Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G181600.1,Sobic.007G181600.2
Synonym Sb07g025220
Functional annotation dehydrogenase, putative, expressed
UniProt C5YH68 , A0A1Z5RBK6 , C6JSN3
Pfam PF00107 PF08240
Panther DB PTHR11695 PTHR11695:SF485
NCBI CDD KOG0024; Sorbitol dehydrogenase
KEGG Orthology K00008; SORD, L-iditol 2-dehydrogenase
Gene Ontology GO:0016491; oxidoreductase activity GO:0008270zinc ion binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G51970 : GroES-like zinc-binding alcohol dehydrogenase family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g43190.2 : dehydrogenase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a005365
Brachypodium KQJ99253
Barley HORVU7Hr1G056770.4 , HORVU7Hr1G056770.1 , HORVU7Hr1G056770.2 , HORVU7Hr1G056770.3
Wheat TraesCS7B02G167500 , TraesCS7D02G269800 , TraesCS7A02G269300
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.007G181600


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G298700 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@- -
2 Sobic.007G090442 - -
3 Sobic.006G180900 ZOS4-11 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
4 Sobic.001G310500 strictosidine synthase, putative, expressed -
5 Sobic.008G013000 expressed protein -
6 Sobic.010G095300 - -
7 Sobic.003G111400 - -
8 Sobic.001G037800 cinnamoyl CoA reductase, putative, expressed -
9 Sobic.001G011800 SAM domain containing protein, putative, expressed -
10 Sobic.006G245000 - -
11 Sobic.002G077600 LTPL169 - Protease inhibitor/seed storage/LTP family protein precursor, expressed -
12 Sobic.001G253501 - -
13 Sobic.009G245750 - -
14 Sobic.007G049400 OsFBX381 - F-box domain containing protein, expressed -
15 Sobic.001G351300 - -
16 Sobic.009G022700 - -
17 Sobic.003G247700 cold acclimation protein WCOR413, putative, expressed -
18 Sobic.005G112066 - -
19 Sobic.007G070700 OsFBX265 - F-box domain containing protein, expressed -
20 Sobic.009G001600 "kafirin seed storage protein, similar to Beta-kafirin precursor"(PubMedID : 21853065)@PROLM24 - Prolamin precursor, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic007G181600 Sobic007G181600 Sobic004G298700 Sobic004G298700 Sobic007G181600--Sobic004G298700 Sobic007G090442 Sobic007G090442 Sobic007G181600--Sobic007G090442 Sobic006G180900 Sobic006G180900 Sobic007G181600--Sobic006G180900 Sobic001G310500 Sobic001G310500 Sobic007G181600--Sobic001G310500 Sobic008G013000 Sobic008G013000 Sobic007G181600--Sobic008G013000 Sobic010G095300 Sobic010G095300 Sobic007G181600--Sobic010G095300 Sobic003G111400 Sobic003G111400 Sobic007G181600--Sobic003G111400 Sobic001G037800 Sobic001G037800 Sobic007G181600--Sobic001G037800 Sobic001G011800 Sobic001G011800 Sobic007G181600--Sobic001G011800 Sobic004G298700--Sobic007G181600 Sobic004G298700--Sobic001G011800 Sobic006G245000 Sobic006G245000 Sobic004G298700--Sobic006G245000 Sobic002G271600 Sobic002G271600 Sobic004G298700--Sobic002G271600 Sobic004G298700--Sobic006G180900 Sobic008G051400 Sobic008G051400 Sobic004G298700--Sobic008G051400 Sobic009G127300 Sobic009G127300 Sobic004G298700--Sobic009G127300 Sobic005G129000 Sobic005G129000 Sobic004G298700--Sobic005G129000 Sobic005G089000 Sobic005G089000 Sobic004G298700--Sobic005G089000 Sobic009G041100 Sobic009G041100 Sobic007G090442--Sobic009G041100 Sobic005G110000 Sobic005G110000 Sobic007G090442--Sobic005G110000 Sobic002G362400 Sobic002G362400 Sobic007G090442--Sobic002G362400 Sobic005G087666 Sobic005G087666 Sobic007G090442--Sobic005G087666 Sobic010G237100 Sobic010G237100 Sobic007G090442--Sobic010G237100 Sobic010G044600 Sobic010G044600 Sobic007G090442--Sobic010G044600 Sobic009G010000 Sobic009G010000 Sobic007G090442--Sobic009G010000 Sobic003G392500 Sobic003G392500 Sobic007G090442--Sobic003G392500 Sobic005G199300 Sobic005G199300 Sobic007G090442--Sobic005G199300 Sobic004G285400 Sobic004G285400 Sobic006G180900--Sobic004G285400 Sobic006G180900--Sobic007G181600 Sobic006G180900--Sobic001G310500 Sobic006G180900--Sobic008G013000 Sobic006G180900--Sobic006G245000 Sobic002G282900 Sobic002G282900 Sobic006G180900--Sobic002G282900 Sobic007G170400 Sobic007G170400 Sobic006G180900--Sobic007G170400 Sobic006G180900--Sobic005G129000 Sobic004G158300 Sobic004G158300 Sobic006G180900--Sobic004G158300 Sobic001G310500--Sobic006G180900 Sobic001G310500--Sobic007G181600 Sobic005G210100 Sobic005G210100 Sobic001G310500--Sobic005G210100 Sobic001G351300 Sobic001G351300 Sobic001G310500--Sobic001G351300 Sobic001G262000 Sobic001G262000 Sobic001G310500--Sobic001G262000 Sobic001G310500--Sobic005G129000 Sobic001G310500--Sobic002G282900 Sobic001G310500--Sobic007G090442 Sobic001G310500--Sobic010G095300 Sobic005G188000 Sobic005G188000 Sobic008G013000--Sobic005G188000 Sobic003G156100 Sobic003G156100 Sobic008G013000--Sobic003G156100 Sobic009G227000 Sobic009G227000 Sobic008G013000--Sobic009G227000 Sobic002G088000 Sobic002G088000 Sobic008G013000--Sobic002G088000 Sobic003G350900 Sobic003G350900 Sobic008G013000--Sobic003G350900 Sobic004G085100 Sobic004G085100 Sobic008G013000--Sobic004G085100 Sobic008G064000 Sobic008G064000 Sobic008G013000--Sobic008G064000 Sobic001G362900 Sobic001G362900 Sobic008G013000--Sobic001G362900 Sobic008G013000--Sobic001G037800 Sobic006G031600 Sobic006G031600 Sobic010G095300--Sobic006G031600 Sobic007G156300 Sobic007G156300 Sobic010G095300--Sobic007G156300 Sobic001G326000 Sobic001G326000 Sobic010G095300--Sobic001G326000 Sobic005G112066 Sobic005G112066 Sobic010G095300--Sobic005G112066 Sobic010G095300--Sobic003G392500 Sobic002G077500 Sobic002G077500 Sobic010G095300--Sobic002G077500 Sobic005G223200 Sobic005G223200 Sobic010G095300--Sobic005G223200 Sobic009G009900 Sobic009G009900 Sobic010G095300--Sobic009G009900 Sobic002G344900 Sobic002G344900 Sobic010G095300--Sobic002G344900 Sobic005G193700 Sobic005G193700 Sobic003G111400--Sobic005G193700 Sobic001G253400 Sobic001G253400 Sobic003G111400--Sobic001G253400 Sobic006G051750 Sobic006G051750 Sobic003G111400--Sobic006G051750 Sobic005G153200 Sobic005G153200 Sobic003G111400--Sobic005G153200 Sobic001G259250 Sobic001G259250 Sobic003G111400--Sobic001G259250 Sobic002G409250 Sobic002G409250 Sobic003G111400--Sobic002G409250 Sobic003G091400 Sobic003G091400 Sobic003G111400--Sobic003G091400 Sobic006G015750 Sobic006G015750 Sobic003G111400--Sobic006G015750 Sobic004G142000 Sobic004G142000 Sobic003G111400--Sobic004G142000 Sobic009G116500 Sobic009G116500 Sobic001G037800--Sobic009G116500 Sobic001G297800 Sobic001G297800 Sobic001G037800--Sobic001G297800 Sobic002G028100 Sobic002G028100 Sobic001G037800--Sobic002G028100 Sobic002G089400 Sobic002G089400 Sobic001G037800--Sobic002G089400 Sobic007G034900 Sobic007G034900 Sobic001G037800--Sobic007G034900 Sobic002G367600 Sobic002G367600 Sobic001G037800--Sobic002G367600 Sobic002G338600 Sobic002G338600 Sobic001G037800--Sobic002G338600 Sobic010G200200 Sobic010G200200 Sobic001G037800--Sobic010G200200 Sobic007G205100 Sobic007G205100 Sobic001G037800--Sobic007G205100 Sobic001G011800--Sobic009G127300 Sobic001G011800--Sobic007G181600 Sobic007G050300 Sobic007G050300 Sobic001G011800--Sobic007G050300 Sobic001G011800--Sobic004G298700 Sobic010G079800 Sobic010G079800 Sobic001G011800--Sobic010G079800 Sobic006G094500 Sobic006G094500 Sobic001G011800--Sobic006G094500 Sobic002G400400 Sobic002G400400 Sobic001G011800--Sobic002G400400 Sobic006G276200 Sobic006G276200 Sobic001G011800--Sobic006G276200 Sobic003G436500 Sobic003G436500 Sobic001G011800--Sobic003G436500
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.