Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G337200.1
Synonym Sb03g038140
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence. (PubMedID : 27586543)
pentatricopeptide repeat-containing protein, putative, expressed
UniProt A0A1W0W070
Pfam PF14432 PF13041 PF01535
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF505
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G11460 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g60430.1 : pentatricopeptide repeat-containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a027069 , Zm00025a056263
Brachypodium KQK10340
Barley HORVU3Hr1G080810.2 , HORVU3Hr1G080810.1 , HORVU2Hr1G107430.1
Wheat TraesCS3B02G374700
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G234766 - -
2 Sobic.010G107901 - K13104: ZNF830, zinc finger protein 830
3 Sobic.004G268600 nodulin, putative, expressed -
4 Sobic.002G397700 - -
5 Sobic.006G093550 - -
6 Sobic.002G322101 - -
7 Sobic.003G172450 - -
8 Sobic.003G255850 - -
9 Sobic.007G149750 - -
10 Sobic.005G163932 - -
11 Sobic.010G132200 inhibitor I family protein, putative, expressed -
12 Sobic.010G107601 - -
13 Sobic.001G293900 CAF1 family ribonuclease containing protein, putative, expressed K12581: CNOT7_8, CAF1, CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8
14 Sobic.001G128000 expressed protein -
15 Sobic.001G249900 - -
16 Sobic.005G167100 - -
17 Sobic.010G133225 - -
18 Sobic.008G024900 expressed protein -
19 Sobic.003G119750 - -
20 Sobic.003G169400 DNA-directed RNA polymerase subunit beta, putative, expressed K03046: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'


Gene co-expression network
sample Sobic003G337200 Sobic003G337200 Sobic004G234766 Sobic004G234766 Sobic003G337200--Sobic004G234766 Sobic010G107901 Sobic010G107901 Sobic003G337200--Sobic010G107901 Sobic004G268600 Sobic004G268600 Sobic003G337200--Sobic004G268600 Sobic002G397700 Sobic002G397700 Sobic003G337200--Sobic002G397700 Sobic006G093550 Sobic006G093550 Sobic003G337200--Sobic006G093550 Sobic002G322101 Sobic002G322101 Sobic003G337200--Sobic002G322101 Sobic003G172450 Sobic003G172450 Sobic003G337200--Sobic003G172450 Sobic003G255850 Sobic003G255850 Sobic003G337200--Sobic003G255850 Sobic007G149750 Sobic007G149750 Sobic003G337200--Sobic007G149750 Sobic004G234766--Sobic010G107901 Sobic004G234766--Sobic002G397700 Sobic004G234766--Sobic006G093550 Sobic004G234766--Sobic002G322101 Sobic004G234766--Sobic003G172450 Sobic004G234766--Sobic007G149750 Sobic001G249900 Sobic001G249900 Sobic004G234766--Sobic001G249900 Sobic010G133225 Sobic010G133225 Sobic004G234766--Sobic010G133225 Sobic004G234766--Sobic003G337200 Sobic010G107901--Sobic002G397700 Sobic010G107901--Sobic004G234766 Sobic010G107901--Sobic003G172450 Sobic010G107901--Sobic006G093550 Sobic010G107901--Sobic002G322101 Sobic010G107901--Sobic010G133225 Sobic008G024900 Sobic008G024900 Sobic010G107901--Sobic008G024900 Sobic010G107901--Sobic003G337200 Sobic010G107901--Sobic001G249900 Sobic004G268600--Sobic003G337200 Sobic001G128000 Sobic001G128000 Sobic004G268600--Sobic001G128000 Sobic002G180732 Sobic002G180732 Sobic004G268600--Sobic002G180732 Sobic004G268600--Sobic004G234766 Sobic003G160433 Sobic003G160433 Sobic004G268600--Sobic003G160433 Sobic005G163932 Sobic005G163932 Sobic004G268600--Sobic005G163932 Sobic004G268600--Sobic010G107901 Sobic004G268600--Sobic008G024900 Sobic003G119750 Sobic003G119750 Sobic004G268600--Sobic003G119750 Sobic002G397700--Sobic010G107901 Sobic002G397700--Sobic004G234766 Sobic002G397700--Sobic006G093550 Sobic002G397700--Sobic003G172450 Sobic002G397700--Sobic002G322101 Sobic002G397700--Sobic010G133225 Sobic002G397700--Sobic007G149750 Sobic002G397700--Sobic001G249900 Sobic002G397700--Sobic003G337200 Sobic006G093550--Sobic002G322101 Sobic006G093550--Sobic004G234766 Sobic006G093550--Sobic002G397700 Sobic006G093550--Sobic010G107901 Sobic006G093550--Sobic001G249900 Sobic006G093550--Sobic007G149750 Sobic006G147350 Sobic006G147350 Sobic006G093550--Sobic006G147350 Sobic006G093550--Sobic010G133225 Sobic010G173600 Sobic010G173600 Sobic006G093550--Sobic010G173600 Sobic002G322101--Sobic006G093550 Sobic002G322101--Sobic007G149750 Sobic002G322101--Sobic004G234766 Sobic002G322101--Sobic010G173600 Sobic002G322101--Sobic003G255850 Sobic002G322101--Sobic006G147350 Sobic002G322101--Sobic001G249900 Sobic002G322101--Sobic002G397700 Sobic002G322101--Sobic010G107901 Sobic003G172450--Sobic010G107901 Sobic006G139200 Sobic006G139200 Sobic003G172450--Sobic006G139200 Sobic003G172450--Sobic002G397700 Sobic002G040550 Sobic002G040550 Sobic003G172450--Sobic002G040550 Sobic003G172450--Sobic004G234766 Sobic002G390200 Sobic002G390200 Sobic003G172450--Sobic002G390200 Sobic003G172450--Sobic006G093550 Sobic003G172450--Sobic008G024900 Sobic010G225400 Sobic010G225400 Sobic003G172450--Sobic010G225400 Sobic003G255850--Sobic010G173600 Sobic003G255850--Sobic006G147350 Sobic003G255850--Sobic002G322101 Sobic005G093600 Sobic005G093600 Sobic003G255850--Sobic005G093600 Sobic003G255850--Sobic007G149750 Sobic003G128575 Sobic003G128575 Sobic003G255850--Sobic003G128575 Sobic006G017266 Sobic006G017266 Sobic003G255850--Sobic006G017266 Sobic006G020350 Sobic006G020350 Sobic003G255850--Sobic006G020350 Sobic003G255850--Sobic001G249900 Sobic007G149750--Sobic002G322101 Sobic007G149750--Sobic010G173600 Sobic007G149750--Sobic006G147350 Sobic007G149750--Sobic006G093550 Sobic007G149750--Sobic003G255850 Sobic007G149750--Sobic001G249900 Sobic007G149750--Sobic004G234766 Sobic007G149750--Sobic005G093600 Sobic007G149750--Sobic003G128575
Octagon: transcription factors


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