Gene annotation
Transcriptome id Sobic.003G379400.1
Synonym Sb03g041890
Functional annotation PHD-finger domain containing protein, putative
UniProt C5XEL3
Pfam PF00628
Panther DB PTHR10615 PTHR10615:SF104
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology GO:0005515; protein binding


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT1G77250 : RING/FYVE/PHD-type zinc finger family protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os01g66070.1 : PHD-finger domain containing protein, putative
MaizeGDB (Corn) Zm00025a026551
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


JBrowse

Open New Page


cDNA sequences
Sobic.003G379400


Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


Find similar expressed genes
Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.003G379301 - -
2 Sobic.003G434800 PPR repeat domain containing protein, putative, expressed -
3 Sobic.003G354300 csAtPR5, putative, expressed -
4 Sobic.003G161100 powdery mildew resistance protein PM3A, putative, expressed -
5 Sobic.004G099800 expressed protein K14376: poly(A) polymerase
6 Sobic.003G332700 Os1bglu5 - beta-glucosidase homologue, similar to G. max isohydroxyurate hydrolase, expressed K01188: beta-glucosidase
7 Sobic.007G192600 FACT complex subunit SPT16, putative, expressed -
8 Sobic.003G292500 ATP-dependent protease La, putative, expressed K11793: cereblon
9 Sobic.001G530900 expressed protein -
10 Sobic.009G242100 chloroplast unusual positioning protein, putative, expressed -
11 Sobic.001G062900 peptidase, putative, expressed K01301: N-acetylated-alpha-linked acidic dipeptidase
12 Sobic.001G528800 cell cycle control protein, putative, expressed -
13 Sobic.005G118400 expressed protein -
14 Sobic.001G073900 lactate/malate dehydrogenase, putative, expressed K00026: malate dehydrogenase
15 Sobic.008G001900 mitochondrial substrate carrier family protein, putative, expressed -
16 Sobic.003G290800 starch binding domain containing protein, putative, expressed -
17 Sobic.002G220900 expressed protein -
18 Sobic.009G215500 transcription initiation factor IIB, putative, expressed K15196: BRF1, transcription factor IIIB 90 kDa subunit
19 Sobic.001G016201 - -
20 Sobic.004G235600 mTERF family protein, expressed K15032: mTERF domain-containing protein, mitochondrial


Gene co-expression network
sample Sobic003G379400 Sobic003G379400 Sobic003G379301 Sobic003G379301 Sobic003G379400--Sobic003G379301 Sobic003G434800 Sobic003G434800 Sobic003G379400--Sobic003G434800 Sobic003G354300 Sobic003G354300 Sobic003G379400--Sobic003G354300 Sobic003G161100 Sobic003G161100 Sobic003G379400--Sobic003G161100 Sobic004G099800 Sobic004G099800 Sobic003G379400--Sobic004G099800 Sobic003G332700 Sobic003G332700 Sobic003G379400--Sobic003G332700 Sobic007G192600 Sobic007G192600 Sobic003G379400--Sobic007G192600 Sobic003G292500 Sobic003G292500 Sobic003G379400--Sobic003G292500 Sobic001G530900 Sobic001G530900 Sobic003G379400--Sobic001G530900 Sobic003G379301--Sobic003G379400 Sobic002G402700 Sobic002G402700 Sobic003G379301--Sobic002G402700 Sobic001G062900 Sobic001G062900 Sobic003G379301--Sobic001G062900 Sobic004G179400 Sobic004G179400 Sobic003G379301--Sobic004G179400 Sobic010G125833 Sobic010G125833 Sobic003G379301--Sobic010G125833 Sobic005G001700 Sobic005G001700 Sobic003G379301--Sobic005G001700 Sobic001G521200 Sobic001G521200 Sobic003G379301--Sobic001G521200 Sobic006G093100 Sobic006G093100 Sobic003G379301--Sobic006G093100 Sobic007G133000 Sobic007G133000 Sobic003G379301--Sobic007G133000 Sobic003G290800 Sobic003G290800 Sobic003G434800--Sobic003G290800 Sobic002G413600 Sobic002G413600 Sobic003G434800--Sobic002G413600 Sobic010G110400 Sobic010G110400 Sobic003G434800--Sobic010G110400 Sobic002G118200 Sobic002G118200 Sobic003G434800--Sobic002G118200 Sobic003G203300 Sobic003G203300 Sobic003G434800--Sobic003G203300 Sobic003G434800--Sobic007G192600 Sobic005G118400 Sobic005G118400 Sobic003G434800--Sobic005G118400 Sobic001G219700 Sobic001G219700 Sobic003G434800--Sobic001G219700 Sobic003G434800--Sobic003G379400 Sobic004G034800 Sobic004G034800 Sobic003G354300--Sobic004G034800 Sobic007G020500 Sobic007G020500 Sobic003G354300--Sobic007G020500 Sobic004G354200 Sobic004G354200 Sobic003G354300--Sobic004G354200 Sobic007G193700 Sobic007G193700 Sobic003G354300--Sobic007G193700 Sobic002G168300 Sobic002G168300 Sobic003G354300--Sobic002G168300 Sobic003G138500 Sobic003G138500 Sobic003G354300--Sobic003G138500 Sobic003G354300--Sobic003G161100 Sobic010G176550 Sobic010G176550 Sobic003G354300--Sobic010G176550 Sobic006G216100 Sobic006G216100 Sobic003G354300--Sobic006G216100 Sobic001G037500 Sobic001G037500 Sobic003G161100--Sobic001G037500 Sobic003G161000 Sobic003G161000 Sobic003G161100--Sobic003G161000 Sobic009G127400 Sobic009G127400 Sobic003G161100--Sobic009G127400 Sobic004G206200 Sobic004G206200 Sobic003G161100--Sobic004G206200 Sobic002G042500 Sobic002G042500 Sobic003G161100--Sobic002G042500 Sobic007G085800 Sobic007G085800 Sobic003G161100--Sobic007G085800 Sobic001G016201 Sobic001G016201 Sobic003G161100--Sobic001G016201 Sobic002G114700 Sobic002G114700 Sobic003G161100--Sobic002G114700 Sobic001G261573 Sobic001G261573 Sobic003G161100--Sobic001G261573 Sobic006G079400 Sobic006G079400 Sobic004G099800--Sobic006G079400 Sobic003G037700 Sobic003G037700 Sobic004G099800--Sobic003G037700 Sobic010G232200 Sobic010G232200 Sobic004G099800--Sobic010G232200 Sobic002G145101 Sobic002G145101 Sobic004G099800--Sobic002G145101 Sobic004G007100 Sobic004G007100 Sobic004G099800--Sobic004G007100 Sobic006G048500 Sobic006G048500 Sobic004G099800--Sobic006G048500 Sobic004G326200 Sobic004G326200 Sobic004G099800--Sobic004G326200 Sobic005G144400 Sobic005G144400 Sobic004G099800--Sobic005G144400 Sobic002G243900 Sobic002G243900 Sobic004G099800--Sobic002G243900 Sobic001G073900 Sobic001G073900 Sobic003G332700--Sobic001G073900 Sobic008G001900 Sobic008G001900 Sobic003G332700--Sobic008G001900 Sobic008G117000 Sobic008G117000 Sobic003G332700--Sobic008G117000 Sobic003G332700--Sobic001G530900 Sobic004G235600 Sobic004G235600 Sobic003G332700--Sobic004G235600 Sobic001G531500 Sobic001G531500 Sobic003G332700--Sobic001G531500 Sobic003G442700 Sobic003G442700 Sobic003G332700--Sobic003G442700 Sobic010G085100 Sobic010G085100 Sobic003G332700--Sobic010G085100 Sobic003G332700--Sobic005G118400 Sobic002G124600 Sobic002G124600 Sobic007G192600--Sobic002G124600 Sobic004G263600 Sobic004G263600 Sobic007G192600--Sobic004G263600 Sobic009G003300 Sobic009G003300 Sobic007G192600--Sobic009G003300 Sobic001G374100 Sobic001G374100 Sobic007G192600--Sobic001G374100 Sobic007G192600--Sobic001G530900 Sobic006G234601 Sobic006G234601 Sobic007G192600--Sobic006G234601 Sobic008G044100 Sobic008G044100 Sobic007G192600--Sobic008G044100 Sobic001G519900 Sobic001G519900 Sobic007G192600--Sobic001G519900 Sobic004G134200 Sobic004G134200 Sobic007G192600--Sobic004G134200 Sobic004G078400 Sobic004G078400 Sobic003G292500--Sobic004G078400 Sobic010G103000 Sobic010G103000 Sobic003G292500--Sobic010G103000 Sobic005G110550 Sobic005G110550 Sobic003G292500--Sobic005G110550 Sobic001G491700 Sobic001G491700 Sobic003G292500--Sobic001G491700 Sobic003G292500--Sobic003G379400 Sobic001G250800 Sobic001G250800 Sobic003G292500--Sobic001G250800 Sobic006G236100 Sobic006G236100 Sobic003G292500--Sobic006G236100 Sobic004G131350 Sobic004G131350 Sobic003G292500--Sobic004G131350 Sobic003G301400 Sobic003G301400 Sobic003G292500--Sobic003G301400 Sobic010G002700 Sobic010G002700 Sobic001G530900--Sobic010G002700 Sobic009G215500 Sobic009G215500 Sobic001G530900--Sobic009G215500 Sobic001G378100 Sobic001G378100 Sobic001G530900--Sobic001G378100 Sobic007G185700 Sobic007G185700 Sobic001G530900--Sobic007G185700 Sobic001G530900--Sobic005G118400 Sobic005G084500 Sobic005G084500 Sobic001G530900--Sobic005G084500 Sobic001G530900--Sobic003G332700 Sobic001G465700 Sobic001G465700 Sobic001G530900--Sobic001G465700 Sobic003G217700 Sobic003G217700 Sobic001G530900--Sobic003G217700
Octagon: transcription factors


© 2015- RIKEN, All rights reserved.