Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G127600.2
Synonym Sb09g019485
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence. (PubMedID : 27586543)
tetratricopeptide-like helical, putative, expressed
UniProt A0A1B6P8H2
Pfam PF01535 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF652
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G12775 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os05g32730.1 : tetratricopeptide-like helical, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a010352
Brachypodium PNT71307 , PNT71308
Barley HORVU1Hr1G062640.2
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G145300 - -
2 Sobic.002G156300 - -
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4 Sobic.001G481201 - -
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8 Sobic.007G001300 "cell wall modification, deposition of casparian strips, endodermis, transmembrane"(PubMedID : 24920445)@membrane associated DUF588 domain containing protein, putative, expressed -
9 Sobic.003G109400 - -
10 Sobic.006G256801 - -
11 Sobic.008G020300 myb-like DNA-binding domain containing protein, putative, expressed K09422: transcription factor MYB, plant
12 Sobic.001G537900 AGAP010609-PA, putative, expressed K17867: DPH4, diphthamide biosynthesis protein 4
13 Sobic.001G261440 - -
14 Sobic.006G172651 - -
15 Sobic.002G231800 purine permease, putative, expressed -
16 Sobic.010G224800 patellin-5, putative, expressed -
17 Sobic.009G031100 cycloeucalenol cycloisomerase, putative, expressed K08246: cycloeucalenol cycloisomerase
18 Sobic.002G165401 - -
19 Sobic.001G493800 expressed protein -
20 Sobic.006G167200 ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, family 1, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic009G127600 Sobic009G127600 Sobic001G145300 Sobic001G145300 Sobic009G127600--Sobic001G145300 Sobic002G156300 Sobic002G156300 Sobic009G127600--Sobic002G156300 Sobic004G279150 Sobic004G279150 Sobic009G127600--Sobic004G279150 Sobic001G481201 Sobic001G481201 Sobic009G127600--Sobic001G481201 Sobic010G114400 Sobic010G114400 Sobic009G127600--Sobic010G114400 Sobic003G008850 Sobic003G008850 Sobic009G127600--Sobic003G008850 Sobic006G019901 Sobic006G019901 Sobic009G127600--Sobic006G019901 Sobic007G001300 Sobic007G001300 Sobic009G127600--Sobic007G001300 Sobic003G109400 Sobic003G109400 Sobic009G127600--Sobic003G109400 Sobic006G172651 Sobic006G172651 Sobic001G145300--Sobic006G172651 Sobic001G261440 Sobic001G261440 Sobic001G145300--Sobic001G261440 Sobic001G145300--Sobic002G156300 Sobic001G145300--Sobic009G127600 Sobic008G020300 Sobic008G020300 Sobic001G145300--Sobic008G020300 Sobic001G145300--Sobic003G109400 Sobic001G145300--Sobic010G114400 Sobic001G145300--Sobic007G001300 Sobic003G136700 Sobic003G136700 Sobic001G145300--Sobic003G136700 Sobic002G156300--Sobic007G001300 Sobic002G156300--Sobic003G109400 Sobic002G156300--Sobic010G114400 Sobic010G224800 Sobic010G224800 Sobic002G156300--Sobic010G224800 Sobic009G031100 Sobic009G031100 Sobic002G156300--Sobic009G031100 Sobic003G105300 Sobic003G105300 Sobic002G156300--Sobic003G105300 Sobic004G197300 Sobic004G197300 Sobic002G156300--Sobic004G197300 Sobic002G156300--Sobic008G020300 Sobic009G163500 Sobic009G163500 Sobic002G156300--Sobic009G163500 Sobic004G279150--Sobic009G127600 Sobic004G279150--Sobic001G145300 Sobic001G422800 Sobic001G422800 Sobic004G279150--Sobic001G422800 Sobic009G094000 Sobic009G094000 Sobic004G279150--Sobic009G094000 Sobic006G167200 Sobic006G167200 Sobic004G279150--Sobic006G167200 Sobic002G284701 Sobic002G284701 Sobic004G279150--Sobic002G284701 Sobic004G279150--Sobic006G019901 Sobic008G088863 Sobic008G088863 Sobic004G279150--Sobic008G088863 Sobic002G165401 Sobic002G165401 Sobic004G279150--Sobic002G165401 Sobic001G481201--Sobic002G165401 Sobic007G204500 Sobic007G204500 Sobic001G481201--Sobic007G204500 Sobic009G082400 Sobic009G082400 Sobic001G481201--Sobic009G082400 Sobic001G537900 Sobic001G537900 Sobic001G481201--Sobic001G537900 Sobic004G251350 Sobic004G251350 Sobic001G481201--Sobic004G251350 Sobic010G179150 Sobic010G179150 Sobic001G481201--Sobic010G179150 Sobic001G520700 Sobic001G520700 Sobic001G481201--Sobic001G520700 Sobic006G180500 Sobic006G180500 Sobic001G481201--Sobic006G180500 Sobic001G481201--Sobic006G019901 Sobic010G114400--Sobic010G224800 Sobic010G114400--Sobic002G156300 Sobic010G114400--Sobic007G001300 Sobic010G114400--Sobic003G109400 Sobic010G114400--Sobic009G031100 Sobic002G425900 Sobic002G425900 Sobic010G114400--Sobic002G425900 Sobic010G114400--Sobic004G197300 Sobic010G114400--Sobic009G163500 Sobic010G114400--Sobic003G105300 Sobic003G008850--Sobic001G537900 Sobic001G120100 Sobic001G120100 Sobic003G008850--Sobic001G120100 Sobic006G256801 Sobic006G256801 Sobic003G008850--Sobic006G256801 Sobic004G016600 Sobic004G016600 Sobic003G008850--Sobic004G016600 Sobic003G008850--Sobic008G020300 Sobic008G164525 Sobic008G164525 Sobic003G008850--Sobic008G164525 Sobic003G008850--Sobic007G204500 Sobic008G119000 Sobic008G119000 Sobic003G008850--Sobic008G119000 Sobic003G008850--Sobic004G251350 Sobic006G019901--Sobic001G481201 Sobic006G019901--Sobic002G165401 Sobic006G019901--Sobic009G127600 Sobic006G019901--Sobic003G008850 Sobic002G231800 Sobic002G231800 Sobic006G019901--Sobic002G231800 Sobic005G076100 Sobic005G076100 Sobic006G019901--Sobic005G076100 Sobic006G222800 Sobic006G222800 Sobic006G019901--Sobic006G222800 Sobic006G019901--Sobic006G256801 Sobic006G019901--Sobic001G537900 Sobic007G001300--Sobic002G156300 Sobic007G001300--Sobic010G224800 Sobic007G001300--Sobic010G114400 Sobic007G001300--Sobic003G109400 Sobic007G001300--Sobic009G031100 Sobic007G001300--Sobic004G197300 Sobic007G001300--Sobic003G105300 Sobic007G001300--Sobic008G020300 Sobic007G001300--Sobic010G179150 Sobic003G109400--Sobic002G156300 Sobic003G109400--Sobic010G224800 Sobic003G109400--Sobic007G001300 Sobic003G109400--Sobic010G114400 Sobic003G109400--Sobic009G163500 Sobic003G109400--Sobic009G031100 Sobic003G109400--Sobic008G020300 Sobic002G206200 Sobic002G206200 Sobic003G109400--Sobic002G206200 Sobic003G109400--Sobic004G197300
Octagon: transcription factors


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