Gene annotation
Transcriptome id Sobic.002G056100.1
Synonym Sb02g004690
Functional annotation SAG (Senescence-associated gene): differentially expressed gene during developmental senescence. (PubMedID : 27586543)
Leucine Rich Repeat family protein, expressed
UniProt C5XB45
Pfam -
Panther DB PTHR23155 PTHR23155:SF498
NCBI CDD -
KEGG Orthology -
Gene Ontology -


Orthologs (automatic annotation)
TAIR AT4G27190 : NB-ARC domain-containing disease resistance protein
RAP-DB (Rice) LOC_Os04g08390.1 : Leucine Rich Repeat family protein, expressed
MaizeGDB (Corn) -
Brachypodium -
Barley -
Wheat -
Populus -


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Expression pattern by RNA-Seq analysis
FPKM plot


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Top 20 genes with similar expressed profiles

Rank Gene Function KEGG orthology
1 Sobic.009G209800 OsFBX49 - F-box domain containing protein, expressed -
2 Sobic.001G240400 ENT domain containing protein, expressed -
3 Sobic.008G049701 - -
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7 Sobic.008G042250 - -
8 Sobic.005G221425 - -
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10 Sobic.005G139800 Brix domain containing protein, putative, expressed -
11 Sobic.008G091900 - -
12 Sobic.008G036500 - -
13 Sobic.K024000 elongation factor Tu, putative, expressed K03231: elongation factor 1-alpha
14 Sobic.003G031750 - -
15 Sobic.005G110430 - -
16 Sobic.002G062300 expressed protein -
17 Sobic.001G287301 - -
18 Sobic.003G089650 - -
19 Sobic.005G110427 - -
20 Sobic.008G009500 pentatricopeptide, putative, expressed -


Gene co-expression network
sample Sobic002G056100 Sobic002G056100 Sobic009G209800 Sobic009G209800 Sobic002G056100--Sobic009G209800 Sobic001G240400 Sobic001G240400 Sobic002G056100--Sobic001G240400 Sobic008G049701 Sobic008G049701 Sobic002G056100--Sobic008G049701 Sobic001G253100 Sobic001G253100 Sobic002G056100--Sobic001G253100 Sobic005G117801 Sobic005G117801 Sobic002G056100--Sobic005G117801 Sobic001G305400 Sobic001G305400 Sobic002G056100--Sobic001G305400 Sobic008G042250 Sobic008G042250 Sobic002G056100--Sobic008G042250 Sobic005G221425 Sobic005G221425 Sobic002G056100--Sobic005G221425 Sobic002G221200 Sobic002G221200 Sobic002G056100--Sobic002G221200 Sobic009G209800--Sobic008G049701 Sobic009G209800--Sobic001G253100 Sobic005G139800 Sobic005G139800 Sobic009G209800--Sobic005G139800 Sobic009G209800--Sobic001G240400 Sobic009G209800--Sobic008G042250 Sobic009G209800--Sobic005G117801 Sobic009G209800--Sobic002G056100 Sobic009G209800--Sobic005G221425 Sobic002G410200 Sobic002G410200 Sobic009G209800--Sobic002G410200 Sobic001G240400--Sobic009G209800 Sobic001G240400--Sobic002G221200 Sobic001G240400--Sobic001G253100 Sobic001G240400--Sobic005G117801 Sobic001G240400--Sobic002G056100 Sobic008G091900 Sobic008G091900 Sobic001G240400--Sobic008G091900 Sobic001G240400--Sobic008G049701 Sobic001G240400--Sobic001G305400 Sobic001G240400--Sobic005G221425 Sobic001G287301 Sobic001G287301 Sobic008G049701--Sobic001G287301 Sobic008G049701--Sobic008G042250 Sobic008G049701--Sobic009G209800 Sobic005G110430 Sobic005G110430 Sobic008G049701--Sobic005G110430 Sobic008G049701--Sobic005G139800 Sobic008G049701--Sobic001G253100 Sobic008G049701--Sobic005G117801 SobicK009900 SobicK009900 Sobic008G049701--SobicK009900 Sobic008G049701--Sobic001G240400 Sobic001G253100--Sobic005G117801 Sobic001G253100--Sobic009G209800 Sobic001G253100--Sobic005G110430 Sobic001G253100--Sobic008G042250 Sobic004G076732 Sobic004G076732 Sobic001G253100--Sobic004G076732 Sobic001G253100--Sobic001G240400 Sobic001G253100--Sobic008G091900 Sobic001G253100--Sobic008G049701 Sobic001G253100--SobicK009900 Sobic005G117801--Sobic001G253100 Sobic005G117801--Sobic008G091900 Sobic005G117801--Sobic009G209800 Sobic005G117801--Sobic001G240400 Sobic005G117801--Sobic002G221200 Sobic005G117801--Sobic008G049701 Sobic005G117801--Sobic005G110430 Sobic005G117801--Sobic008G042250 Sobic005G117801--SobicK009900 Sobic001G305400--Sobic002G221200 Sobic001G305400--Sobic008G091900 Sobic001G305400--Sobic001G240400 Sobic001G305400--Sobic005G117801 Sobic001G305400--Sobic002G056100 Sobic001G305400--Sobic009G209800 Sobic005G142200 Sobic005G142200 Sobic001G305400--Sobic005G142200 Sobic002G060500 Sobic002G060500 Sobic001G305400--Sobic002G060500 Sobic001G261480 Sobic001G261480 Sobic001G305400--Sobic001G261480 Sobic008G042250--Sobic005G110430 Sobic008G042250--Sobic008G049701 Sobic008G042250--Sobic001G287301 Sobic008G042250--Sobic001G253100 Sobic008G157950 Sobic008G157950 Sobic008G042250--Sobic008G157950 Sobic008G042250--Sobic009G209800 Sobic008G042250--SobicK009900 Sobic008G042250--Sobic005G117801 Sobic004G164600 Sobic004G164600 Sobic008G042250--Sobic004G164600 Sobic005G221425--Sobic009G209800 Sobic005G221425--Sobic001G240400 Sobic005G221425--Sobic001G253100 Sobic008G009500 Sobic008G009500 Sobic005G221425--Sobic008G009500 Sobic005G221425--Sobic008G049701 Sobic005G221425--Sobic002G056100 SobicK024000 SobicK024000 Sobic005G221425--SobicK024000 Sobic005G221425--Sobic005G139800 Sobic005G221425--Sobic004G076732 Sobic002G221200--Sobic001G305400 Sobic002G221200--Sobic008G091900 Sobic002G221200--Sobic001G240400 Sobic002G221200--Sobic005G117801 Sobic002G221200--Sobic001G253100 Sobic002G221200--Sobic009G209800 Sobic008G036500 Sobic008G036500 Sobic002G221200--Sobic008G036500 Sobic002G062300 Sobic002G062300 Sobic002G221200--Sobic002G062300 Sobic003G031750 Sobic003G031750 Sobic002G221200--Sobic003G031750
Octagon: transcription factors


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