Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G423200.1
Synonym Sb01g039790
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence. (PubMedID : 27586543)
pentatricopeptide, putative, expressed
UniProt A0A1B6QP82
Pfam PF13041 PF01535
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF544
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G59600 : Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g16450.1 : pentatricopeptide, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a001803
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.001G420150 - -
2 Sobic.001G255866 - -
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9 Sobic.009G257000 - -
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13 Sobic.004G332200 - -
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17 Sobic.007G085400 NBS-LRR disease resistance protein, putative, expressed -
18 Sobic.004G127733 - -
19 Sobic.006G176900 - -
20 Sobic.004G115100 DNA-directed RNA polymerase subunit beta, putative, expressed K03043: DNA-directed RNA polymerase subunit beta


Gene co-expression network
sample Sobic001G423200 Sobic001G423200 Sobic001G420150 Sobic001G420150 Sobic001G423200--Sobic001G420150 Sobic001G255866 Sobic001G255866 Sobic001G423200--Sobic001G255866 Sobic007G116300 Sobic007G116300 Sobic001G423200--Sobic007G116300 Sobic007G090433 Sobic007G090433 Sobic001G423200--Sobic007G090433 Sobic001G093400 Sobic001G093400 Sobic001G423200--Sobic001G093400 Sobic004G276600 Sobic004G276600 Sobic001G423200--Sobic004G276600 Sobic004G129400 Sobic004G129400 Sobic001G423200--Sobic004G129400 Sobic006G035350 Sobic006G035350 Sobic001G423200--Sobic006G035350 Sobic009G257000 Sobic009G257000 Sobic001G423200--Sobic009G257000 Sobic001G420150--Sobic007G116300 Sobic001G420150--Sobic001G093400 Sobic001G420150--Sobic004G276600 Sobic001G420150--Sobic001G423200 Sobic001G420150--Sobic001G255866 Sobic001G420150--Sobic007G090433 Sobic001G420150--Sobic004G129400 Sobic004G133201 Sobic004G133201 Sobic001G420150--Sobic004G133201 Sobic003G169700 Sobic003G169700 Sobic001G420150--Sobic003G169700 Sobic001G255866--Sobic007G090433 Sobic001G255866--Sobic009G257000 Sobic001G255866--Sobic001G420150 Sobic003G394701 Sobic003G394701 Sobic001G255866--Sobic003G394701 Sobic001G255866--Sobic001G423200 Sobic001G255866--Sobic007G116300 Sobic001G255866--Sobic001G093400 Sobic006G107766 Sobic006G107766 Sobic001G255866--Sobic006G107766 Sobic001G255866--Sobic004G133201 Sobic007G116300--Sobic001G420150 Sobic007G116300--Sobic001G093400 Sobic007G116300--Sobic001G255866 Sobic007G116300--Sobic007G090433 Sobic007G116300--Sobic001G423200 Sobic007G116300--Sobic004G276600 Sobic009G260550 Sobic009G260550 Sobic007G116300--Sobic009G260550 Sobic007G116300--Sobic004G129400 Sobic006G059150 Sobic006G059150 Sobic007G116300--Sobic006G059150 Sobic007G090433--Sobic001G255866 Sobic007G090433--Sobic007G116300 Sobic007G090433--Sobic004G276600 Sobic007G090433--Sobic009G257000 Sobic007G090433--Sobic001G420150 Sobic007G090433--Sobic001G093400 Sobic007G090433--Sobic003G394701 Sobic007G090433--Sobic001G423200 Sobic007G090433--Sobic004G133201 Sobic001G093400--Sobic007G116300 Sobic001G093400--Sobic001G420150 Sobic001G093400--Sobic009G260550 Sobic001G093400--Sobic009G257000 Sobic001G093400--Sobic001G255866 Sobic001G093400--Sobic003G169700 Sobic001G093400--Sobic007G090433 Sobic001G093400--Sobic004G276600 Sobic001G093400--Sobic001G423200 Sobic004G276600--Sobic001G420150 Sobic004G276600--Sobic007G090433 Sobic004G276600--Sobic007G116300 Sobic005G154600 Sobic005G154600 Sobic004G276600--Sobic005G154600 Sobic004G276600--Sobic001G093400 Sobic004G276600--Sobic001G255866 Sobic004G276600--Sobic004G133201 Sobic004G276600--Sobic001G423200 Sobic006G261650 Sobic006G261650 Sobic004G276600--Sobic006G261650 Sobic003G112100 Sobic003G112100 Sobic004G129400--Sobic003G112100 Sobic004G129400--Sobic003G394701 Sobic003G169550 Sobic003G169550 Sobic004G129400--Sobic003G169550 Sobic008G156800 Sobic008G156800 Sobic004G129400--Sobic008G156800 Sobic004G274300 Sobic004G274300 Sobic004G129400--Sobic004G274300 Sobic006G176900 Sobic006G176900 Sobic004G129400--Sobic006G176900 Sobic004G129400--Sobic001G255866 Sobic007G046700 Sobic007G046700 Sobic004G129400--Sobic007G046700 Sobic004G129400--Sobic004G133201 Sobic008G093300 Sobic008G093300 Sobic006G035350--Sobic008G093300 Sobic010G247750 Sobic010G247750 Sobic006G035350--Sobic010G247750 Sobic004G127733 Sobic004G127733 Sobic006G035350--Sobic004G127733 Sobic008G100201 Sobic008G100201 Sobic006G035350--Sobic008G100201 Sobic003G260500 Sobic003G260500 Sobic006G035350--Sobic003G260500 Sobic004G115100 Sobic004G115100 Sobic006G035350--Sobic004G115100 Sobic010G143700 Sobic010G143700 Sobic006G035350--Sobic010G143700 Sobic007G103200 Sobic007G103200 Sobic006G035350--Sobic007G103200 Sobic007G127200 Sobic007G127200 Sobic006G035350--Sobic007G127200 Sobic009G257000--Sobic001G255866 Sobic006G107700 Sobic006G107700 Sobic009G257000--Sobic006G107700 Sobic009G257000--Sobic003G394701 Sobic009G257000--Sobic001G093400 Sobic009G257000--Sobic007G090433 Sobic009G257000--Sobic007G046700 Sobic009G257000--Sobic004G133201 Sobic009G210250 Sobic009G210250 Sobic009G257000--Sobic009G210250 Sobic003G056200 Sobic003G056200 Sobic009G257000--Sobic003G056200
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