G322101 Sobic010G133225 Sobic010G133225 Sobic010G107901--Sobic010G133225 Sobic010G107901--Sobic008G024900 Sobic003G337200 Sobic003G337200 Sobic010G107901--Sobic003G337200 Sobic001G249900 Sobic001G249900 Sobic010G107901--Sobic001G249900 Sobic006G139200--Sobic002G040550 Sobic006G139200--Sobic003G172450 Sobic006G139200--Sobic002G390200 Sobic002G180732 Sobic002G180732 Sobic006G139200--Sobic002G180732 Sobic009G087480 Sobic009G087480 Sobic006G139200--Sobic009G087480 Sobic006G139200--Sobic010G107901 Sobic006G139200--Sobic002G397700 Sobic003G160300 Sobic003G160300 Sobic006G139200--Sobic003G160300 Sobic006G139200--Sobic004G234766 Sobic002G397700--Sobic010G107901 Sobic002G397700--Sobic004G234766 Sobic002G397700--Sobic006G093550 Sobic002G397700--Sobic003G172450 Sobic002G397700--Sobic002G322101 Sobic002G397700--Sobic010G133225 Sobic007G149750 Sobic007G149750 Sobic002G397700--Sobic007G149750 Sobic002G397700--Sobic001G249900 Sobic002G397700--Sobic003G337200 Sobic002G040550--Sobic006G139200 Sobic002G040550--Sobic003G172450 Sobic002G040550--Sobic002G390200 Sobic002G040550--Sobic002G180732 Sobic002G040550--Sobic009G087480 Sobic002G040550--Sobic010G107901 Sobic002G040550--Sobic002G397700 Sobic002G040550--Sobic003G160300 Sobic002G040550--Sobic004G234766 Sobic004G234766--Sobic010G107901 Sobic004G234766--Sobic002G397700 Sobic004G234766--Sobic006G093550 Sobic004G234766--Sobic002G322101 Sobic004G234766--Sobic003G172450 Sobic004G234766--Sobic007G149750 Sobic004G234766--Sobic001G249900 Sobic004G234766--Sobic010G133225 Sobic004G234766--Sobic003G337200 Sobic002G390200--Sobic003G160300 Sobic003G160433 Sobic003G160433 Sobic002G390200--Sobic003G160433 Sobic002G390200--Sobic002G180732 Sobic007G085900 Sobic007G085900 Sobic002G390200--Sobic007G085900 Sobic003G160400 Sobic003G160400 Sobic002G390200--Sobic003G160400 Sobic002G390200--Sobic006G139200 Sobic008G140050 Sobic008G140050 Sobic002G390200--Sobic008G140050 Sobic002G390200--Sobic002G040550 Sobic002G390200--Sobic003G172450 Sobic006G093550--Sobic002G322101 Sobic006G093550--Sobic004G234766 Sobic006G093550--Sobic002G397700 Sobic006G093550--Sobic010G107901 Sobic006G093550--Sobic001G249900 Sobic006G093550--Sobic007G149750 Sobic006G147350 Sobic006G147350 Sobic006G093550--Sobic006G147350 Sobic006G093550--Sobic010G133225 Sobic010G173600 Sobic010G173600 Sobic006G093550--Sobic010G173600 Sobic008G024900--Sobic006G093550 Sobic008G024900--Sobic004G234766 Sobic008G024900--Sobic010G107901 Sobic008G024900--Sobic002G397700 Sobic008G024900--Sobic003G172450 Sobic001G054050 Sobic001G054050 Sobic008G024900--Sobic001G054050 Sobic008G024900--Sobic002G322101 Sobic008G024900--Sobic001G249900 Sobic005G167100 Sobic005G167100 Sobic008G024900--Sobic005G167100 Sobic010G201266 Sobic010G201266 Sobic010G225400--Sobic010G201266 Sobic007G141650 Sobic007G141650 Sobic010G225400--Sobic007G141650 Sobic010G225400--Sobic005G167100 Sobic002G278100 Sobic002G278100 Sobic010G225400--Sobic002G278100 Sobic005G096500 Sobic005G096500 Sobic010G225400--Sobic005G096500 Sobic010G107601 Sobic010G107601 Sobic010G225400--Sobic010G107601 Sobic010G225400--Sobic008G140050 Sobic003G172400 Sobic003G172400 Sobic010G225400--Sobic003G172400 Sobic009G104850 Sobic009G104850 Sobic010G225400--Sobic009G104850
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