Gene annotation
Transcriptome id Sobic.009G255200.1
Synonym Sb09g030540, RTM2
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during salt-induced senescence. (PubMedID : 27586543)
hsp20/alpha crystallin family protein, putative, expressed
UniProt C5YWZ7
Pfam PF00011
Panther DB PTHR11527 PTHR11527:SF129
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT3G10680 : HSP20-like chaperones superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os05g51440.1 : hsp20/alpha crystallin family protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a044759
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G305250 - -
2 Sobic.005G024300 SAG (Senescence-associated gene): up-regulated gene during salt-induced senescence.(PubMedID : 27586543)@OsCML2 - Calmodulin-related calcium sensor protein, expressed K02183: calmodulin
3 Sobic.008G013700 - -
4 Sobic.007G094000 - -
5 Sobic.002G008701 - -
6 Sobic.004G224400 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase domain containing protein, expressed -
7 Sobic.003G241600 - -
8 Sobic.007G016300 - -
9 Sobic.004G223350 - -
10 Sobic.001G018550 - -
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12 Sobic.002G346250 - -
13 Sobic.009G046500 NBS-LRR disease resistance protein, putative, expressed -
14 Sobic.004G205900 - -
15 Sobic.008G112400 - -
16 Sobic.003G439200 RNA polymerase IV largest subunit, putative, expressed K16251: DNA-directed RNA polymerase V subunit 1
17 Sobic.003G135900 OsRhmbd3 - Putative Rhomboid homologue, expressed K09651: rhomboid domain-containing protein 1
18 Sobic.007G203850 - -
19 Sobic.007G225050 - -
20 Sobic.004G260700 - -


Gene co-expression network
sample Sobic009G255200 Sobic009G255200 Sobic003G305250 Sobic003G305250 Sobic009G255200--Sobic003G305250 Sobic005G024300 Sobic005G024300 Sobic009G255200--Sobic005G024300 Sobic008G013700 Sobic008G013700 Sobic009G255200--Sobic008G013700 Sobic007G094000 Sobic007G094000 Sobic009G255200--Sobic007G094000 Sobic002G008701 Sobic002G008701 Sobic009G255200--Sobic002G008701 Sobic004G224400 Sobic004G224400 Sobic009G255200--Sobic004G224400 Sobic003G241600 Sobic003G241600 Sobic009G255200--Sobic003G241600 Sobic007G016300 Sobic007G016300 Sobic009G255200--Sobic007G016300 Sobic004G223350 Sobic004G223350 Sobic009G255200--Sobic004G223350 Sobic003G305250--Sobic003G241600 Sobic003G439200 Sobic003G439200 Sobic003G305250--Sobic003G439200 Sobic002G231400 Sobic002G231400 Sobic003G305250--Sobic002G231400 Sobic003G305250--Sobic007G094000 Sobic003G429600 Sobic003G429600 Sobic003G305250--Sobic003G429600 Sobic004G260700 Sobic004G260700 Sobic003G305250--Sobic004G260700 Sobic006G201450 Sobic006G201450 Sobic003G305250--Sobic006G201450 Sobic010G150000 Sobic010G150000 Sobic003G305250--Sobic010G150000 Sobic001G311700 Sobic001G311700 Sobic003G305250--Sobic001G311700 Sobic005G024300--Sobic003G305250 Sobic005G024300--Sobic009G255200 Sobic005G024300--Sobic003G439200 Sobic005G024300--Sobic008G013700 Sobic005G024300--Sobic002G008701 Sobic005G024300--Sobic004G260700 Sobic007G203850 Sobic007G203850 Sobic005G024300--Sobic007G203850 Sobic005G024300--Sobic007G016300 Sobic003G015800 Sobic003G015800 Sobic005G024300--Sobic003G015800 Sobic001G124500 Sobic001G124500 Sobic008G013700--Sobic001G124500 Sobic004G019700 Sobic004G019700 Sobic008G013700--Sobic004G019700 Sobic004G192001 Sobic004G192001 Sobic008G013700--Sobic004G192001 Sobic004G125701 Sobic004G125701 Sobic008G013700--Sobic004G125701 Sobic007G099300 Sobic007G099300 Sobic008G013700--Sobic007G099300 Sobic004G125600 Sobic004G125600 Sobic008G013700--Sobic004G125600 Sobic010G178700 Sobic010G178700 Sobic008G013700--Sobic010G178700 Sobic008G013700--Sobic004G224400 Sobic009G038800 Sobic009G038800 Sobic008G013700--Sobic009G038800 Sobic003G303800 Sobic003G303800 Sobic007G094000--Sobic003G303800 Sobic007G094000--Sobic003G305250 Sobic001G283800 Sobic001G283800 Sobic007G094000--Sobic001G283800 Sobic007G052500 Sobic007G052500 Sobic007G094000--Sobic007G052500 Sobic007G094000--Sobic004G260700 Sobic007G094000--Sobic007G099300 Sobic003G194900 Sobic003G194900 Sobic007G094000--Sobic003G194900 Sobic007G094000--Sobic010G150000 Sobic007G094000--Sobic008G013700 Sobic002G008701--Sobic004G223350 Sobic002G008701--Sobic007G203850 Sobic002G008701--Sobic007G016300 Sobic002G008701--Sobic003G015800 Sobic008G175600 Sobic008G175600 Sobic002G008701--Sobic008G175600 Sobic008G112400 Sobic008G112400 Sobic002G008701--Sobic008G112400 Sobic005G083866 Sobic005G083866 Sobic002G008701--Sobic005G083866 Sobic002G331200 Sobic002G331200 Sobic002G008701--Sobic002G331200 Sobic001G296600 Sobic001G296600 Sobic002G008701--Sobic001G296600 Sobic004G224400--Sobic008G013700 Sobic004G224400--Sobic004G125701 Sobic004G224400--Sobic007G094000 Sobic001G540250 Sobic001G540250 Sobic004G224400--Sobic001G540250 Sobic004G224400--Sobic007G052500 Sobic004G224400--Sobic001G124500 Sobic004G224400--Sobic009G255200 Sobic004G224400--Sobic003G305250 Sobic004G224400--Sobic004G125600 Sobic003G241600--Sobic002G231400 Sobic001G018550 Sobic001G018550 Sobic003G241600--Sobic001G018550 Sobic009G252500 Sobic009G252500 Sobic003G241600--Sobic009G252500 Sobic007G046600 Sobic007G046600 Sobic003G241600--Sobic007G046600 Sobic003G241600--Sobic003G429600 Sobic002G013600 Sobic002G013600 Sobic003G241600--Sobic002G013600 Sobic004G288900 Sobic004G288900 Sobic003G241600--Sobic004G288900 Sobic003G241600--Sobic003G305250 Sobic005G096201 Sobic005G096201 Sobic003G241600--Sobic005G096201 Sobic004G200000 Sobic004G200000 Sobic007G016300--Sobic004G200000 Sobic007G016300--Sobic002G331200 Sobic007G016300--Sobic005G083866 Sobic009G082500 Sobic009G082500 Sobic007G016300--Sobic009G082500 Sobic003G043650 Sobic003G043650 Sobic007G016300--Sobic003G043650 Sobic007G016300--Sobic008G112400 Sobic007G016300--Sobic002G008701 Sobic007G016300--Sobic004G260700 Sobic001G345366 Sobic001G345366 Sobic007G016300--Sobic001G345366 Sobic007G173901 Sobic007G173901 Sobic004G223350--Sobic007G173901 Sobic008G086100 Sobic008G086100 Sobic004G223350--Sobic008G086100 Sobic004G223350--Sobic002G008701 Sobic004G223350--Sobic007G203850 Sobic002G346250 Sobic002G346250 Sobic004G223350--Sobic002G346250 Sobic004G223350--Sobic003G241600 Sobic002G142350 Sobic002G142350 Sobic004G223350--Sobic002G142350 Sobic004G223350--Sobic001G296600 Sobic008G096300 Sobic008G096300 Sobic004G223350--Sobic008G096300
Octagon: transcription factors


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