Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G287700.1
Synonym Sb01g028240
Functional annotation plant-specific domain TIGR01570 family protein, expressed
UniProt C5WRB1
Pfam PF04759
Panther DB PTHR31696 PTHR31696:SF13
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G06990 : Protein of unknown function, DUF617
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g16320.1 : plant-specific domain TIGR01570 family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a024102 , Zm00025a035248
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G078000 - -
2 Sobic.009G170900 ATCHX15, putative, expressed -
3 Sobic.003G406060 - -
4 Sobic.007G136000 - -
5 Sobic.005G198600 OsFBX422 - F-box domain containing protein, expressed -
6 Sobic.006G189600 - -
7 Sobic.003G270900 expressed protein -
8 Sobic.010G028900 CAF1 family ribonuclease containing protein, putative, expressed K12581: CNOT7_8, CAF1, CCR4-NOT transcription complex subunit 7/8
9 Sobic.002G106700 OsWAK75 - OsWAK receptor-like protein kinase, expressed -
10 Sobic.007G007400 OsFBL38 - F-box domain and LRR containing protein, expressed -
11 Sobic.010G252550 - -
12 Sobic.008G091785 - -
13 Sobic.003G394000 - -
14 Sobic.005G200100 - -
15 Sobic.009G253600 Rf1, mitochondrial precursor, putative, expressed -
16 Sobic.010G138600 expressed protein -
17 Sobic.007G125200 cell division cycle protein 48, putative, expressed K13525: VCP, transitional endoplasmic reticulum ATPase
18 Sobic.001G135650 - -
19 Sobic.005G160801 - -
20 Sobic.005G191200 - K12858: DDX23, ATP-dependent RNA helicase DDX23/PRP28


Gene co-expression network
sample Sobic001G287700 Sobic001G287700 Sobic003G078000 Sobic003G078000 Sobic001G287700--Sobic003G078000 Sobic009G170900 Sobic009G170900 Sobic001G287700--Sobic009G170900 Sobic003G406060 Sobic003G406060 Sobic001G287700--Sobic003G406060 Sobic007G136000 Sobic007G136000 Sobic001G287700--Sobic007G136000 Sobic005G198600 Sobic005G198600 Sobic001G287700--Sobic005G198600 Sobic006G189600 Sobic006G189600 Sobic001G287700--Sobic006G189600 Sobic003G270900 Sobic003G270900 Sobic001G287700--Sobic003G270900 Sobic010G028900 Sobic010G028900 Sobic001G287700--Sobic010G028900 Sobic002G106700 Sobic002G106700 Sobic001G287700--Sobic002G106700 Sobic003G078000--Sobic002G106700 Sobic007G007400 Sobic007G007400 Sobic003G078000--Sobic007G007400 Sobic008G091785 Sobic008G091785 Sobic003G078000--Sobic008G091785 Sobic003G078000--Sobic003G406060 Sobic003G078000--Sobic005G198600 Sobic003G078000--Sobic006G189600 Sobic009G253600 Sobic009G253600 Sobic003G078000--Sobic009G253600 Sobic001G135650 Sobic001G135650 Sobic003G078000--Sobic001G135650 Sobic010G138600 Sobic010G138600 Sobic003G078000--Sobic010G138600 Sobic005G160801 Sobic005G160801 Sobic009G170900--Sobic005G160801 Sobic009G170900--Sobic007G136000 Sobic004G252850 Sobic004G252850 Sobic009G170900--Sobic004G252850 Sobic004G200100 Sobic004G200100 Sobic009G170900--Sobic004G200100 Sobic001G251000 Sobic001G251000 Sobic009G170900--Sobic001G251000 Sobic009G170900--Sobic003G406060 Sobic010G082300 Sobic010G082300 Sobic009G170900--Sobic010G082300 Sobic005G200100 Sobic005G200100 Sobic009G170900--Sobic005G200100 Sobic002G381800 Sobic002G381800 Sobic009G170900--Sobic002G381800 Sobic005G191200 Sobic005G191200 Sobic003G406060--Sobic005G191200 Sobic003G406060--Sobic005G200100 Sobic003G406060--Sobic006G189600 Sobic003G406060--Sobic001G251000 Sobic010G014850 Sobic010G014850 Sobic003G406060--Sobic010G014850 SobicK028900 SobicK028900 Sobic003G406060--SobicK028900 Sobic003G406060--Sobic002G106700 Sobic003G406060--Sobic003G078000 Sobic008G164000 Sobic008G164000 Sobic003G406060--Sobic008G164000 Sobic007G136000--Sobic009G170900 Sobic007G136000--Sobic005G160801 Sobic007G136000--Sobic004G200100 Sobic005G067200 Sobic005G067200 Sobic007G136000--Sobic005G067200 Sobic007G136000--Sobic003G078000 Sobic007G136000--Sobic006G189600 Sobic007G136000--Sobic003G406060 Sobic007G136000--Sobic005G198600 Sobic003G394000 Sobic003G394000 Sobic007G136000--Sobic003G394000 Sobic005G198600--Sobic006G189600 Sobic005G198600--Sobic003G078000 Sobic005G198600--Sobic003G406060 Sobic005G198600--Sobic002G106700 Sobic005G198600--Sobic008G091785 Sobic005G198600--Sobic008G164000 Sobic005G198600--Sobic007G007400 Sobic005G198600--Sobic001G135650 Sobic005G198600--Sobic005G191200 Sobic006G189600--Sobic003G406060 Sobic006G189600--Sobic005G198600 Sobic006G189600--Sobic003G078000 Sobic006G189600--Sobic002G106700 Sobic006G189600--Sobic005G191200 Sobic006G189600--Sobic008G091785 Sobic001G144150 Sobic001G144150 Sobic006G189600--Sobic001G144150 Sobic006G189600--Sobic008G164000 Sobic001G140950 Sobic001G140950 Sobic006G189600--Sobic001G140950 Sobic010G181701 Sobic010G181701 Sobic003G270900--Sobic010G181701 Sobic003G270900--Sobic005G200100 Sobic003G270900--Sobic001G251000 Sobic009G176200 Sobic009G176200 Sobic003G270900--Sobic009G176200 Sobic004G348000 Sobic004G348000 Sobic003G270900--Sobic004G348000 Sobic004G048900 Sobic004G048900 Sobic003G270900--Sobic004G048900 Sobic003G270900--Sobic010G082300 Sobic010G217700 Sobic010G217700 Sobic003G270900--Sobic010G217700 Sobic003G302532 Sobic003G302532 Sobic003G270900--Sobic003G302532 Sobic010G028900--Sobic003G302532 Sobic010G052900 Sobic010G052900 Sobic010G028900--Sobic010G052900 Sobic002G248700 Sobic002G248700 Sobic010G028900--Sobic002G248700 Sobic006G197900 Sobic006G197900 Sobic010G028900--Sobic006G197900 Sobic010G028900--Sobic001G251000 Sobic010G028900--Sobic010G217700 Sobic010G028900--Sobic010G181701 Sobic010G028900--Sobic005G200100 Sobic009G125100 Sobic009G125100 Sobic010G028900--Sobic009G125100 Sobic002G106700--Sobic008G091785 Sobic002G106700--Sobic007G007400 Sobic002G106700--Sobic001G135650 Sobic006G230000 Sobic006G230000 Sobic002G106700--Sobic006G230000 Sobic002G106700--Sobic008G164000 Sobic002G106700--Sobic003G078000 Sobic002G106700--Sobic009G253600 Sobic002G106700--Sobic010G138600 Sobic002G106700--Sobic003G406060
Octagon: transcription factors


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