Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G390200.3,Sobic.002G390200.2,Sobic.002G390200.4
Synonym LPA66
Functional annotation pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt A0A1W0W7G3
Pfam PF13812 PF14432 PF13041 PF01535
Panther DB PTHR24015
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G48910 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os07g44299.1 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a015282 , Zm00025a016580 , Zm00025a056095
Brachypodium KQK15018
Barley HORVU2Hr1G027150.1
Wheat -
Populus PNT34482


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G160300 - -
2 Sobic.003G160433 - -
3 Sobic.002G180732 - -
4 Sobic.007G085900 - -
5 Sobic.003G160400 zinc knuckle family protein, expressed -
6 Sobic.006G139200 zinc knuckle family protein, expressed -
7 Sobic.008G140050 - -
8 Sobic.002G040550 - -
9 Sobic.003G172450 - -
10 Sobic.005G216900 DUF538 domain containing protein, putative, expressed -
11 Sobic.001G128000 expressed protein -
12 Sobic.001G054050 - -
13 Sobic.010G225400 expressed protein -
14 Sobic.009G192200 outer membrane protein, OMP85 family, putative, expressed -
15 Sobic.004G282933 - -
16 Sobic.010G107901 - K13104: ZNF830, zinc finger protein 830
17 Sobic.006G130100 nucleotide-sugar transporter family protein, putative, expressed -
18 Sobic.003G050100 polygalacturonase, putative, expressed -
19 Sobic.004G234766 - -
20 Sobic.008G024900 expressed protein -


Gene co-expression network
sample Sobic002G390200 Sobic002G390200 Sobic003G160300 Sobic003G160300 Sobic002G390200--Sobic003G160300 Sobic003G160433 Sobic003G160433 Sobic002G390200--Sobic003G160433 Sobic002G180732 Sobic002G180732 Sobic002G390200--Sobic002G180732 Sobic007G085900 Sobic007G085900 Sobic002G390200--Sobic007G085900 Sobic003G160400 Sobic003G160400 Sobic002G390200--Sobic003G160400 Sobic006G139200 Sobic006G139200 Sobic002G390200--Sobic006G139200 Sobic008G140050 Sobic008G140050 Sobic002G390200--Sobic008G140050 Sobic002G040550 Sobic002G040550 Sobic002G390200--Sobic002G040550 Sobic003G172450 Sobic003G172450 Sobic002G390200--Sobic003G172450 Sobic003G160300--Sobic003G160433 Sobic003G160300--Sobic002G390200 Sobic003G160300--Sobic007G085900 Sobic003G160300--Sobic003G160400 Sobic003G160300--Sobic008G140050 Sobic005G216900 Sobic005G216900 Sobic003G160300--Sobic005G216900 Sobic001G128000 Sobic001G128000 Sobic003G160300--Sobic001G128000 Sobic003G160300--Sobic002G180732 Sobic001G054050 Sobic001G054050 Sobic003G160300--Sobic001G054050 Sobic003G160433--Sobic003G160300 Sobic003G160433--Sobic002G390200 Sobic003G160433--Sobic007G085900 Sobic003G160433--Sobic001G128000 Sobic003G160433--Sobic005G216900 Sobic003G160433--Sobic002G180732 Sobic003G160433--Sobic003G160400 Sobic003G160433--Sobic001G054050 Sobic003G160433--Sobic008G140050 Sobic002G180732--Sobic002G390200 Sobic002G180732--Sobic003G160433 Sobic002G180732--Sobic003G160300 Sobic002G180732--Sobic006G139200 Sobic002G180732--Sobic002G040550 Sobic002G180732--Sobic003G172450 Sobic002G180732--Sobic001G128000 Sobic002G180732--Sobic007G085900 Sobic005G199151 Sobic005G199151 Sobic002G180732--Sobic005G199151 Sobic007G085900--Sobic003G160300 Sobic007G085900--Sobic003G160433 Sobic009G192200 Sobic009G192200 Sobic007G085900--Sobic009G192200 Sobic007G085900--Sobic003G160400 Sobic007G085900--Sobic008G140050 Sobic006G057100 Sobic006G057100 Sobic007G085900--Sobic006G057100 Sobic007G085900--Sobic001G128000 Sobic007G085900--Sobic002G390200 Sobic007G085900--Sobic001G054050 Sobic003G160400--Sobic007G085900 Sobic003G160400--Sobic005G216900 Sobic003G160400--Sobic003G160300 Sobic003G160400--Sobic003G160433 Sobic003G160400--Sobic001G128000 Sobic003G160400--Sobic001G054050 Sobic003G160400--Sobic002G390200 Sobic003G160400--Sobic008G140050 Sobic003G160400--Sobic006G057100 Sobic006G139200--Sobic002G040550 Sobic006G139200--Sobic003G172450 Sobic006G139200--Sobic002G390200 Sobic006G139200--Sobic002G180732 Sobic009G087480 Sobic009G087480 Sobic006G139200--Sobic009G087480 Sobic010G107901 Sobic010G107901 Sobic006G139200--Sobic010G107901 Sobic002G397700 Sobic002G397700 Sobic006G139200--Sobic002G397700 Sobic006G139200--Sobic003G160300 Sobic004G234766 Sobic004G234766 Sobic006G139200--Sobic004G234766 Sobic008G140050--Sobic007G085900 Sobic008G140050--Sobic003G160300 Sobic008G140050--Sobic003G160400 Sobic005G167100 Sobic005G167100 Sobic008G140050--Sobic005G167100 Sobic003G352000 Sobic003G352000 Sobic008G140050--Sobic003G352000 Sobic010G225400 Sobic010G225400 Sobic008G140050--Sobic010G225400 Sobic008G140050--Sobic002G390200 SobicK029400 SobicK029400 Sobic008G140050--SobicK029400 Sobic008G140050--Sobic009G192200 Sobic002G040550--Sobic006G139200 Sobic002G040550--Sobic003G172450 Sobic002G040550--Sobic002G390200 Sobic002G040550--Sobic002G180732 Sobic002G040550--Sobic009G087480 Sobic002G040550--Sobic010G107901 Sobic002G040550--Sobic002G397700 Sobic002G040550--Sobic003G160300 Sobic002G040550--Sobic004G234766 Sobic003G172450--Sobic010G107901 Sobic003G172450--Sobic006G139200 Sobic003G172450--Sobic002G397700 Sobic003G172450--Sobic002G040550 Sobic003G172450--Sobic004G234766 Sobic003G172450--Sobic002G390200 Sobic006G093550 Sobic006G093550 Sobic003G172450--Sobic006G093550 Sobic008G024900 Sobic008G024900 Sobic003G172450--Sobic008G024900 Sobic003G172450--Sobic010G225400
Octagon: transcription factors


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