Gene annotation
Transcriptome id Sobic.001G491700.1
Synonym
Functional annotation PPR repeat domain containing protein, putative, expressed
UniProt A0A1B6QQA0
Pfam PF01535 PF13041
Panther DB PTHR24015 PTHR24015:SF787
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT5G15280 : Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os03g07220.1 : PPR repeat domain containing protein, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a000837
Brachypodium PNT78116 , PNT78115
Barley HORVU4Hr1G074790.11 , HORVU4Hr1G074790.10 , HORVU4Hr1G074790.9 , HORVU4Hr1G074790.8 , HORVU4Hr1G074790.5 , HORVU4Hr1G074790.4 , HORVU4Hr1G074790.7 , HORVU4Hr1G074790.6 , HORVU4Hr1G074790.1 , HORVU4Hr1G074790.3 , HORVU4Hr1G074790.2
Wheat TraesCS4A02G019600 , TraesCS4D02G283105 , TraesCS4B02G284400 , TraesCS4B02G284400
Populus -


JBrowse

Open New Page


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G096566 - -
2 Sobic.004G349500 membrane associated DUF588 domain containing protein, putative, expressed -
3 Sobic.004G351932 - -
4 Sobic.006G084701 - -
5 Sobic.002G358900 SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence.(PubMedID : 27586543)@pentatricopeptide repeat domain containing protein, putative, expressed -
6 Sobic.002G105501 - -
7 Sobic.001G005400 - -
8 Sobic.007G220066 - -
9 Sobic.004G051500 OsMADS80 - MADS-box family gene with M-alpha type-box, expressed -
10 Sobic.001G522800 - -
11 Sobic.003G256400 - -
12 Sobic.001G250900 - -
13 Sobic.003G120200 - -
14 Sobic.005G151000 protein kinase domain containing protein, expressed -
15 Sobic.009G205000 pentatricopeptide repeat protein PPR986-12, putative, expressed -
16 Sobic.005G110550 - -
17 Sobic.004G251701 - -
18 Sobic.003G292500 ATP-dependent protease La, putative, expressed K11793: cereblon
19 Sobic.004G043101 - -
20 Sobic.004G252850 - -


Gene co-expression network
sample Sobic001G491700 Sobic001G491700 Sobic009G096566 Sobic009G096566 Sobic001G491700--Sobic009G096566 Sobic004G349500 Sobic004G349500 Sobic001G491700--Sobic004G349500 Sobic004G351932 Sobic004G351932 Sobic001G491700--Sobic004G351932 Sobic006G084701 Sobic006G084701 Sobic001G491700--Sobic006G084701 Sobic002G358900 Sobic002G358900 Sobic001G491700--Sobic002G358900 Sobic002G105501 Sobic002G105501 Sobic001G491700--Sobic002G105501 Sobic001G005400 Sobic001G005400 Sobic001G491700--Sobic001G005400 Sobic007G220066 Sobic007G220066 Sobic001G491700--Sobic007G220066 Sobic004G051500 Sobic004G051500 Sobic001G491700--Sobic004G051500 Sobic009G096566--Sobic004G349500 Sobic009G096566--Sobic001G005400 Sobic009G096566--Sobic004G351932 Sobic009G096566--Sobic002G105501 Sobic009G096566--Sobic007G220066 Sobic009G096566--Sobic004G051500 Sobic001G522800 Sobic001G522800 Sobic009G096566--Sobic001G522800 Sobic004G252850 Sobic004G252850 Sobic009G096566--Sobic004G252850 Sobic005G151000 Sobic005G151000 Sobic009G096566--Sobic005G151000 Sobic004G349500--Sobic009G096566 Sobic004G349500--Sobic001G005400 Sobic004G349500--Sobic004G351932 Sobic004G349500--Sobic001G522800 Sobic004G349500--Sobic004G051500 Sobic004G349500--Sobic004G252850 Sobic003G307500 Sobic003G307500 Sobic004G349500--Sobic003G307500 Sobic004G251701 Sobic004G251701 Sobic004G349500--Sobic004G251701 Sobic004G349500--Sobic002G105501 Sobic004G351932--Sobic004G349500 Sobic004G351932--Sobic009G096566 Sobic004G351932--Sobic001G005400 Sobic004G351932--Sobic001G522800 Sobic004G351932--Sobic004G051500 Sobic004G351932--Sobic004G252850 Sobic004G351932--Sobic003G307500 Sobic010G082300 Sobic010G082300 Sobic004G351932--Sobic010G082300 Sobic004G351932--Sobic004G251701 Sobic003G089900 Sobic003G089900 Sobic006G084701--Sobic003G089900 Sobic007G172900 Sobic007G172900 Sobic006G084701--Sobic007G172900 Sobic006G084701--Sobic005G151000 Sobic006G084701--Sobic009G096566 Sobic003G120200 Sobic003G120200 Sobic006G084701--Sobic003G120200 Sobic006G084701--Sobic002G105501 Sobic006G084701--Sobic007G220066 Sobic010G046200 Sobic010G046200 Sobic006G084701--Sobic010G046200 Sobic002G303200 Sobic002G303200 Sobic006G084701--Sobic002G303200 Sobic005G110550 Sobic005G110550 Sobic002G358900--Sobic005G110550 Sobic002G037900 Sobic002G037900 Sobic002G358900--Sobic002G037900 Sobic004G199400 Sobic004G199400 Sobic002G358900--Sobic004G199400 Sobic002G358900--Sobic001G491700 Sobic009G205000 Sobic009G205000 Sobic002G358900--Sobic009G205000 Sobic005G024600 Sobic005G024600 Sobic002G358900--Sobic005G024600 Sobic006G085800 Sobic006G085800 Sobic002G358900--Sobic006G085800 Sobic010G123100 Sobic010G123100 Sobic002G358900--Sobic010G123100 Sobic003G399900 Sobic003G399900 Sobic002G358900--Sobic003G399900 Sobic002G105501--Sobic007G220066 Sobic009G066000 Sobic009G066000 Sobic002G105501--Sobic009G066000 Sobic007G139950 Sobic007G139950 Sobic002G105501--Sobic007G139950 Sobic002G105501--Sobic009G096566 Sobic006G115400 Sobic006G115400 Sobic002G105501--Sobic006G115400 Sobic003G386350 Sobic003G386350 Sobic002G105501--Sobic003G386350 Sobic002G105501--Sobic004G349500 Sobic003G331550 Sobic003G331550 Sobic002G105501--Sobic003G331550 Sobic002G105501--Sobic010G046200 Sobic001G005400--Sobic004G349500 Sobic001G005400--Sobic009G096566 Sobic001G005400--Sobic004G351932 Sobic001G005400--Sobic004G252850 Sobic001G005400--Sobic001G522800 Sobic001G005400--Sobic004G051500 Sobic002G381800 Sobic002G381800 Sobic001G005400--Sobic002G381800 Sobic001G005400--Sobic010G082300 Sobic001G005400--Sobic003G307500 Sobic007G220066--Sobic002G105501 Sobic007G220066--Sobic009G066000 Sobic007G220066--Sobic007G139950 Sobic007G220066--Sobic009G096566 Sobic007G220066--Sobic006G115400 Sobic007G220066--Sobic003G386350 Sobic007G220066--Sobic004G349500 Sobic007G220066--Sobic003G331550 Sobic007G220066--Sobic010G046200 Sobic004G051500--Sobic001G522800 Sobic004G051500--Sobic004G252850 Sobic004G051500--Sobic003G307500 Sobic004G051500--Sobic004G349500 Sobic004G051500--Sobic004G351932 Sobic004G051500--Sobic001G005400 Sobic009G021000 Sobic009G021000 Sobic004G051500--Sobic009G021000 Sobic006G066050 Sobic006G066050 Sobic004G051500--Sobic006G066050 Sobic004G051500--Sobic010G082300
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.