Gene annotation
Transcriptome id Sobic.007G125200.1
Synonym Sb07g020190
Functional annotation cell division cycle protein 48, putative, expressed
UniProt C5YKV0
Pfam PF05496 PF02933 PF02359
Panther DB PTHR23077 PTHR23077:SF73
NCBI CDD -
KEGG Orthology K13525; VCP, transitional endoplasmic reticulum ATPase
Gene Ontology GO:0009378; four-way junction helicase activity GO:0006310DNA recombination GO:0006281DNA repair


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G03340 : ATPase, AAA-type, CDC48 protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os08g31870.1 : cell division cycle protein 48, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a031027 , Zm00025a031028
Brachypodium KQK17533 , KQK17532 , KQK15975 , PNT68092 , PNT75003 , KQK23711
Barley HORVU3Hr1G029450.3 , HORVU3Hr1G029450.2 , HORVU3Hr1G029450.1 , HORVU0Hr1G006340.1 , HORVU5Hr1G069560.1 , HORVU0Hr1G021880.1 , HORVU1Hr1G093600.5 , HORVU1Hr1G093600.4 , HORVU1Hr1G093600.1 , HORVU1Hr1G093600.3 , HORVU1Hr1G093600.2 , HORVU6Hr1G053620.1 , HORVU7Hr1G091480.2 , HORVU7Hr1G091480.1 , HORVU5Hr1G065280.6 , HORVU5Hr1G065280.7 , HORVU2Hr1G011690.5 , HORVU2Hr1G011690.4 , HORVU2Hr1G011690.3 , HORVU2Hr1G011690.2 , HORVU2Hr1G011690.1 , HORVU3Hr1G029440.1
Wheat TraesCS7D02G381400 , TraesCS7D02G381400 , TraesCS2A02G060000 , TraesCS7A02G384900
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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Gene co-expression network
sample Sobic007G125200 Sobic007G125200 Sobic003G406060 Sobic003G406060 Sobic007G125200--Sobic003G406060 Sobic005G198600 Sobic005G198600 Sobic007G125200--Sobic005G198600 Sobic005G200100 Sobic005G200100 Sobic007G125200--Sobic005G200100 Sobic009G170900 Sobic009G170900 Sobic007G125200--Sobic009G170900 Sobic005G191200 Sobic005G191200 Sobic007G125200--Sobic005G191200 Sobic001G251000 Sobic001G251000 Sobic007G125200--Sobic001G251000 Sobic003G302532 Sobic003G302532 Sobic007G125200--Sobic003G302532 Sobic006G189600 Sobic006G189600 Sobic007G125200--Sobic006G189600 Sobic001G186700 Sobic001G186700 Sobic007G125200--Sobic001G186700 Sobic003G406060--Sobic005G191200 Sobic003G406060--Sobic005G200100 Sobic003G406060--Sobic006G189600 Sobic003G406060--Sobic001G251000 Sobic010G014850 Sobic010G014850 Sobic003G406060--Sobic010G014850 SobicK028900 SobicK028900 Sobic003G406060--SobicK028900 Sobic002G106700 Sobic002G106700 Sobic003G406060--Sobic002G106700 Sobic003G078000 Sobic003G078000 Sobic003G406060--Sobic003G078000 Sobic008G164000 Sobic008G164000 Sobic003G406060--Sobic008G164000 Sobic005G198600--Sobic006G189600 Sobic005G198600--Sobic003G078000 Sobic005G198600--Sobic003G406060 Sobic005G198600--Sobic002G106700 Sobic008G091785 Sobic008G091785 Sobic005G198600--Sobic008G091785 Sobic005G198600--Sobic008G164000 Sobic007G007400 Sobic007G007400 Sobic005G198600--Sobic007G007400 Sobic001G135650 Sobic001G135650 Sobic005G198600--Sobic001G135650 Sobic005G198600--Sobic005G191200 Sobic005G200100--Sobic001G251000 Sobic005G200100--Sobic003G406060 Sobic005G200100--Sobic003G302532 Sobic004G348000 Sobic004G348000 Sobic005G200100--Sobic004G348000 Sobic001G252151 Sobic001G252151 Sobic005G200100--Sobic001G252151 Sobic005G200100--Sobic010G014850 Sobic005G200100--Sobic005G191200 Sobic010G158050 Sobic010G158050 Sobic005G200100--Sobic010G158050 Sobic004G059200 Sobic004G059200 Sobic005G200100--Sobic004G059200 Sobic005G160801 Sobic005G160801 Sobic009G170900--Sobic005G160801 Sobic007G136000 Sobic007G136000 Sobic009G170900--Sobic007G136000 Sobic004G252850 Sobic004G252850 Sobic009G170900--Sobic004G252850 Sobic004G200100 Sobic004G200100 Sobic009G170900--Sobic004G200100 Sobic009G170900--Sobic001G251000 Sobic009G170900--Sobic003G406060 Sobic010G082300 Sobic010G082300 Sobic009G170900--Sobic010G082300 Sobic009G170900--Sobic005G200100 Sobic002G381800 Sobic002G381800 Sobic009G170900--Sobic002G381800 Sobic005G191200--Sobic010G014850 Sobic005G191200--Sobic003G406060 Sobic003G075300 Sobic003G075300 Sobic005G191200--Sobic003G075300 Sobic005G191200--SobicK028900 Sobic001G144150 Sobic001G144150 Sobic005G191200--Sobic001G144150 Sobic005G191200--Sobic010G158050 Sobic005G191200--Sobic008G164000 Sobic005G191200--Sobic005G200100 Sobic010G012700 Sobic010G012700 Sobic005G191200--Sobic010G012700 Sobic001G251000--Sobic005G200100 Sobic001G251000--Sobic004G348000 Sobic001G251000--Sobic003G302532 Sobic001G251000--Sobic001G252151 Sobic001G251000--Sobic004G059200 Sobic009G125100 Sobic009G125100 Sobic001G251000--Sobic009G125100 Sobic001G251000--Sobic004G252850 Sobic010G026200 Sobic010G026200 Sobic001G251000--Sobic010G026200 Sobic001G251000--Sobic003G406060 Sobic003G302532--Sobic001G251000 Sobic003G302532--Sobic005G200100 Sobic003G302532--Sobic004G348000 Sobic003G302532--Sobic009G125100 Sobic003G302532--Sobic004G059200 Sobic003G302532--Sobic001G252151 Sobic003G302532--Sobic004G252850 Sobic010G217700 Sobic010G217700 Sobic003G302532--Sobic010G217700 Sobic001G272100 Sobic001G272100 Sobic003G302532--Sobic001G272100 Sobic006G189600--Sobic003G406060 Sobic006G189600--Sobic005G198600 Sobic006G189600--Sobic003G078000 Sobic006G189600--Sobic002G106700 Sobic006G189600--Sobic005G191200 Sobic006G189600--Sobic008G091785 Sobic006G189600--Sobic001G144150 Sobic006G189600--Sobic008G164000 Sobic001G140950 Sobic001G140950 Sobic006G189600--Sobic001G140950 Sobic001G186700--Sobic001G144150 Sobic003G145250 Sobic003G145250 Sobic001G186700--Sobic003G145250 Sobic009G030001 Sobic009G030001 Sobic001G186700--Sobic009G030001 Sobic001G186700--Sobic005G191200 Sobic005G199800 Sobic005G199800 Sobic001G186700--Sobic005G199800 Sobic001G186700--Sobic003G075300 Sobic003G191300 Sobic003G191300 Sobic001G186700--Sobic003G191300 Sobic001G186700--Sobic010G012700 Sobic005G041450 Sobic005G041450 Sobic001G186700--Sobic005G041450
Octagon: transcription factors


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