Gene annotation
Transcriptome id Sobic.010G244400.1
Synonym Sb10g028370
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence. (PubMedID : 27586543)
pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed
UniProt C5Z8R3
Pfam PF14432 PF01535
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF264
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G44230 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os06g47920.1 : pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a018282
Brachypodium -
Barley HORVU7Hr1G098660.12 , HORVU7Hr1G098660.10 , HORVU7Hr1G098660.11 , HORVU7Hr1G098660.7 , HORVU7Hr1G098660.8 , HORVU7Hr1G098660.9
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G255400 KH domain containing protein, putative, expressed -
2 Sobic.003G096750 - -
3 Sobic.006G193801 - -
4 Sobic.008G040201 - K13100: pre-mRNA-splicing factor CWC22
5 Sobic.001G163500 - -
6 Sobic.004G103450 - -
7 Sobic.004G007133 - -
8 Sobic.001G291701 - -
9 Sobic.003G282400 OsMADS32 - MADS-box family gene with MIKCc type-box, expressed -
10 Sobic.003G129700 - -
11 Sobic.002G005900 - -
12 Sobic.002G312550 - -
13 Sobic.002G062400 - -
14 Sobic.009G158150 - -
15 Sobic.009G035000 expressed protein -
16 Sobic.008G041500 - -
17 Sobic.006G210266 - -
18 Sobic.009G143750 - -
19 Sobic.004G073232 - -
20 Sobic.001G152150 - -


Gene co-expression network
sample Sobic010G244400 Sobic010G244400 Sobic004G255400 Sobic004G255400 Sobic010G244400--Sobic004G255400 Sobic003G096750 Sobic003G096750 Sobic010G244400--Sobic003G096750 Sobic006G193801 Sobic006G193801 Sobic010G244400--Sobic006G193801 Sobic008G040201 Sobic008G040201 Sobic010G244400--Sobic008G040201 Sobic001G163500 Sobic001G163500 Sobic010G244400--Sobic001G163500 Sobic004G103450 Sobic004G103450 Sobic010G244400--Sobic004G103450 Sobic004G007133 Sobic004G007133 Sobic010G244400--Sobic004G007133 Sobic001G291701 Sobic001G291701 Sobic010G244400--Sobic001G291701 Sobic003G282400 Sobic003G282400 Sobic010G244400--Sobic003G282400 Sobic004G255400--Sobic003G096750 Sobic004G255400--Sobic001G163500 Sobic002G312550 Sobic002G312550 Sobic004G255400--Sobic002G312550 Sobic004G255400--Sobic004G103450 Sobic004G255400--Sobic010G244400 Sobic004G255400--Sobic001G291701 Sobic003G129700 Sobic003G129700 Sobic004G255400--Sobic003G129700 Sobic004G255400--Sobic008G040201 Sobic004G073232 Sobic004G073232 Sobic004G255400--Sobic004G073232 Sobic003G096750--Sobic002G312550 Sobic010G214150 Sobic010G214150 Sobic003G096750--Sobic010G214150 Sobic003G096750--Sobic004G103450 Sobic003G096750--Sobic001G291701 Sobic008G040501 Sobic008G040501 Sobic003G096750--Sobic008G040501 Sobic003G096750--Sobic008G040201 Sobic001G502801 Sobic001G502801 Sobic003G096750--Sobic001G502801 Sobic003G096750--Sobic004G073232 Sobic001G314350 Sobic001G314350 Sobic003G096750--Sobic001G314350 Sobic002G005900 Sobic002G005900 Sobic006G193801--Sobic002G005900 Sobic009G035000 Sobic009G035000 Sobic006G193801--Sobic009G035000 Sobic006G193801--Sobic001G163500 Sobic006G193801--Sobic003G282400 Sobic010G002600 Sobic010G002600 Sobic006G193801--Sobic010G002600 Sobic008G041500 Sobic008G041500 Sobic006G193801--Sobic008G041500 Sobic006G193801--Sobic003G129700 Sobic006G193801--Sobic008G040201 Sobic002G062400 Sobic002G062400 Sobic006G193801--Sobic002G062400 Sobic008G040201--Sobic001G291701 Sobic008G040201--Sobic004G103450 Sobic001G152150 Sobic001G152150 Sobic008G040201--Sobic001G152150 Sobic008G040201--Sobic006G193801 Sobic009G217450 Sobic009G217450 Sobic008G040201--Sobic009G217450 Sobic008G040201--Sobic004G073232 Sobic009G102550 Sobic009G102550 Sobic008G040201--Sobic009G102550 Sobic008G040201--Sobic003G096750 Sobic006G210266 Sobic006G210266 Sobic008G040201--Sobic006G210266 Sobic001G163500--Sobic003G129700 Sobic009G158150 Sobic009G158150 Sobic001G163500--Sobic009G158150 Sobic001G163500--Sobic002G062400 Sobic001G163500--Sobic003G282400 Sobic007G045750 Sobic007G045750 Sobic001G163500--Sobic007G045750 Sobic007G179100 Sobic007G179100 Sobic001G163500--Sobic007G179100 Sobic001G163500--Sobic008G041500 Sobic001G163500--Sobic002G312550 Sobic001G163500--Sobic006G193801 Sobic004G103450--Sobic001G291701 Sobic004G103450--Sobic008G040201 Sobic004G103450--Sobic004G073232 Sobic004G103450--Sobic009G217450 Sobic004G103450--Sobic001G152150 Sobic004G103450--Sobic003G096750 Sobic004G103450--Sobic009G102550 Sobic004G107550 Sobic004G107550 Sobic004G103450--Sobic004G107550 Sobic004G103450--Sobic006G193801 Sobic009G143750 Sobic009G143750 Sobic004G007133--Sobic009G143750 Sobic005G118900 Sobic005G118900 Sobic004G007133--Sobic005G118900 Sobic001G487900 Sobic001G487900 Sobic004G007133--Sobic001G487900 Sobic004G007133--Sobic001G502801 Sobic004G007133--Sobic004G107550 Sobic002G358450 Sobic002G358450 Sobic004G007133--Sobic002G358450 Sobic004G007133--Sobic008G040501 Sobic006G124800 Sobic006G124800 Sobic004G007133--Sobic006G124800 Sobic002G138400 Sobic002G138400 Sobic004G007133--Sobic002G138400 Sobic001G291701--Sobic008G040201 Sobic001G291701--Sobic004G103450 Sobic001G291701--Sobic001G152150 Sobic001G291701--Sobic004G073232 Sobic001G291701--Sobic009G217450 Sobic001G291701--Sobic006G193801 Sobic001G291701--Sobic003G096750 Sobic001G291701--Sobic009G102550 Sobic004G347000 Sobic004G347000 Sobic001G291701--Sobic004G347000 Sobic003G282400--Sobic002G062400 Sobic003G282400--Sobic001G163500 Sobic003G282400--Sobic003G129700 Sobic006G009200 Sobic006G009200 Sobic003G282400--Sobic006G009200 Sobic003G282400--Sobic008G041500 Sobic003G282400--Sobic009G035000 Sobic003G282400--Sobic007G045750 Sobic003G282400--Sobic006G193801 Sobic003G282400--Sobic009G158150
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.