Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G292500.4,Sobic.003G292500.11,Sobic.003G292500.7,Sobic.003G292500.2,Sobic.003G292500.1,Sobic.003G292500.10,Sobic.003G292500.14,Sobic.003G292500.6,Sobic.003G292500.13,Sobic.003G292500.12
Synonym Sb03g034290
Functional annotation ATP-dependent protease La, putative, expressed
UniProt A0A1B6Q603 , A0A1B6Q608 , A0A1W0VZH1 , A0A1B6Q602 , A0A1B6Q604 , A0A1B6Q610 , A0A1B6Q606 , A0A1B6Q609
Pfam PF02190
Panther DB PTHR14255 PTHR14255:SF8 PTHR14255:SF8 PTHR14255
NCBI CDD KOG1400; Predicted ATP-dependent protease PIL, contains LON domain
KEGG Orthology K11793; cereblon
Gene Ontology GO:0006508; proteolysis GO:0004176ATP-dependent peptidase activity GO:0004176ATP-dependent peptidase activity GO:0006508proteolysis


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT2G25740 : ATP-dependent protease La (LON) domain protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g54040.2,LOC_Os01g54040.1,LOC_Os01g54040.3 : ATP-dependent protease La, putative, expressed
MaizeGDB (Corn) Zm00025a027641
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.004G078400 leucine-rich repeat receptor protein kinase EXS precursor, putative, expressed -
2 Sobic.010G103000 expressed protein -
3 Sobic.005G110550 - -
4 Sobic.001G491700 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
5 Sobic.003G379400 PHD-finger domain containing protein, putative -
6 Sobic.001G250800 ulp1 protease family, C-terminal catalytic domain containing protein, expressed -
7 Sobic.006G236100 - -
8 Sobic.004G131350 - -
9 Sobic.003G301400 DNA-directed polymerase, putative, expressed K03509: DNA polymerase eta
10 Sobic.010G094750 - -
11 Sobic.008G153900 helix-loop-helix DNA-binding domain containing protein, expressed -
12 Sobic.007G141001 - -
13 Sobic.007G139950 - -
14 Sobic.009G244450 - -
15 Sobic.003G162200 IPP transferase, putative, expressed K10760: adenylate dimethylallyltransferase (cytokinin synthase)
16 Sobic.009G066000 hydrolase, alpha/beta fold family domain containing protein, expressed -
17 Sobic.006G115400 ZOS4-08 - C2H2 zinc finger protein, expressed -
18 Sobic.003G064600 - -
19 Sobic.001G509000 cell division control protein 48 homolog E, putative, expressed -
20 Sobic.006G053500 expressed protein K10990: RMI1, RecQ-mediated genome instability protein 1


Gene co-expression network
sample Sobic003G292500 Sobic003G292500 Sobic004G078400 Sobic004G078400 Sobic003G292500--Sobic004G078400 Sobic010G103000 Sobic010G103000 Sobic003G292500--Sobic010G103000 Sobic005G110550 Sobic005G110550 Sobic003G292500--Sobic005G110550 Sobic001G491700 Sobic001G491700 Sobic003G292500--Sobic001G491700 Sobic003G379400 Sobic003G379400 Sobic003G292500--Sobic003G379400 Sobic001G250800 Sobic001G250800 Sobic003G292500--Sobic001G250800 Sobic006G236100 Sobic006G236100 Sobic003G292500--Sobic006G236100 Sobic004G131350 Sobic004G131350 Sobic003G292500--Sobic004G131350 Sobic003G301400 Sobic003G301400 Sobic003G292500--Sobic003G301400 Sobic004G078400--Sobic010G103000 Sobic010G129900 Sobic010G129900 Sobic004G078400--Sobic010G129900 Sobic003G188900 Sobic003G188900 Sobic004G078400--Sobic003G188900 Sobic007G069750 Sobic007G069750 Sobic004G078400--Sobic007G069750 Sobic005G199500 Sobic005G199500 Sobic004G078400--Sobic005G199500 Sobic001G112300 Sobic001G112300 Sobic004G078400--Sobic001G112300 Sobic002G213050 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Octagon: transcription factors


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