Gene annotation
Transcriptome id Sobic.008G131300.1
Synonym Sb08g018360
Functional annotation pectinesterase, putative, expressed
UniProt C5YPU8
Pfam PF01095
Panther DB PTHR31321 PTHR31321:SF15
NCBI CDD -
KEGG Orthology K01051; pectinesterase
Gene Ontology GO:0005618; cell wall


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G19730 : Pectin lyase-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os12g37660.1 : pectinesterase, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a004178
Brachypodium KQJ86311
Barley HORVU5Hr1G022590.1 , HORVU5Hr1G022590.3 , HORVU5Hr1G022590.2
Wheat TraesCS5A02G086800 , TraesCS5B02G092700 , TraesCS5D02G099300
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.002G122500 P21-Rho-binding domain containing protein, putative, expressed -
2 Sobic.008G080700 CAMK_CAMK_like.46 - CAMK includes calcium/calmodulin depedent protein kinases, expressed K13412: calcium-dependent protein kinase
3 Sobic.006G037100 expressed protein -
4 Sobic.008G129800 invertase/pectin methylesterase inhibitor family protein, putative, expressed -
5 Sobic.002G305800 expansin precursor, putative, expressed -
6 Sobic.004G163900 SNARE domain containing protein, putative, expressed K18211: synaptosomal-associated protein 25
7 Sobic.003G166001 - -
8 Sobic.003G400700 CAMK_CAMK_like.39 - CAMK includes calcium/calmodulin depedent protein kinases, expressed K13412: calcium-dependent protein kinase
9 Sobic.003G322000 tyrosine protein kinase domain containing protein, putative, expressed -
10 Sobic.001G433500 expressed protein -
11 Sobic.006G098900 pollen allergen Cyn d 23, putative, expressed -
12 Sobic.005G098100 - -
13 Sobic.007G051200 cytidylyltransferase domain containing protein, expressed K00968: choline-phosphate cytidylyltransferase
14 Sobic.004G080600 protein with a conserved N-terminal region, putative, expressed -
15 Sobic.006G251100 powdery mildew resistant protein 5, putative, expressed -
16 Sobic.002G322500 similar to Putative uncharacterized protein(PubMedID : 29862293)@harpin-induced protein 1 domain containing protein, expressed -
17 Sobic.003G287800 anthocyanidin 5,3-O-glucosyltransferase, putative, expressed -
18 Sobic.003G193600 expressed protein -
19 Sobic.002G102600 - -
20 Sobic.004G079600 - -


Gene co-expression network
sample Sobic008G131300 Sobic008G131300 Sobic002G122500 Sobic002G122500 Sobic008G131300--Sobic002G122500 Sobic008G080700 Sobic008G080700 Sobic008G131300--Sobic008G080700 Sobic006G037100 Sobic006G037100 Sobic008G131300--Sobic006G037100 Sobic008G129800 Sobic008G129800 Sobic008G131300--Sobic008G129800 Sobic002G305800 Sobic002G305800 Sobic008G131300--Sobic002G305800 Sobic004G163900 Sobic004G163900 Sobic008G131300--Sobic004G163900 Sobic003G166001 Sobic003G166001 Sobic008G131300--Sobic003G166001 Sobic003G400700 Sobic003G400700 Sobic008G131300--Sobic003G400700 Sobic003G322000 Sobic003G322000 Sobic008G131300--Sobic003G322000 Sobic002G122500--Sobic004G163900 Sobic002G122500--Sobic003G322000 Sobic002G122500--Sobic008G129800 Sobic002G122500--Sobic002G305800 Sobic002G122500--Sobic008G080700 Sobic002G122500--Sobic008G131300 Sobic002G122500--Sobic006G037100 Sobic004G080600 Sobic004G080600 Sobic002G122500--Sobic004G080600 Sobic007G051200 Sobic007G051200 Sobic002G122500--Sobic007G051200 Sobic008G080700--Sobic002G305800 Sobic008G080700--Sobic003G166001 Sobic008G080700--Sobic006G037100 Sobic008G080700--Sobic002G122500 Sobic008G080700--Sobic004G080600 Sobic008G080700--Sobic008G131300 Sobic008G080700--Sobic004G163900 Sobic006G098900 Sobic006G098900 Sobic008G080700--Sobic006G098900 Sobic008G080700--Sobic003G400700 Sobic006G037100--Sobic003G400700 Sobic001G433500 Sobic001G433500 Sobic006G037100--Sobic001G433500 Sobic006G037100--Sobic003G166001 Sobic006G037100--Sobic008G080700 Sobic005G098100 Sobic005G098100 Sobic006G037100--Sobic005G098100 Sobic006G037100--Sobic006G098900 Sobic006G037100--Sobic008G131300 Sobic006G037100--Sobic002G122500 Sobic006G037100--Sobic002G305800 Sobic008G129800--Sobic002G122500 Sobic008G129800--Sobic004G163900 Sobic008G129800--Sobic003G322000 Sobic008G129800--Sobic008G131300 Sobic008G129800--Sobic002G305800 Sobic008G129800--Sobic008G080700 Sobic008G129800--Sobic006G037100 Sobic003G193600 Sobic003G193600 Sobic008G129800--Sobic003G193600 Sobic008G129800--Sobic007G051200 Sobic002G305800--Sobic008G080700 Sobic002G305800--Sobic002G122500 Sobic002G305800--Sobic004G080600 Sobic006G251100 Sobic006G251100 Sobic002G305800--Sobic006G251100 Sobic002G305800--Sobic004G163900 Sobic002G305800--Sobic007G051200 Sobic002G236800 Sobic002G236800 Sobic002G305800--Sobic002G236800 Sobic002G305800--Sobic008G131300 Sobic002G305800--Sobic003G166001 Sobic004G163900--Sobic002G122500 Sobic004G163900--Sobic003G322000 Sobic004G163900--Sobic008G129800 Sobic004G163900--Sobic002G305800 Sobic004G163900--Sobic008G080700 Sobic004G163900--Sobic008G131300 Sobic004G163900--Sobic006G037100 Sobic004G163900--Sobic007G051200 Sobic004G163900--Sobic004G080600 Sobic003G166001--Sobic006G037100 Sobic003G166001--Sobic008G080700 Sobic003G166001--Sobic001G433500 Sobic003G166001--Sobic003G400700 Sobic003G166001--Sobic006G098900 Sobic003G166001--Sobic002G305800 Sobic003G166001--Sobic008G131300 Sobic003G166001--Sobic005G098100 Sobic003G166001--Sobic007G051200 Sobic003G400700--Sobic001G433500 Sobic003G400700--Sobic006G037100 Sobic003G400700--Sobic005G098100 Sobic003G400700--Sobic003G166001 Sobic003G400700--Sobic008G080700 Sobic003G400700--Sobic006G098900 Sobic002G102600 Sobic002G102600 Sobic003G400700--Sobic002G102600 Sobic003G400700--Sobic008G131300 Sobic003G400700--Sobic002G122500 Sobic003G322000--Sobic004G163900 Sobic003G322000--Sobic002G122500 Sobic003G322000--Sobic008G129800 Sobic003G322000--Sobic002G305800 Sobic003G322000--Sobic008G131300 Sobic003G322000--Sobic008G080700 Sobic008G138100 Sobic008G138100 Sobic003G322000--Sobic008G138100 Sobic010G140700 Sobic010G140700 Sobic003G322000--Sobic010G140700 Sobic003G322000--Sobic002G236800
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.